Эпидемиология и профилактика внутрибольничных инфекций, вызванных бактериями рода acinetobacter Шмакова Мария Александровна

Краткое описание

Шмакова Мария Александровна. Эпидемиология и профилактика внутрибольничных инфекций, вызванных бактериями рода acinetobacter: диссертация ... кандидата Медицинских наук: 14.02.02 / Шмакова Мария Александровна;[Место защиты: ФГБОУ ВО «Омский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации], 2019.- 124 с.
Эпидемиология и профилактика внутрибольничных инфекций, вызванных бактериями рода acinetobacter Шмакова Мария Александровна
ОГЛАВЛЕНИЕ ДИССЕРТАЦИИ
кандидат наук Шмакова Мария Александровна
ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. СОВРЕМЕННЫЕ ВЗГЛЯДЫ НА ВНУТРИБОЛЬНИЧНЫЕ ИНФЕКЦИИ, ВЫЗВАННЫЕ БАКТЕРИЯМИ РОДА ЛСШЕТОБЛСТЕЯ (обзор литературы)

1.1 Эпидемиологическое значение

1.1.1 Распространенность внутрибольничных инфекций, вызванных бактериями рода Лс1пв1оЪас1вт

1.1.2 Летальность

1.1.3 Экономический ущерб

1.2 Географические особенности распространения Лапв^Ъа^вт ярр

1.3 Общая характеристика Лс1пв1оЪас1вт ярр

1.4 Экология возбудителя

1.5 Устойчивость к антимикробным препаратам

1.6 Механизм передачи возбудителя

1.7 Факторы риска

1.8 Клинические формы инфекции

1.9 Пути профилактики

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1 Программа и план исследования

2.2 Изучаемое явление

2.3 Материалы исследования

2.4 Методы исследования

2.4.1 Проспективное эпидемиологическое наблюдение

2.4.2 Ретроспективный эпидемиологический анализ

2.4.3 Микробиологические методы исследования

2.4.4 Молекулярно-генетический анализ

2.4.5 Статистические методы исследования

ГЛАВА 3. НЕКОТОРЫЕ ЗАКОНОМЕРНОСТИ РАЗВИТИЯ ЭПИДЕМИЧЕСКОГО ПРОЦЕССА ВНУТРИБОЛЬНИЧНЫХ ИНФЕКЦИЙ, ВЫЗВАННЫХ БАКТЕРИЯМИ РОДА ACINETOBACTER

3.1 Распространенность Acinetobacter spp. в медицинских организациях Кемеровской области

3.2 Многолетняя динамика частоты инфицирования пациентов Acinetobacter spp. в медицинских организациях Кемеровской области

3.3 Внутригодовая динамика эпидемического процесса, вызванного Acinetobacter spp

3.4 Цикличность проявлений эпидемического процесса, вызванного Acinetobacter spp

3.5 Частота инфицирования Acinetobacter spp. пациентов на административных территориях Кемеровской области в 2018 году

3.6 Распространенность Acinetobacter spp. в зависимости от профиля отделений в медицинских организациях Кемеровской области в 2012-2016 г. г

ГЛАВА 4. ФАКТОРЫ РИСКА ИНФИЦИРОВАНИЯ ПАЦИЕНТОВ БАКТЕРИЯМИ РОДА ACINETOBACTER

4.1 Риск инфицирования Acinetobacter spp. пациентов, находившихся на лечении в отделениях неврологии и нейрохирургии

4.2 Факторы риска инфицирования бактериями рода Acinetobacter пациентов с поражением структур головного мозга, находившихся на лечении в отделениях неврологии и нейрохирургии в 2017-2018 г.г

4.3 Факторы риска инфицирования пациентов ОРИТ бактериями рода Acinetobacter

4.4 Распространенность Acinetobacter spp. в больничной среде

ГЛАВА 5. ХАРАКТЕРИСТИКА ПОПУЛЯЦИИ ACINETOBACTER SPP. В НАБЛЮДАЕМЫХ МЕДИЦИНСКИХ ОРГАНИЗАЦИЯХ

5.1 Чувствительность Acinetobacter spp. к антибиотикам

5.2 Устойчивость выделенных Acinetobacter baumannii к дезинфицирующим средствам

5.3 Молекулярно-генетическое типирование штаммов Acinetobacter baumannii, выделенных от пациентов с неврологическим дефицитом

ГЛАВА 6. ПРОФИЛАКТИКА ВНУТРИБОЛЬНИЧНЫХ ИНФЕКЦИЙ, ВЫЗВАННЫХ БАКТЕРИЯМИ РОДА ACINETOBACTER

6. 1 Основные принципы профилактики

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

Список литературы

Устойчивость к антимикробным препаратам
Представители данного рода микроорганизмов способны сохранять свою жизнеспособность в неблагоприятных условиях, а также имеют высокий уровень естественной и приобретенной устойчивости к противомикробным препаратам, что делает их одними из самых важных представителей возбудителей ИСМП [9, 31, 71]. Резистентные к антимикробным препаратам штаммы Acinetobacter spp. представляют собой серьезную угрозу в медицинских организациях различного профиля. Резистентность Acinetobacter spp. к -лактамным антимикробным препаратам (АМП) связана с продукцией плазмидных и хромосомных -лактамаз, снижением проницаемости поверхностных структур клетки и изменением структуры пенициллинсвязывающих белков. Устойчивость изолятов Acinetobacter к аминогликозидам обусловлена всеми тремя известными группами ферментов: аминоацетилтрансферазами, аденилтрансферазами и фосфорилазами, которые контролируются генами, локализованными на плазмидах и транспозонах. Резистентность к фторхинолонам возникает вследствие модификации ДНК-гиразы бактерий, а также в результате изменений структуры белка наружной мембраны и снижения проникновения препарата внутрь клетки [26, 54, 127]. По данным Сви-стунова С.А. выделенные штаммы Acinetobacter spp. характеризовались повышенной резистентностью к цефепиму и ростом устойчивости к цефоперазо-ну/сульбактаму. Рост антибиотикорезистентности Acinetobacter spp. свидетельствовал о формировании у данного микроорганизма эпидемического варианта (госпитального штамма) [26]. Acinetobacter baumannii обладает широким спектром внутренних и приобре тенных механизмов устойчивости к антимикробным препаратам. Резистентность к карбапенемам Acinetobacter baumannii часто связана с образованием -лактамаз, в частности карбапенем-гидролизующих -лактамаз (карбапенемаз).
Acinetobacter. baumannii имеет ряд потенциальных факторов вирулентности, таких как опосредованные сидерофором системы получения железа и образование биопленки, что может повлиять на клинические исходы [73, 83].
В исследованиях Karageorgoropoulos et al. генетический анализ показал, что OXA-23 был обнаружен во всех изолятах CRAB, поэтому OXA-23 является основным механизмом устойчивости карбапенемам у исследуемых изолятов [133, 143, 158]. Эти данные согласуются с данными Reem Aljindan et al., опубликованными в Саудовской Аравии, регионе Персидского залива, Египте и Иране [162].
У Acinetobacter spp. можно выделить несколько видов антибиотикорези-стентности, которые реализуются через различные механизмы:
эволюционно отличающиеся природная и приобретенная резистентность;
биопленочная устойчивость (проявляющаяся только у штаммов, способных к биопленкообразованию) [69];
присутствие в популяции бактерий-персистеров [7, 13].
Acinetobacter spp. могут продуцировать -лактамазы, аминогликозидазы, тетрациклиназы, хинолоназы, активируют моно- и мультидрагэффлюксные механизмы, осуществляют модификацию мишени макролидов путем рибосомального метилирования рРНК [151]. Ацинетобактерии способны продуцировать серино-вые -лактамазы (A, C и D), а также металло--лактамазы. Лактамаза класса А наиболее активно гидролизует пенициллины, цефалоспорины IIV поколения, карбапенемы, азтреонам. Лактамазы типа В (металло--лактамазы) обеспечивают гидролиз всех -лактамов (включая карбапенемы), кроме азтреонама. Лактамазы типа С разрушают пенициллины и цефалоспорины, неактивны в отношении це-фепима и карбапенемов, не ингибируются клавулановой кислотой [81, 102, 163].
Лактамазы типа D могут обеспечивать устойчивость не только к пеницил-линам, но и к карбапенемам. Аминогликозиды (включая амикацин) трансформируются в неактивное состояние несколькими ферментами ацинетобактерий: фос-фотрансферазой, ацетилтрансферазой, аденилтрансферазой [150, 157]. Механизм формирования колистинрезистентности связан с угнетением синтеза и модификацией важной мишени колистина (полимиксина) — ЛПС [80]. Для хинолонов и фторхинолонов — это мутации, приводящие к замещению серина на лейцин; для рифампицинов — замена аминокислот, организующих активный центр РНК-полимеразы; для аминогликозидов — метилирование рибосомальной РНК. Пенициллин- и карбапенемрезистентность могут реализоваться за счет продукции ацинетобактериями пенициллинсвязывающих белков [45, 150, 192].
Один из ключевых механизмов устойчивости к антимикробным препаратам реализуется у ацинетобактерий за счет эффлюкс систем [129]. Эффлюкс-насосы обеспечивают защиту ацинетобактерий от всех известных классов антибиотиков, а также антисептиков и дезинфектантов, включая четвертичные аммонийные соли и соли металлов [49, 103].
В клинической практике чувствительность бактерий рода Acinetobacter тестируется к ампициллин-сульбактаму, сульбактаму, цефепиму, дорипенему, ими-пенему, меропенему, ципрофлоксацину, левофлоксацину, амикацину, гентамици-ну, нетилмицину, тобрамицину, колистину, полимиксину В, триметоприм-сульфаметоксазолу.
Результаты российского многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН» 2013-2014 гг., показали, что 98% выделенных штаммов Aci-netobacter spp.были нечувствительны к ципрофлоксацину, 71,2% - к гентамицину, 88% - к амикацину, 61% - к нетилмицину и 68,5% - к триметопри-му/сульфаметоксазолу. Нечувствительность к карбапенемам (меропенему, дори-пенему и имипенему) продемонстрировали более 70% изолятов. Кроме этого, было установлено, что фенотипом множественной резистентности (MDR) обладали 98% изолятов, а фенотипом экстремальной резистентности (ХDR) 64,4% изоля-тов Acinetobacter baumannii [1]. Единственным препаратом с высокой in vitro активностью в отношении протестированных штаммов (1,9% резистентных изоля-тов) обладал колистин [1,31]. Мультирезистентные штаммы Acinetobacter представляют минимальную угрозу для медицинских работников или членов семьи пациента и редко вызывают серьезные инфекции у здоровых людей. Вспышки чаще всего типичны для ОРИТ, ожоговых отделений, в которых есть пациенты на ИВЛ [59,109]. Если внутрибольничные инфекции, вызванные Acinetobacter, встречаются повсеместно, то внебольничные - в основном в тропических странах в течение теплого и дождливого периода. Вспышки обусловлены в значительной степени способностью Acinetobacter формировать мультирезистентность к антимикробным препаратам и длительно сохраняться в условиях высушивания. Вспышки вызываются преимущественно тремя Европейскими клонами (обозначаются, как I, II и III), которые распространились на географически удаленные территории. Большинство изолятов Acinetobacter baumannii обычно принадлежат одному клону [133].
В систематическом обзоре 68 исследований было установлено, что среди изученных 8 067 клинических изолятов Acinetobacter baumannii удельный вес резистентных к карбапенемам штаммов составил 85,1% (95% ДИ [82,2-88,1]). Резистентность, обусловленная генами ЫаОХЛ23 (55,3%), ЫаОХА24 (41,4%) и ЫаОХА58 (5,2%), была наиболее распространенным механизмом соответственно [160].
Elkhatib W.F. et al. выявили у Acinetobacter baumannii резистентность к антисептикам (бензалконий, бензетоний и хлоргексидин), обусловленную генами qacEAl, qacE и интегроном МП. Исследователи выразили озабоченность тем, что чрезмерное использование антисептиков может усилить бактериальную резистентность, особенно в связи с высокой распространенностью интегрона intll в этих патогенах [94]. В последние годы появились многочисленные исследования о вспышках, вызванных мультирезистентными штаммами Acinetobacter baumannii в ветеринарных клиниках, что не может не вызывать озабоченности с точки зрения колонизации пациентов, которым предстоят плановые инвазивные вмешательства, от домашних животных [44, 79, 141, 195].
Распространенность Acinetobacter spp. в зависимости от профиля отделений в медицинских организациях Кемеровской области в 2012-2016 г. г.
Распространенность бактерий рода Acinetobacter в наблюдаемых отделениях отличалась в 28,5 раз: минимальные показатели зафиксированы в отделениях оториноларингологии (2,55 на 1000 пациентов, 95% ДИ [1,7 3,82]), максимальные в отделениях нейрохирургии (72,16 на 1000 пациентов, 95% ДИ [64,72 80,38]), p=0,0001. При этом частота выявления бактерий рода Acinetobacter в отделениях реанимации и интенсивной терапии (ОРИТ) составила 34,84, 95% ДИ [34,50 40,37] на 1000 пациентов, что в 2 раза ниже в сравнении с отделениями нейрохирургии (p=0,0001). Вместе с тем, пациенты в отделениях неврологии имели достаточно высокий показатель частоты инфицирования бактериями рода Acinetobacter 24,18 ([95% ДИ 20,72 28,21]), что, вероятно, может быть обусловлено наличием у них неврологического дефицита различной степени тяжести. Риск в группе пациентов с медицинскими технологиями, применяемыми в акушерской практике, отделениях урологии был в 10 и более раз ниже (частота 5,69 и 6,95 соответственно на 1000 пациентов, р=0,0001), чем в отделении нейрохирургии. Пациенты отделений неврологии, ОРИТ и нейрохирургии имели наибольшие показатели частоты инфицирования Acinetobacter spp. по сравнению с пациентами других отделений.
В инфекционных стационарах (исследовано 4286 проб патологических материалов пациентов в 2018г.) частота инфицирования бактериями рода Acinetobacter составила 3,96 (95%ДИ [2,47 6,34]) на 1000 обследованных пациентов, возбудитель был выявлен у пациентов ОРИТ.
В педиатрических стационарах таких закономерностей не выявлено, в отделениях нейрохирургического и неврологического профиля частота выявления Acinetobacter spp. у детей составила 0,02 на 1000 обследованных (p = 0,0001).
Также были установлены различия частоты инфицирования бактериями рода Acinetobacter между пациентами детского возраста (6,67 на 1000 пациентов, 95% ДИ [5,26 8,44]) и взрослыми (34,84 на 1000 пациентов, 95% ДИ [32,10 37,78]), находящимися на лечении в ОРИТ, 2=214,9, р=0,0001. В проведенном нами исследовании за период 2012-2017г. г., среднемноголетний показатель частоты инфицирования ожоговых ран Acinetobacter spp. был низким и составил 3,82 на 1000 обследованных. Для сравнения, по данным исследования в 2005 г. частота инфекций, вызванных Acinetobacter spp., в ожоговых стационарах составляла 53,56 на 1000 обследованных пациентов [198]. Вместе с тем в 2018 году частота инфекций, вызванных бактериями рода Acinetobacter, достигла 149,68 (95% ДИ [123,91 179,71]) и в трёх ожоговых центрах Кемеровской области варьировала от 45, 80 (95% ДИ [21,16 96,32]) до 304,88 (95% ДИ [215,83 411,39]) на 1000 обследованных пациентов, что связано с формированием госпитального клона (Таблица 7).
Публикации как зарубежных, так и отечественных авторов свидетельствуют о высоком уровне инфицирования ожоговых ран бактериями рода Acinetobacter [6, 75]. С одной стороны, различия частоты инфекций обусловлены возросшей степенью эпидемиологической безопасности при оказании медицинской помощи ожоговым больным, с другой наличием или отсутствием условий для формирования госпитального клона. Как известно, большое число пациентов с обширными инфицированными раневыми поверхностями и характер течения ожоговой болезни определяют интенсивную циркуляцию в таком стационаре возбудителей ИСМП, как следствие высокий риск формирования госпитального штамма. Необходимо учитывать, что у каждого пациента с ожогом вероятность инфицирования может достигать 100%, поскольку в соответствие с патогенезом ожоговой болезни любая ожоговая рана заживает через нагноение. Таким образом, ожоговые отделения необходимо относить к отделениям высокого риска инфицирования пациентов бактериями рода Acinetobacter. Не установлена связь между риском инфицирования бактериями рода Acinetobacter и пребыванием пациентов на лечении в отделениях оториноларингологии (OR=0,15, 95% ДИ [0,10 0,23]), p = 0,0001 (Таблица 8), кардиохирургии (OR=0,35, 95% ДИ [0,23 0,53]), p = 0,0001 (Таблица 9), в акушерских стационарах (OR=0,37, 95% ДИ [0,15 0,88]), p =0,020 (Таблица 10), в отделениях гинекологии (OR=0,67, 95% ДИ [0,35 1,18]), p = 0,0170 (Таблица 11).
Следует отметить, что в акушерских стационарах Acinetobacter spp. выявлялся крайне редко (5 случаев за весь период наблюдения) и во всех случаях был связан с тяжелым состоянием родильницы, потребовавшим лечения в ОРИТ.
Ранжировать факторы риска инфицирования детей бактериями рода Acinetobacter не представлялось возможным из-за низкой частоты выделения данного возбудителя у детей.