Изменение свойств транскетолазы в результате ее взаимодействия с кофакторами и субстратами Есакова, Ольга Александровна

brief description

Есакова,ОльгаАлександровна.Изменениесвойствтранскетолазыврезультатееевзаимодействияскофакторамиисубстратами: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.04. - Москва, 2005. - 140 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
физико-химической биологии им.А.Н.Белозерского На правах рукописиЕСАКОВАОЛЬГААЛЕКСАНДРОВНАИЗМЕНЕНИЕСВОЙСТВТРАНСКЕТОЛАЗЫВРЕЗУЛЬТАТЕЕЕВЗАИМОДЕЙСТВИЯСКОФАКТОРАМИИСУБСТРАТАМИ03.00,04 - биохимия Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук Научный руководитель: доктор

стр. 4
68 72 75 80 81 86 тиаминдифосфата из активных центров холотранскетолазы.. 91 2 Атипичныесубстраты-донорытранскетолазы3 Влияниекофакторовтранскетолазыпа ее конформацию и стабильность 3.1 Влияние двухвалентных катионов на спектры кругового дихроизматранскетолазыв дальнем ультрафиолете 3.2 Влияние

стр. 9
(в широком смысле этого слова), понимая под частности,изменениеконформации (функциональная подвижность) молекулы фермента врезультатееговзаимодействияскофакторамиисубстратами. В связи с этим, нашей задачей было исследование влияниякофакторов(ТДФ и двухвалентных катионов) на конформацию и стабильность

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Есакова, Ольга Александровна
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.
ВВЕДЕНИЕ.
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.
1 Структура транскетолазы.
1.1 Сравнение структур апо-и холотранскетолазы.
1.2 Структура активного центра транскетолазы.
1.2.1 Связывание двухвалентных катионов.
1.2.2 Структура кофермент-связывающего участка активного центра транскетолазы.
1.2.3 Протонный канал.
1.2.4 Субстратный канал.
1.2.5 Интермедиат транскетолазной реакции.
2 Механизм транскетолазной реакции.
3 Взаимодействие кофермента с апотранскетолазой.
4 Участие двухвалентных катионов в связывании тиаминдифосфата апотранскетолазой
5 Функциональная неэквивалентность активных центров транскетолазы.
5.1 Неэквивалентность по связыванию кофермента.
5.2 Неидентичность активных центров при химической модификации аминокислотных остатков.
6 Оптические свойства транскетолазы.
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.
1 Материалы.
2 Методы.
2.1 Выделение транскетолазы.
2.2 Определение концентрации транскетолазы.
2.3 Определение концентрации тиаминдифосфата и его аналогов
2.4 Определение активности транскетолазы.
2.4.1 С использованием глицеральдегид-3-фосфат-дегидрогеназы
V в качестве вспомогательного фермента.
2.4.2 По скорости окисления а-карбанионного интермедиата в присутствии феррицианида.
2.5 Определение концентрации ксилулозо-5-фосфата.
2.6 Определение концентрации рибозо-5-фосфата.
2.7 Определение IQ для тиаминдифосфата.
2.8 Исследование кинетики диссоциации тиаминдифосфата из активных центров холотранскетолазы.
2.9 Разностные спектры поглощения транскетолазы.
2.10 Спектрофотометрическое титрование. г , 2.11 Расчет Kd для тиаминдифосфата по результатам к спектрофотометрического титрования.
2.12 Stopped flow кинетика связывания тиаминдифосфата с апотранскетолазой.
2.13 Спектры кругового дихроизма.
2.14 Триптофановая флуоресценция.
2.15 Дифференциальная сканирующая калориметрия.
2.16 Кинетика термоденатурации.
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.
1 Влияние субстратов на реконструкцию холотранскетолазы из апо- и кофермента.
1.1 Разностные спектры поглощения холотранскетолазы.
1.2 Влияние субстрата-донора на реконструкцию холотранскетолазы в присутствии Са2+.
1.3 Влияние субстрата-донора на реконструкцию холотранскетолазы в присутствии Mg2+.
1.3.1 Влияние необратимо расщепляемого субстрата-донора на реконструкцию холотранскетолазы в присутствии Mg2+.
1.3.2 Влияние обратимо расщепляемых субстратов-доноров на реконструкцию холотранскетолазы в присутствии Mg
1.4 Реконструкция холотранскетолазы в присутствии Mg2+ и субстрата-акцептора.
1.5 Взаимодействие апотранскетолазы с неактивным аналогом тиаминдифосфата-Ш'-пиридил-тиаминдифосфатом.
1.6 Исследование влияния субстрата-донора на постадийное взаимодействие апотранскетолазы с тиаминдифосфатом.
1.6.1 Влияние субстрата-донора на процесс ассоциации тиаминдифосфата с активными центрами транскетолазы в присутствии Са2+.
1.6.2 Влияние субстрата-донора на процесс ассоциации
Ч тиаминдифосфата с активными центрами транскетолазы в присутствии Mg2+.
1.6.3 Влияние субстратов-доноров на кинетику диссоциации тиаминдифосфата из активных центров холотранскетолазы.
2 Атипичные субстраты-доноры транскетолазы.
3 Влияние кофакторов транскетолазы на ее конформацию и стабильность.
3.1 Влияние двухвалентных катионов на спектры кругового дихроизма транскетолазы в дальнем ультрафиолете.
3.2 Влияние кофакторов транскетолазы на ее стабильность.
3.3 Исследование стабильности холоТК, в зависимости от типа катиона в ее составе (Са или Mg ), методом триптофановой флуоресценции в присутствии мочевины.