Использование методов геносистематики для изучения видового состава и метаболического потенциала микроорганизмов-деструкторов ароматических ксенобиотиков Хоменков, Василий Григорьевич

brief description

Хоменков,ВасилийГригорьевич.Использованиеметодовгеносистематикидляизучениявидовогосоставаиметаболическогопотенциаламикроорганизмов-деструкторовароматическихксенобиотиков: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.04. - с, 2005. - 135 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
^/'^^'•3//4'Sr ИНСТИТУТ БИОХИМИИ им. А.И. БАХА РАИ На правах рукописиХоменковВасилийГригорьевичИспользованиеметодовгеносистематикидляизучениявидовогосоставаиметаболическогопотенциаламикроорганизмов-деструкторовароматическихксенобиотиковСпециальность 03.00.04 - биохимия ДИССЕРТАЦИЯ на

стр. 2
Интрадиольные диоксигеназы Ниэюние пути 3. Гены периферических (нижних) ферментовметаболическихпутей 3.1 Диоксигеназы многокомпонентныхароматическихколец 3.2 Монооксигеназы З.ЗДегалогеназы 4. Регуляторные гены. Транскрипционная регуляцияметаболическихпутей биодеградацииароматическихксенобиотиков5. Механизмы генетической адаптациимикроорганизмовк утилизацииаро­ матическихксенобиотиков5.1 Перенос генов 5.2 Точечные мугации 5.3...

стр. 5
культур-деструкторовразличныхароматическихксенобиотиков, опре­ деление ихвидовойпринадлежности и отличительных характеристик сиспользованием'методовгеносистематикии молекулярной биологии, а также оценка ихметаболическогопотенциалав отношении рядаароматическихксенобиотиков.Длядостижения поставленной

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Хоменков, Василий Григорьевич
Введение.
I. Литературный обзор.
Введение: Организация генов метаболических путей биодеградации ароматических ксенобиотиков.
Верхние пути
1. Гены пути .мета-расщепления ароматического кольца.
1.1 Экстрадиольные диоксигеназы.
2. Гены пути ор/яо-расщепления ароматического кольца.
2.1Гены модифицированных орто-путей.
2.2 Интрадиольные диоксигеназы.
Нижние пути
3. Гены периферических (нижних) ферментов метаболических путей.
3.1 Диоксигеназы многокомпонентных ароматических колец.
3.2 Монооксигеназы.
З.ЗДегалогеназы.
4. Регуляторные гены. Транскрипционная регуляция метаболических путей биодеградации ароматических ксенобиотиков.
5. Механизмы генетической адаптации микроорганизмов к утилизации ароматических ксенобиотиков.
5.1 Перенос генов.
5.2 Точечные мутации.
5.3 Геномные перестройки.
5.4 Дупликация генов.
5.5 Транспозиции.
5.6 Инсерционная активация.
6. Основные подходы и методы молекулярной систематики, филогении для идентификации микроорганизмов и микробных сообществ.
П. Материалы и методы.
1. Культивирование, отбор и адаптация бактериальных культур.
2. Выделение геномной ДНК изучаемых культур
3. Методика ПЦР-клонирования 168-рДНК последовательностей из тотальной ДНК культур.
4. Разделение гетерогенных ПЦР-продуктов путем молекулярного клонирования в векторную систему рСЕМ-Т-Еаэу.
5. Клонирование ПЦР-продуктов генов ключевых ферментов путей утилизации ЛОС из тотальной ДНК культур.
6. Штаммы-реципиенты, использованные при клонировании
7. ПДРФ-анализ плазмидных клонов л продуктов ПЦР
8. Измерение удельной активности типированных диоксигеназ.3.
Ш. Результаты и их обсуждение
1. Выделение и адаптация культур микроорганизмов-деструкторов к утилизации различных ксенобиотиков.
2. Формирование выборки клонов и ПДРФ-анализ полученных конструкций с последовательностями 168-рДНК.
3. Анализ последовательностей отобранных клонов и восстановление видового состава консорциумов. Доминантные.и минорные компоненты консорциумов. Изучение таксономического положения вновь охарактеризованных по последовательности рДНК доминантных культур консорциумов
4. ПЦР-клонирование генов ключевых ферментов, ответственных за утилизацию ЛОС по орто- и мета-пути. Сравнительная характеристика нуклеотид-ных последовательностей обнаруженных генов и их соотнесение с соответствующими консорциумами
5. Изучение специфической активности диоксигеназ исследуемых культурах
IV. Выводы.