Анализ транскрипции суффикса-короткого ретроэлемента из генома D. Melanogaster Кретова, Ольга Валерьевна

brief description

Кретова,ОльгаВалерьевна.Анализтранскрипциисуффикса-короткогоретроэлементаизгеномаD.Melanogaster: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.03. - Москва, 2006. - 82 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
ИНСТИТУТ МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОЛОГИИ ИМ.В.А.ЭНГЕЛЬГАРДТА РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК 61 '.06-3/1246 На правах рукописиКРЕТОВАОЛЬГАВАЛЕРЬЕВНААНАЛИЗТРАНСКРИНЦИИСУФФИКСАКОРОТКОГОРЕТРОЭЛЕМЕНТАИЗГЕНОМАD.MELANOGASTERдиссертация па соискапие учепой степени капдидата биологических паук (03.00.03 - молекулярная

стр. 7
работы было изучение на разньк стадиях развитиятранскрипциикороткогоретроэлемента-суффикса- изгеномаDrosophilamelanogaster. Были поставлены следующие задачи: 1. Провестианализтранскриптов с обеих цепейсуффиксана разных стадиях развития дрозофилы и сравнить их с соответствующими паттернамитранскрипции

стр. 66
себя вгеноме, не вызывая гибель хозяина. 66 6. выводы в результате изучения транскрипционной активностикороткогоретроэлементасуффикса- изгеномаDrosophilamelanogasterустановлено, что: 1. Смысловые и антисмысловые транскриптысуффиксаи F-элемента выявляются на всех стадиях развития дрозофилы 2.

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Кретова, Ольга Валерьевна
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
1. ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ
1.1. Актуальность проблемы
1.2. Задачи исследования
1.3. Научная новизна результатов исследования
1.4. Практическая ценность
1.5. Апробация работы
2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА I. МОБИЛЬНЫЕ ЭЛЕМЕНТЫ У ДРОЗОФИЛЫ
2.1. Классификация
2.2. Ретроэлементы
- LTR-содержащие элементы
- LTR-несодержащие элементы
2.3. F-элемент
- транскрипция F-элемента
2.4. SINE
2.5. Пары LINE/SINE
ГЛАВА И. СУФФИКС - ПРИМЕР НЕОБЫЧНОГО SINE
2.6. Некоторые свойства суффикса
2.7. Гомология с F-элементом и другими LINE дрозофилы
2.8. Места интеграции в геноме
ГЛАВА III. РНК-ИНТЕРФЕРЕНЦИЯ - ОДИН ИЗ МЕХАНИЗМОВ
ПОСТТРАНСКРИПЦИОННОГО САЙЛЕНСИНГА
2.9. Малые РНК
2.10. Механизм и ферменты
- процессинг dsPHK предшественников
- объединение в эффекторный комплекс, осуществляющий РНК сайленсинг
- разрезание мРНК и репрессия трансляции
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1. Линии Drosophila melanogaster
3.2. Штаммы E.coli
3.3. Используемые праймеры
3.4. Стандартные молекулярно-биологические методы
- создание векторов для эффективной экспрессии в культуре клеток дрозофилы
- приготовление компетентных клеток и трансформация
- отбор клонов и выделение плазмидной ДНК
- выделение плазмидной ДНК для сиквенса и трансфекции в культуру клеток дрозофилы
- синтез Р-эонда без использования праймеров методом cool PCR
- конструкции для поиска промоторной активности
- секвенирование по Сенгеру 37 3.5.3'RACE
3.6. Выделение тотальной, поли(А)+ и поли(А)" РНК из эмбрионов, личинок, куколок и имаго дрозофилы
3.7. Нозерн-блоттинг и гибридизация
3.8. Трансфекция ДНК-конструкций в культуру клеток Schneider 2 дрозофилы
3.9. Primer-extention
3.10. ПААГ-электрофорез и электроблоттинг для анализа siPHK 41 3.11 In situ гибридизация с DIG-мечеными РНК-пробами на терминальных тканях дрозофилы
4. РЕЗУЛЬТАТЫ
4.1. Паттерны транскрипции суффикса и F-элемента различны
4.2. Обнаружен короткий транскрипт суффикса в куколках
4.3. Обе цепи суффикса и F-элемента транскрибируются
4.4. Суффикс-специфические siPHK обнаружены только в куколках
4.5. Обнаружены транскрипты F-элемента без области суффикса
4.6. Паттерн транскрипции суффикса меняется со временем
4.7. F-элемент имеет 3'-концевой внутренний промотор
4.8. Старт транскрипции суффикса с 3'-концевого промотора в F-элементе совпадает с началом суффикса
5. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
5.1. Суффикс - представитель семейства SINE, а не 5'-усеченная копия F-элемента
5.1.1. Обратная транскриптаза F-элемента обладает высокой процессивностью
5.1.2. Инсерции суффикса могут сопровождаться образованием дупликаций сайтов-мишеней
5.2. Суффикс участвует в механизме РНК-интерференции
5.3. РНК-интерференция регулируется в развитии
5.4. Модель концертной регуляции работы генов с помощью SINE
5.5. Гипотеза о происхождении SINE с помощью РНК полимеразы И, стартующей с внутреннего промотора на 3' конце LINE
6. ВЫВОДЫ
7.ЛИТЕРАТУР А