Канонические и неканонические последовательности эндогенного ретровируса МДГ4 (gypsy) в геноме дрозофилы Котнова, Алина Петровна

brief description

Котнова,АлинаПетровна.КаноническиеинеканоническиепоследовательностиэндогенногоретровирусаМДГ4(gypsy)вгеномедрозофилы: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.03. - Москва, 2005. - 112 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
Si:05''6/iO^O Р0ССИЙС1САЯ АКАДЕМИЯ НАУК ИНСТИТУТ МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОЛОГИИ ИМ. В.А. ЭНГЕЛЬГАРДТАКотноваАлинаПетровнаКаноническиеинеканоническиепоследовательностиэндогенногоретровирусаМДГ4(gypsy) вгеномедрозофилыДиссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук по специальности

стр. 6
англоязычной литературе известный какgypsy) - один из наиболее изученных ретротранспозоновдрозофилы. Особенности его структуры и инфекционные свойства позволяют говорить оМДГ4как обэндогенномретровирусебеспозвоночных [Kim et al. 1994а, Song et al. 1994, Lecher et al, 1997]. Подобноретровирусам, он

стр. 9
полноразмерныйМДГ4{gypsy), включая секвенирование функционально значимых участков. Провести рестрикционный анализ клонов, содержащихпоследовательности, существенно отличающиеся отканонических. Исследовать представленность вгеномедрозофилынеканоническихполноразмерных ретротранспозонов, имеющих

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Котнова, Алина Петровна
СОДЕРЖАНИЕ.
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ.
1. ВВЕДЕНИЕ.
2. РЕТРОТРАНСПОЗОНЫ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ).
2.1.Классификация мобильных элементов дрозофилы.
2.2. Строение ретротранспозонов.
2.2.1. Особенности строения не-ДКП-ретротранспозонов.
2.2.2. Структурная характеристика ДКП-ретротранспозонов. Ь
2.3. Роль ретротранспозонов в функционировании генома.
2.3.1. Ретротранспозоны как фактор поддержания целостности генома
2.3.2. Ретротранспозоны как фактор генетической изменчивости.
2.4. Ретротранспозон МДГ4 и генетическая нестабильность.
2.4.1. Структура ретротранспозона МДГ4.
2.4.1.1. Белковые продукты открытых рамок считывания МДГ4.
2.4.1.1.1. Ген gag и его продукты.
2.4.1.1.2. Ген pot и его продукты.
2.4.1.1.3. Ген env.
2.4.2. Генетическая нестабильность в мутаторной линии MS
Drosophila melanogaster.
2.4.3. «Активный» и «неактивный» варианты МДГ4.
2.4.4. Ген flamenco - регулятор транспозиции МДГ4.
2.4.5. Сравнение ретротранспозиционной активности двух вариантов МДГ4.
2.4.6. Распределение двух вариантов МДГ4 в различных линиях Drosophila melanogaster.
2.5. Линия Г32 Drosophila melanogaster.
З.МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
3.1. Штаммы Е. coli, использованные в работе.
3.2. Праймеры, использованные в работе.
3.3. Линии D. melanogaster, использованные в работе.
3.4. Приготовление компетентных клеток.
3.4.1. Приготовление компетентных клеток для трансформации плазмидной ДНК.
3.4.2. Приготовление бактерий для заражения бактериофагом X.
3.5. Скрининг бляшек бактериофага X методом гибридизации.
3.5.1. Заражение Е. coli бактериофагом X.
3.5.2. Перенос молекул неупакованной ДНК бактериофага X на нейлоновый фильтр.
3.5.3. Приготовление радиоактивного ДНК-зонда.
3.5.4. Гибридизация.
3.6. Выделение ДНК.
3.6.1. Выделение плазмидной ДНК.
3.6.2. Выделение ДНК фага X.
3.6.3. Выделение геномной ДНК из мух.
3.7. Рестрикция ДНК.
3.7.1. Рестрикция плазмидной ДНК.
3.7.2. Рестрикция ДНК бактериофага X.
3.7.3. Рестрикция геномной ДНК дрозофилы.
3.8. Лигирование.
3.9. Саузерн-блот гибридизация.
3.9.1. Перенос ДНК с агарозных гелей на нейлоновые фильтры.
3.9.2. Приготовление радиоактивного ДНК-зонда.
3.9.3. Гибридизация на фильтрах по Саузерну.
3.10. Секвенирование двуцепочечной ДНК.
3.10.1. Заливка полиакриламидного геля для секвенирования.
3.10.2. Секвенирование двуцепочечной ДНК с помощью набора
MBI Fermentas reader™ DNA sequencing kit.
3.10.3. Электрофорез в полиакриламидном геле.
4. РЕЗУЛЬТАТЫ.
4.1. Скрининг геномной библиотеки линии Г32 D. melanogaster.
4.2. Структурный анализ отобранных клонов.
4.2.1. Выявление полноразмерных копий МДГ4.
4.2.2. Структурный анализ полноразмерных копий МДГ4, клонированных из линии Г32.
4.2.2.1. Рестрикционный анализ полноразмерных копий МДГ4.
4.2.2.2. Секвенирование функционально важного для ретротранспозиционной активности района полноразмерных копий МДГ4, клонированный из линии Г32.
4.2.3. Исследование структуры неканонических клонов, имеющих гомологию с МДГ4.
4.2.3.1. Саузерн-блот анализ отобранных клонов.
4.2.3.2. Рестрикционный анализ отобранных клонов.
4.2.3.3. Идентификация клонированного мобильного элемента.
4.3. Ретротранспозон gtwin.
4.3.1. Сравнительный анализ структурной организации ретротранспозонов МДГ4 и gtwin.
4.3.2. Исследование структуры третьей открытой рамки считывания ретротранспозонов gtwin, клонированных из линии Г32.
4.3.3. Распределение копий ретротранспозона gtwin в линиях дрозофилы.
5. ОБСУЖДЕНИЕ.
5.1. Распределение полноразмерных вариантов МДГ4 в геноме Drosophila melanogaster.
5.2. Мобильные генетические элементы в составе гетерохроматина: распространение и функции.
5.3. Распространение ретротранспозона gtwin в геноме дрозофилы, возможные причины амплификации в линии Г32.
6. ВЫВОДЫ.