Характеристика нового семейства сайт-специфических эндонуклеаз, кодируемых Т5-подобными бактериофагами Акуленко, Наталья Викторовна

brief description

Акуленко,НатальяВикторовна.Характеристикановогосемействасайт-специфическихэндонуклеаз,кодируемыхТ5-подобнымибактериофагами: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.03. - Пущино, 2006. - 117 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ НАУК ИНСТИТУТ БИОХИМИИ И ФИЗИОЛОГИИ МИКРООРГАНИЗМОВ ИМЕНИ Г.К. СКРЯБИНА На правах рукописи 61:06-3/1200АКУЛЕНКОНАТАЛЬЯВИКТОРОВНАХАРАКТЕРИСТИКАИОВОГОСЕМЕЙСТВАСАЙТ-СПЕЦИФИЧЕСКИХЭИДОИУКЛЕАЗ,КОДИРУЕМЫХТ5-П0Д0БНЫМИБАКТЕРИОФАГАМИСпециальность 03.00.03 -Молекулярная биология

стр. 2
Единство структурной и функциональной организации каталитического центра нуклеаз сунерсемейства "рра-Ме" 1.3.4. Модель катализа гидролиза ДНКэндонуклеазамисемействаH-N-H 1.4. Генетическая роль H-N-H-эндонуклеаз1.5. Узнавание ДНК-субстратов хоуминг-эндонуклеазами1.5.1.Специфическоеузнавание последовательности ДНКсайт-специфическимиэндонуклеазами1.5.2. Взаимодействиеэндонуклеазыl-Crel ссайтомузнавания...

стр. 27
механизмы изложены в работе Короса и др. (Coros et al.,2005). 1.5. Узнавание ДНК-субстратов хоумннг-эндонуклеазами. 1.5.1.Специфическоеузнавание последовательности ДНКсайт-специфическимиэндонуклеазами.Эндонуклеазырестрикции и хоуминг-эндонуклеазы- этосайт-специфическиенуклеазы, которые узнают

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Акуленко, Наталья Викторовна
Список сокращений.
Введение.
1. Обзор литературы
1.1. Хоуминг-эндонуклеазы.
1.2. H-N-H-эндонуклеазы.
1.3. Каталитический центр H-N-H-эндонуклеаз.
1.3.1. Структура каталитического центра H-N-H-эндонуклеаз.
1.3.2. Роль иона металла в структуре активного центра H-N-H-эндонуклеаз.
1.3.3. Единство структурной и функциональной организации каталитического центра нуклеаз суперсемейства "рра-Ме".
1.3.4. Модель катализа гидролиза ДНК эндонуклеазами семейства H-N-H.
1.4. Генетическая роль H-N-H-эндонуклеаз.
1.5. Узнавание ДНК-субстратов хоуминг-эндонуклеазами.
1.5.1. Специфическое узнавание последовательности
ДНК сайт-специфическими эндонуклеазами.
1.5.2. Взаимодействие эндонуклеазы l-Crel с сайтом узнавания.
1.5.3. Взаимодействие эндонуклеазы 1-Рро1 с сайтом узнавания.
1.5.4. Взаимодействие эндонуклеазы I-7evI с сайтом узнавания.
1.5.5. Взаимодействие эндонуклеазы l-Hmul с сайтом узнавания.
2. Материалы и методы
2.1. Плазмиды.
2.2. Штаммы бактерий и бактериофагов.
2.3. Базовые методы молекулярной биологии и биохимии.
2.4. ДНК-субстраты.
2.5. Получение матричной ДНК для транскрипции in vitro.
2.6. Транскрипция in vitro.
2.7. Синтез белка в бесклеточной системе трансляции из зародышей пшеницы.
2.8. Анализ нуклеазной активности.
2.9. Картирование точек разрыва ДНК.
2.10. Экспрессия и очистка эндонуклеаз F-777I и F-777II.
2.11. Картирование сайта узнавания эндонуклеазы F-Tflll.
2.11.1. Защита ДНК белком от воздействия ДНКазы I, гидроксильных радикалов и диметилсульфата.
2.11.1.1. Защита от ДНКазы 1.
2.11.1.2. Защита от гидроксильных радикалов.
2.11.1.3. Защита от диметилсульфата.
2.11. 2. Эксперименты с использованием модифицированных
ДНК-субстратов (метилированных, этилированных или с удаленным нуклеозидом).
2.11.3. Секвенирование ДНК-субстрата по Максаму-Гилберту (A+G).
2.11.4. Анализ расщепленных фрагментов ДНК.
2.11.5. Количественная обработка результатов.
2.12. Компьютерный анализ аминокислотных последовательностей.
2.13. Олигонуклеотиды.
3. Результаты 3.1. В области генов тРНК бактериофагов Т5 и BF23 Escherichia coli, а также бактериофага 5 Salmonella enterica sv. Heidelberg обнаружены OPC, кодирующие предполагаемые H-N-H-эндонуклеазы.
3.2. Гены hegA, hegB, hegC и hegD кодируют сайт-специфические эндонуклеазы.
3.3. Выявление дополнительных сайтов гидролиза эндонуклеаз F-Щ, F-Tflll и F-T/ПП.
3.4. Разработана схема выделения и очистки эндонуклеаз F-Tfll и F-Tflll.
3.5. Эндонуклеазы F-Tfll и F-Tflll наиболее активны при экстремальных значениях рН и температуры.
3.6. Активность эндонуклеаз F-Tfll и F-Tflll стимулируется широким рядом ионов двухвалентных металлов.
3.7. Ион Zn , по-видимому, стабилизирует структуру изучаемых нуклеаз.
3.8. Эндонуклеаза F-Tflll специфично связывается с двумя участками ДНК, расположенными на противоположных концах сайта узнавания.
3.8.1. Эндонуклеаза F-Tflll связывает протяженный участок ДНК.
3.8.2. Контакты эндонуклеазы F-Tflll с остовом ДНК распределены по всему сайту узнавания.
3.8.3. Контакты эндонуклеазы F-Tflll с основаниями расположены в двух участках сайта узнавания.
3.8.4. Эндонуклеаза F-Tflll контактирует с основаниями сайта узнавания в основном со стороны большого желобка ДНК.
3.8.5. Контакты с остатками фосфатов остова ДНК не существенны для образования комплекса F-37711-ДНК.
4. Обсуждение.
Выводы.