МикроРНК плазмы крови в норме и при раке легкого: пробоподготовка, профилирование экспрессии, биоинформатический анализ и верификация потенциальных маркеров Запорожченко Иван Андреевич

brief description

Запорожченко,ИванАндреевич.
МикроРНКплазмыкровивнормеиприракелегкого:пробоподготовка,профилированиеэкспрессии,биоинформатическийанализиверификацияпотенциальныхмаркеров: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.03 /ЗапорожченкоИванАндреевич; [Место защиты: Ин-т хим. биологииифундамент. медицины СО РАН]. - Новосибирск, 2018. - 170 с. : ил.
Оглавление диссертациикандидат наук Запорожченко Иван Андреевич
Список принятых сокращений
Введение
Глава 1. Обзор литературы
1.1. Основы молекулярной биологии микроРНК - особенности строения, биогенеза и функции в клетках человека
1.1.1. Происхождение и созревание микроРНК
1.1.2. Механизмы действия и регуляторные функции микроРНК
1.1.3. Регуляция созревания и активности микроРНК
1.2. Циркулирующие микроРНК крови человека
1.2.1. Происхождение и факторы, обеспечивающие стабильность циркулирующих микроРНК крови
1.2.1.1. Белки-переносчики микроРНК
1.2.1.2. Липопротеиновые комплексы крови
1.2.1.3. Внеклеточные везикулы
1.2.2. Кинетика циркуляции и выведения микроРНК из крови
1.2.3. Недостатки современных знаний и подходов к изучению внеклеточных микроРНК крови
1.3. Роль микроРНК в развитиии онкологических заболеваний
1.3.1. Механизмы и следствия нарушения экпрессии микроРНК при раке
1.4. МикроРНК в патогенезе и диагностике онкологических заболеваний легкого
1.4.1. Особенности современных подходов к диагностике РЛ
1.4.2. Характеристики экспрессии микроРНК в тканях опухолей больных НМКЛ
1.4.3. Циркулирующие микроРНК крови как диагностические маркеры РЛ
1.4.3.1. Циркулирующие микроРНК как маркеры для диагностики РЛ
1.4.3.2. Циркулирующие микроРНК как маркеры для прогноза течения РЛ
1.4.3.3. Циркулирующие микроРНК как маркеры эффективности терапии РЛ
1.4.4. Современное состояние области диагностического применения циркулирующих микроРНК
1.5. Методы выделения, детекции и анализа циркулирующих микроРНК крови
1.5.1. Методики выделения микроРНК из крови
1.5.2. Методы определения концентрации микроРНК
1.5.3. Анализ данных
Глава 2. Материалы и методы
2.1. Материалы
2.1.1. Реактивы и препараты
2.1.2. Оборудование
2.1.3. Олигонуклеотиды, использованные в работе
2.1.4. Клинические характеристики доноров
2.2. Методы
2.2.1. Забор образцов крови и получение плазмы
2.2.2. Получение препаратов микроРНК из плазмы крови при помощи однофазного метода
2.2.3. Получение препаратов микроРНК из плазмы крови при помощи экстракции кислым фенол-хлороформом
2.2.4. Переосаждение РНК изопропанолом
32
2.2.5. Получение и работа с P-мечеными рибоолигонуклеотидами
2.2.6. Обратная транскрипция и количественная ПЦР в реальном времени
2.2.7. Определение профиля экспрессии микроРНК плазмы крови
2.2.8. Статистика и методы анализа данных
2.2.9. Статистический анализ данных профилей циркулирующих микроРНК плазмы крови на платформе Exiqon
2.2.10. Построение моделей при помощи LASSO-пенализованной логистической регрессии
2.2.11. Получение и работа с данными проекта The Cancer Genome Atlas (TCGA)
Глава 3. Результаты и их обсуждение
3.1. Разработка метода получения препаратов микроРНК из плазмы крови
3.2. Исследование экспрессии опухолеспецифических микроРНК в крови
3.2.1. Выбор панели микроРНК
3.2.2. Нормализация данных ОТ-ПЦР
3.2.3. Зависимость экспрессии микроРНК от пола и возраста доноров
3.2.4. Зависимость экспрессии микроРНК от клинико-патологических характеристик больных РЛ
3.2.5. Диагностическая ценность экспрессии микроРНК
3.2.6. МикроРНК как маркеры мониторинга эффективности противоопухолевой терапии
3.2.7. МикроРНК как маркеры прогноза выживаемости больных РЛ
3.3. Поиск биомаркеров РЛ при помощи анализа профиля экспрессии
циркулирующих микроРНК плазмы крови
3.3.1. Стратегия исследования
3.3.2. Профилирование циркулирующих микроРНК плазмы крови
3.3.2.1. Подготовка и контроль качества образцов
3.3.2.2. Обзорный анализ экспрессии микроРНК в плазме крови
3.3.2.3. Сравнение экспрессии микроРНК в плазме с данными TCGA
3.3.2.4. Анализ экспрессии микроРНК при помощи парной нормализации
3.3.3. Верификация экспрессии микроРНК
3.3.3.1. Подготовка образцов, получение и анализ данных об экспрессии микроРНК
3.3.3.2. Ассоциация экспрессии микроРНК с демографическими и клиническими параметрами больных РЛ
3.3.3.3. Определение диагностической значимости микроРНК и формирование
диагностической панели
Заключение
Выводы