Исследование поведения лизиновых дендримеров в растворе методом молекулярной динамики Ильяш Максим Юрьевич

brief description

Ильяш, Максим Юрьевич.
Исследование поведения лизиновых дендримеров в растворе методом молекулярной динамики : диссертация ... кандидата химических наук : 02.00.06 / Ильяш Максим Юрьевич; [Место защиты: Санкт-Петербургский национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики]. - Санкт-Петербург, 2019. - 235 с. : ил.; 14,5х20,5 см.
Оглавление диссертациикандидат наук Ильяш Максим Юрьевич
РЕФЕРАТ
THESIS OVERVIEW
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. «МЕТОД МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ ДЛЯ МОДЕЛИРОВАНИЯ ЛИЗИНОВЫХ ДЕНДРИМЕРОВ»
1.1 Описание метода классической молекулярной динамики
1.2 Описание моделирования в пакете GROMACS
1.3 Модель лизинового дендримера
1.4 Способы химического синтеза разветвленных молекул
1.5 Исследование дендримеров методом ЯМР-спектроскопии
ГЛАВА 2. РАЗМЕРЫ И СТРУКТУРНЫЕ СВОЙСТВА ЛИЗИНОВЫХ ДЕНДРИМЕРОВ РАЗЛИЧНЫХ ПОКОЛЕНИЙ
2.1 Подготовка начальных данных
2.1.1 Построение конформаций дендримеров
2.1.2 Уравновешивание и расчет молекулярно-динамических траекторий
2.2 Результаты
2.2.1 Форма и размер лизиновых дендримеров
2.2.2 Внутренняя структура
2.2.3 Распределение терминальных групп
2.2.4 Расположение контрионов Cl- по отношению к NH3+ группам дендримера G5 в воде
2.2.5 Доступность лизинового дендримера для молекул растворителя
2.2.6 Эффективный заряд в воде
2.3 Выводы к главе
ГЛАВА 3. ТЕМПЕРАТУРНЫЕ ЗАВИСИМОСТИ СТРУКТУРНЫХ ХАРАКТЕРИСТИК И ЛОКАЛНОЙ ПОДВИЖНОСТИ ЛИЗИНОВЫХ ДЕНДРИМЕРОВ
3.1 Температурные зависимости структурных характеристи ЛД
3.2 Ориентационная подвижность ЛД
3.2.1 Временные автокорреляционные функции ориентационной подвижности ЛД
3.2.2 Метод ЯМР
3.3 Выводы к главе
Глава 4. ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ ЛИЗИНОВЫХ ДЕНДРИМЕРОВ/ ДЕНДРИГРАФТОВ 2-ГО ПОКОЛЕНИЯ С МОЛЕКУЛАМИ ОЛИГОПЕПТИДОВ
4.1 Взаимодействие лизиновых дендримеров 2го поколения с пептидами KED

4.1.1 Начальные конформации и мгновенные снимки системы
4.1.2 Формирование комплекса
4.1.3 Характеристики стабильного комплекса
4.1.4 Выводы к разделу
4.2 Ваимодействие лизиновых дендриграфтов с DS пептидами
4.2.1 Образование комплекса
4.2.2 Характеристики комплекса
4.3 Взаимодействие дендриграфта 2-го поколения с амилоидными пептидами

4.3.1 Разрушение амилоидных стопок
4.3.2 Образование дендриграфт-пептидного комплекса
4.3.3 Моделирование стабильного дендриграфт-пептидного комплекса
4.4 Выводы к главе
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ А - ОТТИСКИ ПУБЛИКАЦИЙ
РЕФЕРАТ