Дизайн и синтез двойного обращенного рибозима для сайт-направленного изменения последовательности РНК Иванов, Сергей Александрович

brief description

Иванов, Сергей Александрович.
Дизайн и синтез двойного обращенного рибозима для сайт-направленного изменения последовательности РНК : диссертация ... кандидата химических наук : 02.00.10. - Москва, 2005. - 156 с. : ил.
Оглавление диссертациикандидат химических наук Иванов, Сергей Александрович
Список сокращений
Введение б
I. Влияние структуры шпилечных рибозимов на их каталитическую 9 активность в реакциях расщепления и лигирования РНК обзор литературы)
1.1 Строение и свойства шпилечных рибозимов
1.1.1 Минимальный шпилечный рибозим
1.1.1.1 Происхождение минимального шпилечного рибозима
1.1.1.2 Первичная, вторичная и третичная структура минимального 13 шпилечного рибозима
1.1.1.3 Сворачивание рибозим-субстратного комплекса
1.1.1.4 Каталитический механизм действия шпилечных рибозимов
1.1.2 Обращенный шпилечный рибозим, его происхождение и свойства
1.2 Шпилечные рибозимы в реакциях расщепления и лигирования РНК
1.2.1 Природные рибозимы
1.2.1.1 Кинетика и термодинамика реакций расщепления и 36 лигирования РНК
1.2.1.2 Влияние стабильности и структуры рибозим-субстратного 41 комплекса на активность рибозима
1.2.2 Искусственные рибозимы
1.2.2.1 Вилочный шпилечный рибозим
1.2.2.2 Обращенный шпилечный рибозим
II. Дизайн и синтез двойного обращенного рибозима 53 для сайт-направленного изменения последовательности РНК результаты и их обсуждение)
11.1 Дизайн двойного рибозима 54 как инструмента молекулярного воздействия
11.1.1 Стратегия сайт-направленного изменения 54 последовательности РНК
11.1.2 Двойной рибозим R-DRBV
11.1.2.1 Предполагаемый способ синтеза рибозима R-DRBV
11.1.2.2 Синтез РНК посредством удлинения праймера при 62 помощи РНК-полимеразы фага Т
11.1.2.3 Разветвленный рибозим R-RB
11.1.2.3.1 Строение рибозима R-RB
11.1.2.3.2 Химический синтез рибозима R-RB
11.1.2.3.3 Каталитические свойства рибозима R-RB
II.2 Оптимизация структуры обычного обращенного рибозима 81 в реакциях расщепления и лигирования РНК
11.2.1 Влияние природы нуклеотида 81 в месте соединения доменов рибозима на его активность
11.2.2 Влияние длины полинуклеотидного линкера 87 на активность рибозима
0 II.3 Двойной обращенный рибозим R-DRV в реакции сайт-направленного изменения последовательности РНК
11.3.1 Модельная реакция изменения последовательности 90 субстрата S40F3F
11.3.2 Синтез двойного рибозима R-DRV
11.3.3 Свойства рибозима R-DRV в реакции расщепления РНК
11.3.4 Изменение последовательности РНК 103 при помощи рибозима R-DRV
11.3.5 Оптимизация условий 105 реакции изменения последовательности РНК
11.3.6 Каталитическая активность рибозима R-DRV 109 U.3.7 Внутреннее мечение РНК остатком молекулы-красителя Су
III. Экспериментальная часть
III.1 Реактивы и материалы
111.1.1 Реагенты и растворители
111.1.2 Ферменты
111.1.3 Буферные растворы
111.1.4 Разделяющие материалы
111.1.5 Приборы 117 111.2 Методы и методики
111.2.1 Физико-химические методы анализа
111.2.1.1 Анализ РНК при помощи A.L.F. секвенатора ДНК
111.2.1.2 Анализ РНК при помощи LiCor 4200 секвенатора ДНК
111.2.1.3 Методы при получении РНК и ДНК
111.2.2 Синтезы
111.2.2.1 Синтез амидофосфита Ы4-(6-гидроксигексил-0- 121 левулинил)-5-метил-5'-0-(4,4'-диметокситрифенил-метил)-1 -р-0-2'-дезоксицитидина (8)
111.2.2.2 Синтез субстратных РНК
111.2.2.3 Мечение субстратных РНК
111.2.2.4 Синтез разветвленного рибозима R-RB
111.2.2.5 Синтез немодифицированных рибозимов
111.2.2.6 Синтез РНК-фрагментов, 134 содержащих 2',3'-циклическуга фосфатную группу
11.2.3 Определение нуклеотидного состава рибозима R-RB
11.2.4 Получение РНК посредством удлинения праймера при 136 помощи РНК-полимеразь; фага
11.2.5 Расщепление РНК-субстратов
11.2.6 Лигирование РНК-фрагментов
11.2.7 Изменение последовательности РНК
И.2.8 УФ плавление дуплексов
II.2.9 Определение периода полураспада 141 2',3'-циклической фосфатной группы в составе РНК
Выводы