Комплементарные физико-химические свойства пептидов и их использование в протеомных исследованиях Лобас Анна Александровна

brief description

Лобас, Анна Александровна.
Комплементарные физико-химические свойства пептидов и их использование и протеомных исследованиях : диссертация ... кандидата физико-математических наук : 01.04.17 / Лобас Анна Александровна; [Место защиты: Ин-т хим. физики им. Н.Н. Семенова РАН]. - Москва, 2019. - 115 с. : ил.
Оглавление диссертациикандидат наук Лобас Анна Александровна
ВВЕДЕНИЕ
Глава 1. ОСНОВНОЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЕ О ПРЕДМЕТЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
1.1 Применение масс-спектрометрических методов в протеомике
1.2 Основные физико-химические характеристики пептидов, определяющие различные подходы в протеомике
1.3 Фракционирование сложных пептидных смесей
1.4 Предсказание хроматографических времён удерживания пептидов в задачах протеомики
Глава 2. ВЛИЯНИЕ СПЕЦИФИЧНОСТИ ГИДРОЛИЗА БЕЛКОВЫХ ЦЕПЕЙ НА СЛОЖНОСТЬ АНАЛИЗИРУЕМЫХ СМЕСЕЙ ПРОТЕОЛИТИЧЕСКИХ ПЕПТИДОВ
2.1 Постановка задачи вычислительного эксперимента
2.2 Статистическая оценка исследуемых белковых баз данных
2.3 Теоретическая оценка гидролиза по основным остаткам
2.4 Теоретическая оценка гидролиза по остаткам аспарагина, аспарагиновой и глутаминовой кислот
2.5 Теоретическая оценка гидролиза по редким остаткам: триптофану, цистеину и метионину
2.6 Оценка эффективности использования гидролизующих агентов различной специфичности для покрытия протеомов
2.7 Экспериментальная апробация химических гидролизующих агентов, специфичных к редким аминокислотным остаткам
2.8 Проблема дискриминации коротких пептидов при использовании поискового алгоритма Morpheus
Глава 3. ИСТОЧНИКИ КОМПЛЕМЕНТАРНЫХ ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКИХ ДАННЫХ О ПЕРВИЧНОЙ СТРУКТУРЕ ПЕПТИДОВ
3.1 Ограничения метода точных массово-временных меток
3.2 Использование значений изоэлектрических точек в качестве комплементарных физико-химических данных
3.3 Использование данных частичного концевого химического гидролиза
3.4 Экспериментальная реализация частичного концевого химического гидролиза пептидов
Глава 4. ПРИМЕНЕНИЕ МОДЕЛИ КРИТИЧЕСКОЙ ХРОМАТОГРАФИИ БИОМОЛЕКУЛ ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ ВРЕМЁН УДЕРЖИВАНИЯ ПЕПТИДОВ НА ГИДРОФИЛЬНОЙ ФАЗЕ ШЫС
4.1 Оценка ортогональности хроматографии гидрофильных взаимодействий и хроматографии на обращённой фазе для разделения пептидов
4.2 Адаптация модели В^ССС для описания хроматографии гидрофильных взаимодействий
4.3 Оценка точности предсказания времён удерживания пептидов на НШС в градиентном режиме с использованием модели В^ССС
Глава 5. ПРИМЕНЕНИЕ ОПТИМИЗАЦИОННЫХ АЛГОРИТМОВ В ХРОМАТОГРАФИЧЕСКОМ АНАЛИЗЕ ГИДРОЛИЗАТОВ КЛЕТОЧНЫХ ЛИНИЙ ЧЕЛОВЕКА
5.1. Задача оптимизации фракционирования пептидных смесей
5.2. Разработка алгоритма FractionOptimizer
5.3. Сравнение с существующими подходами
5.4. Применение разработанного алгоритма для анализа цельноклеточного гидролизата клеток НЕК293
ОСНОВНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ И ВЫВОДЫ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ВВЕДЕНИЕ