Комплексный подход к микробиологической диагностике бактериальных осложнений при муковисцидозе Кондратенко Ольга Владимировна

brief description

Кондратенко,ОльгаВладимировна.Комплексныйподходкмикробиологическойдиагностикебактериальныхосложненийпримуковисцидозе: диссертация ... доктора медицинских наук : 03.02.03 /КондратенкоОльгаВладимировна; [Место защиты: ФГБОУ ВО «Южно-Уральский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации]. - Самара, 2020. - 264 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
здравоохранения Российской Федерации На правах рукописиКондратенкоОльгаВладимировнаКОМПЛЕКСНЫЙПОДХОДКМИКРОБИОЛОГИЧЕСКОЙДИАГНОСТИКЕБАКТЕРИАЛЬНЫХОСЛОЖНЕНИЙПРИМУКОВИСЦИДОЗЕ03.02.03 Микробиология Диссертация на соискание ученой степени доктора медицинских наук Научный консультант: Жестков

стр. 2
МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЕАСПЕКТЫ 22 ЛАБОРАТОРНОЙДИАГНОСТИКИБАКТЕРИАЛЬНЫХОСЛОЖНЕНИЙПРИМУКОВИСЦИДОЗЕ: СОВРЕМЕННОЕ СОСТОЯНИЕ ПРОБЛЕМЫ (обзор литературы) 1.1.Муковисцидоз: этиология, патогенез, 22 распространенность 1.2. Особенности проведениямикробиологического23 исследованияпримуковисцидозе1.3. Основные респираторные

стр. 7
источников для колонизации дыхательных путей штаммами, имеющими клиническое значениепримуковисцидозе6.5. Резюме 180 ГЛАВА 7. РАЗРАБОТКАКОМПЛЕКСНОГОПОДХОДАК 183МИКРОБИОЛОГИЧЕСКОЙДИАГНОСТИКЕБАКТЕРИАЛЬНЫХОСЛОЖНЕНИЙПРИМУКОВИСЦИДОЗЕ8 7.1. Обоснование разработкикомплексногоподходак 183микробиологическойдиагностикебактериальныхосложненийпримуковисцидозе...

Оглавление диссертациидоктор наук Кондратенко Ольга Владимировна
ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ 22 ЛАБОРАТОРНОЙ ДИАГНОСТИКИ БАКТЕРИАЛЬНЫХ ОСЛОЖНЕНИЙ ПРИ МУКОВИСЦИДОЗЕ:
СОВРЕМЕННОЕ СОСТОЯНИЕ ПРОБЛЕМЫ (обзор литературы)
1.1. Муковисцидоз: этиология, патогенез, 22 распространенность
1.2. Особенности проведения микробиологического 23 исследования при муковисцидозе
1.3. Основные респираторные патогены при муковисцидозе, 25 их значение и распространенность среди пациентов
1.4. Использование ПЦР-диагностики для раннего выявления 29 бактерий Burkholderia cepacia complex в нативной мокроте: мировой опыт и отечественные альтернативы
1.5. Влияние длительной колонизации на изменение 31 биологических свойств штаммов Burkholderia spp.
1.6. Исследование микрофлоры параназальных синусов как 38 способ ранней профилактики колонизации нижних дыхательных путей при муковисцидозе: мировой опыт и отечественные альтернативы
1.7. Источники и пути колонизации дыхательных путей при 44 муковисцидозе
1.7.1. Колонизация в условиях стационара и распространение 44 штаммов между пациентами
1.7.2. Внестационарные источники колонизации дыхательных 45 путей
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. Дизайн исследования
2.2. Методики сбора и транспортировки материала
2.3. Методики первичного посева биоматериала
2.4. Методика идентификации выделенных культур
2.5. Методики определения чувствительности к 56 антибактериальным препаратам
2.5.1 Методика выявления резистентности к метициллину у 56 штаммов Staphylococcus aureus
2.5.2. Методика определения продукции Р-лактамаз 56 расширенного спектра действия у представителей порядка
Enterobacterales
2.5.3. Методика определения продукции карбапенемаз
2.5.4. Методика определения антимикробной активности 58 растительных экстрактов и индивидуальных соединений в отношении штаммов Burkholderia spp.
2.6. Методика ПЦР-исследования образцов мокроты
2.7. Методы математической обработки полученных данных
2.7.1. Методы анализа белковых профилей, полученных с 60 помощью MALDI-ToF масс-спектрометрии
2.7.2. Методы статистической обработки полученных
результатов
ГЛАВА 3. ОСОБЕННОСТИ ВИДОВОГО СОСТАВА 63 МИКРОФЛОРЫ НИЖНИХ ДЫХАТЕЛЬНЫХ ПУТЕЙ У ПАЦИЕНТОВ С МУКОВИСЦИДОЗОМ ИЗ РАЗЛИЧНЫХ РЕГИОНОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
3.1. Видовой состав микрофлоры нижних дыхательных путей у 63 пациентов с муковисцидозом из различных регионов Российской Федерации за период 2015-2019 гг.
3.2. Динамика видового состава микрофлоры пациентов с 75 муковисцидозом Самарской области за период 2015-2019 гг.
3.3. Резюме 90 ГЛАВА 4. ВИДОВОЙ СОСТАВ, БИОЛОГИЧЕСКИЕ 96 СВОЙСТВА И РАСПРОСТРАНЕННОСТЬ БАКТЕРИЙ РОДА BURKHOLDERIA СРЕДИ ПАЦИЕНТОВ С МУКОВИСЦИДОЗОМ ИЗ РАЗЛИЧНЫХ РЕГИОНОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
4.1. Видовой состав и распространенность штаммов бактерий 96 рода Burkholderia среди пациентов с муковисцидозом из различных регионов Российской Федерации за период 20152019 гг.
4.2. Оценка динамических изменений в белковых профилях 98 штаммов бактерий рода Burkholderia, выделенных от пациентов с муковисцидозом с длительной колонизацией нижних дыхательных путей в разные сроки инфицирования с использованием MALDI-ToF масс-спектрометрии
4.3. Гетерогенность популяции штаммов бактерий рода 103 Burkholderia, выделенных от пациентов с муковисцидозом из различных регионов Российской Федерации
4.3.1. Гетерогенность популяции штаммов Burkholderia spp., 104 выделенных в 2018 году
4.3.2. Гетерогенность популяции штаммов Burkholderia, 105 выделенных в 2019 году
4.3.3. Возможности применения MALDI-ToF масс- 108 спектрометрии для оценки белковых профилей гетерогенных изолятов Burkholderia spp.
4.4. Возможности использования ПЦР-диагностики для 110 раннего выявления Burkholderia cepacia complex у пациентов с муковисцидозом
4.4.1. Характеристика исследуемых респираторных образцов и 111 результаты апробации тест - системы №1 для раннего выявления бактерий Burkholderia cepacia complex в клиническом материале от пациентов с муковисцидозом методом ПЦР
4.4.2. Характеристика исследуемых респираторных образцов и 117 результаты апробации тест - системы №2 для раннего выявления бактерий Burkholderia cepacia complex в клиническом материале от пациентов с муковисцидозом методом ПЦР
4.5. Оценка влияния некоторых растительных экстрактов и 123 индивидуальных соединений на биологические свойства штаммов Burkholderia cepacia complex, выделенных от пациентов с муковисцидозом
4.6. Резюме 133 ГЛАВА 5. МОНИТОРИНГ МИКРОФЛОРЫ 138 ПАРАНАЗАЛЬНЫХ СИНУСОВ ПАЦИЕНТОВ С МУКОВИСЦИДОЗОМ КАК СПОСОБ РАННЕЙ ПРОФИЛАКТИКИ КОЛОНИЗАЦИИ НИЖНИХ ДЫХАТЕЛЬНЫХ ПУТЕЙ КЛИНИЧЕСКИ ЗНАЧИМЫМИ ШТАММАМИ МИКРООРГАНИЗМОВ
5.1. Общая характеристика штаммов микроорганизмов, 138 выделенных из жидкости назального лаважа
5.2. Видовой состав и характеристика штаммов, имеющих 140 доказанное клиническое значение при муковисцидозе, выделенных из жидкости назального лаважа
5.3. Видовой состав и характеристика штаммов, выделенных из 152 жидкости назального лаважа, имеющих неустановленное клиническое значение при муковисцидозе
5.3.1. Характеристика штаммов неферментирующих 152 грамотрицательных бактерий
5.3.2. Характеристика штаммов представителей порядка
Enterobacterales
5.3.3. Характеристика штаммов представителей порядка
A ctinomycetal es
5.3.4. Характеристика выделенных штаммов грибов
5.4. Видовой состав и характеристика штаммов - 156 представителей нормальной микрофлоры дыхательных путей
и окружающей среды, выделенных из жидкости назального лаважа
5.5. Резюме 159 ГЛАВА 6. ОЦЕНКА ВЛИЯНИЯ МИКРОФЛОРЫ 162 ОБЪЕКТОВ ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЫ НА ВОЗМОЖНОСТЬ ВНЕСТАЦИОНАРНОЙ КОЛОНИЗАЦИИ ДЫХАТЕЛЬНЫХ ПУТЕЙ ПАЦИЕНТОВ С МУКОВИСЦИДОЗОМ
6.1. Общая характеристика выделенной микрофлоры
6.2. Оценка влияния микрофлоры членов семьи на возможность 164 колонизации дыхательных путей пациентов с муковисцидозом
6.3. Оценка влияния качества обработки небулайзеров на 166 колонизацию дыхательных путей клинически значимыми микроорганизмами
6.4. Оценка влияния микрофлоры объектов с места постоянного 168 проживания пациента на возможность колонизации дыхательных путей
6.4.1. Оценка роли мест с повышенной влажностью, как потенциальных источников для колонизации дыхательных путей штаммами неферментирующих грамотрицательных бактерий
6.4.1.1. Особенности микрофлоры, выделенной со смывов с санитарных узлов
6.4.1.2. Особенности микрофлоры, выделенной со смывов с поверхностей кухни
6.4.3. Оценка роли мест для хранения овощей, как потенциальных источников для колонизации дыхательных путей штаммами, имеющими клиническое значение при муковисцидозе
6.4.4. Оценка роли объектов из комнаты пациента, как потенциальных источников для колонизации дыхательных путей штаммами, имеющими клиническое значение при муковисцидозе
6.4.5. Оценка роли систем кондиционирования и вентиляции, как потенциальных источников для колонизации дыхательных путей штаммами, имеющими клиническое значение при муковисцидозе
6.4.6. Оценка роли объектов быта, как потенциальных источников для колонизации дыхательных путей штаммами, имеющими клиническое значение при муковисцидозе
6.5. Резюме
ГЛАВА 7. РАЗРАБОТКА КОМПЛЕКСНОГО ПОДХОДА К
172
176
177
178
179
179
180
МИКРОБИОЛОГИЧЕСКОЙ
ДИАГНОСТИКЕ
БАКТЕРИАЛЬНЫХ
ОСЛОЖНЕНИЙ
ПРИ
МУКОВИСЦИДОЗЕ
7.1. Обоснование разработки комплексного подхода к 183 микробиологической диагностике бактериальных осложнений
при муковисцидозе
7.2. Алгоритмы комплексного подхода к микробиологической 186 диагностике пациентов с муковисцидозом в зависимости от их микробиологического статуса
7.3. Опыт реализации модели комплексного подхода к 191 микробиологической диагностике
7.4. Резюме 194 ЗАКЛЮЧЕНИЕ 198 ВЫВОДЫ 219 ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ 221 СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ 223 СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ НАЗВАНИЙ 224 МИКРООРГАНИЗМОВ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ