Идентификация и характеристика новых маркеров метилирования и экспрессии генов, вовлеченных в канцерогенез, при раке молочной железы Кузнецова, Екатерина Борисовна

brief description

Кузнецова,ЕкатеринаБорисовна.Идентификацияихарактеристикановыхмаркеровметилированияиэкспрессиигенов,вовлеченныхвканцерогенез,приракемолочнойжелезы: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.15. - Москва, 2006. - 108 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
61:06-3/1184 РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ МЕДИЦИНСКИХ НАУК Государственное учреяеденне Меднко-генетнческнй Научный Центр На нравах рукопнсн УДК 577.2:616.006КузнецоваЕкатеринаБорисовна«Идентификацияихарактеристикановыхмаркеровметилированияи экснрессиигенов,вовлеченныхвканцерогенез,приракемолочиойжелезы» 03.00.15 "Генетнка" Днссертацня на сонсканне ученой стененн кандндата...

стр. 8
генов,вовлечённыхвканцерогенез, и подробнойхарактеристикиособенностей эпигенетической регуляции их функционирования в норме иприпатологии. Целью настоящей работы являетсяидентификацияихарактеристикановыхмаркеровметилированияиэкспрессиигенов,вовлеченныхвканцерогенез,приракемолочнойжелезы. Задачи исследования 1. Оптимизация методологии скрининга...

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Кузнецова, Екатерина Борисовна
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ.
ВВЕДЕНИЕ.
Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.
1.1. Роль эпигенетики в изучении патогенеза рака молочной железы и разработке молекулярных маркеров канцерогенеза.
1.1.1. Краткая характеристика рака молочной железы.
1.1.2. Значение метилирования ДНК в норме и при патологии.
1.1.3. Особенности метилирования CpG-островков генов, вовлеченных в канцерогенез.
1.1.4. Значение нарушений метилирования ДНК при РМЖ как молекулярных маркеров канцерогенеза.
1.1.4.1. Аномальное метилирование генов, вовлеченных в канцерогенез, при РМЖ.
1.1.4.2. Преимущества метилирования ДНК как молекулярного маркера канцерогенеза.
1.1.4.3. Аномальное метилирование ДНК в биологических жидкостях при РМЖ.
1.2. Методы анализа метилирования ДНК.
1.2.1. Методы исследования полногеномного метилирования.
1.2.2. Ген-специфический анализ метилирования. ф 1.2.2.1. Основные принципы ген-специфического анализа метилирования.
1.2.2.2. Выбор метода ген-специфического анализа метилирования.
1.2.3. Методы поиска дифференциально метилированных CpG-островков.
1.2.3.1 .Метилчувствительное рестрикционно-ориентированное геномное сканирование.
1.2.3.2. Метилчувствительный репрезентативно-дифференциальный анализ (МЧ-РДА).
1.2.3.3. Вычитательная гибридизация хромотографически изолированных пулов CpG-островков.
1.2.3.4. Метилчувствительный фингерпринтинг (МЧФП).
1.2.3.5. Амплификация интерметилированных CpG-островков.
1.2.3.6. Идентификация дифференциально метилированных CpG-островков с использованием микрочиповых технологий.
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
2.1. Клинический материал.
2.2. Забор крови и операционного материала.
2.3. Выделение геномной ДНК.
2.4. Выделение РНК.
2.5. Модификация метода МЧФП.
2.5.1. Обработка ДНК эндонуклеазами рестрикции.
2.5.2. Метил-чувствительная полимеразная цепная реакция (МЧ-ПЦР) с использованием CG-богатых праймеров.
2.5.3. Электрофорез в ПААГ.
2.5.4. Ультратонкое окрашивание нитратом серебра.
2.5.5. Амплификация фрагментов CpG-островков и определение нуклеотидной последовательности.
2.6. Рестрикционный анализ.
2. 7. Метил-чувствительная ПЦР со специфическими праймерами.
2. 8. Обработка ДНК бисульфитом натрия.
2. 9. Метил-специфический сиквенс.
2.10. Синтез кДНК.
2.11. ОТ-ПЦР в реальном времени.
2.12. Микросателлитный анализ.
2. 13. Программное обеспечение.
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.
3.1. Оптимизация метода поиска аномально метилированных CpG-островков.
3.2. Идентификация дифференциально метилированных CpG-островков в образцах ДНК больных РМЖ.
3.3. Характеристика метилирования исследуемых генов в нормальных тканях человека.
3.4. Анализ метилирования и экспрессии исследуемых генов в образцах опухолей РМЖ.
3.4.1. Анализ метилирования и экспрессии теш BIN 1.
3.4.2. Анализ метилирования и экспрессии гена LAMC3.
3.4.3. Анализ метилирования и экспрессии гена. SEMA6B.
3.4.4. Анализ генов, кодирующих субъединицы ионных каналов.
3.4.5. Анализ метилирования и экспрессии гена VCIP135.
3.4.6. Анализ метилирования и экспрессии гена PSMTF1.
3.5. Оценка эффективности модификации метода МЧФП и информативности выявленных эпигенетических маркеров канцерогенеза.