Изучение структурно-функциональной организации ДНК-зависимой РНК-полимеразы E. coli методами аффинной модификации и направленного Fe2+-зависимого расщепления Козлов, Максим Викторович

brief description

Козлов, Максим Викторович.
Изучение структурно-функциональной организации ДНК-зависимой РНК-полимеразы E. coli методами аффинной модификации и направленного Fe2+-зависимого расщепления : диссертация ... кандидата химических наук : 02.00.10. - Москва, 1999. - 114 с. : ил.
Оглавление диссертациикандидат химических наук Козлов, Максим Викторович
ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. ДНК-полимераза I Е. coli
1.1.1. Кристаллическая структура фрагмента Клёнова
1. 1.2. Мутационно-генетические исследования
полимеразного домена ДНК-полимеразы I Е. coli
1.1.3. Аффинная модификация ДНК-полимеразы I Е. coli
1. 2. Обратная транскриптаза HIV-1
1.2.1. Кристаллическая структура обратной транскриптазы HIV-1
1.2.2. Мутационно-генетические исследования
полимеразного домена обратной транскриптазы HIV-1
1.2.3. Аффинная модификация обратной транскриптазы HIV-1
1. 3. РНК-полимераза бактериофага 77
1.3. 1. Кристаллическая структура РНК-полимеразы
бактериофага 77
1.3.2. Мутационно-генетические исследования РНК-полимеразы бактериофага 77
1.3.3. Аффинная модификация РНК-полимеразы
бактериофага 77
1. 4. РНК-полимераза Е. coli
1.4. 1. Кристаллическая структура РНК-полимеразы Е. coli
1. 4. 2. Мутационно-генетические исследования
РНК-полимеразы Е. coli
1. 4. 3. Аффинная модификация РНК-полимеразы Е. coli
Заключение
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2. Т. Бактериальные штаммы
2. 2. Плазмиды и олигонуклеотиды
2.3. Питательные среды
2. 4. Компетентные клетки и трансформация бактерий
2. 5. Модифицирующие реагенты
2. 6. Выделение плазмидной ДНК
2. 7. Неденатурирующий электрофорез ДНК
и выделение ДНК из гелей
2. 8. Денатурирующий электрофорез РНК и ДНК
2. 9. Денатурирующий электрофорез белков
2. 10. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
2. 11. Выделение РНК-полимеразы
2. 12. Определение активности РНК-полимеразы
2. 13. Модификация РНК-полимеразы в инициационных комплексах
рифам ицин-связанными нуклеотидами
2. 14. ЯЕГ-индуцированное расщепление промоторной ДНК
в составе открытого комплекса
2. 15. /?ЕГ-индуцированное расщепление РНК-полимеразы
в составе инициационного комплекса
2. 16. Модификация РНК-полимеразы в инициационных комплексах
5'-(А/-метилимидазол)-нуклеотидами
2. 17. Модификация РНК-полимеразы в инициационных комплексах
5'-фотоактивными нуклеотидами
2. 18. Модификация РНК-полимеразы в ранних элонгационных
комплексах 5'-фотоактивной РНК
2. 19. Модификация РНК-полимеразы в элонгационных
комплексах 5'-фотоактивной РНК
2. 20. Модификация РНК-полимеразы в элонгационных
комплексах фотоактивными транскриптами
2. 21. Модификация РНК-полимеразы в элонгационных
комплексах фотоактивной ДНК
2. 22. Химические способы расщепления
субъединиц РНК-полимеразы
2. 22. 1. Частичное расщепление по остаткам метионина
2. 22. 2. Частичное расщепление по остаткам цистеина
2. 22. 3. Частичное расщепление по связи N-G
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3. 1. Структура активного центра РНК-полимеразы Е. coli
в инициационном комплексе
3. 1. 1. Схема модификации РНК-полимеразы
3.1.2. Локализация районов модификации
3.1.3. Структура активного центра
3. 2. Изучение центра связывания РНК-полимеразы E.coli
с рифамицином В
3. 2. 1. Синтез коньюгата рифамицин-ЕДТА(Ге2+)
3. 2. 2. Расщепление промоторной ДНК в открытом комплексе
3. 2. 3. Расщепление РНК-полимеразы в инициационном комплексе
3. 3. Изучение "коридора выхода " 5'-конца РНК-продукта
в инициационных и ранних элонгационных комплексах
3.3. 1. Модификация РНК-полимеразы на стадии инициации
3. 3. 2. Модификация РНК-полимеразы на стадии элонгации
3. 4. Пространственная организация тройного
элонгационного комплекса
3
3. 4. 1. Модификация РНК-полимеразы
фотоактивными транскриптами
3. 4. 2. Картирование центра связывания транскрипта
3. 4. 3. Модификация РНК-полимеразы фотоактивной ДНК
3. 4. 4. Картирование центра связывания ДНК
3. 4. 5. Структурно-функциональная характеристика
элонгационных комплексов
ВЫВОДЫ
ЛИТЕРАТУРА
СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ АВТОРОМ
ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ