Молекулярно-динамическое моделирование линейных и разветвлённых пептидных полиэлектролитов Безродный Валерий Валерьевич

brief description

Безродный, Валерий Валерьевич.
Молекулярно-динамическое моделирование линейных и разветвлённых пептидных полиэлектролитов : диссертация ... кандидата химических наук : 02.00.06 / Безродный Валерий Валерьевич ; [Место защиты: ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский университет ИТМО»]. - Санкт-Петербург, 2021. - 331 с. : ил.; 14,5х20,5 см.
Оглавление диссертациикандидат наук Безродный Валерий Валерьевич
Реферат
Synopsis
Введение
Глава 1. Метод молекулярной динамики для исследования пептидов и пептидных дендримеров
1.1 Метод молекулярной динамики
1.2 Моделирование в пакете GROMACS
Глава 2. Исследование линейных лизиновых пептидов различной топологии
2.1. Введение
2.2 Размеры пептидов
2.3 Внутренняя структура пептидов
2.4 Подвижность и времена корреляции пептидов
2.5 Выводы к главе
Глава 3. Исследование поверхностно и объемно заряженных лизинсодержащих дендримеров с линейными дипептидными спейсепами
3.1. Влияние объема и заряда дипептидных спейсеров на структуру и подвижность пептидных дендримеров
3.1.1 Размеры дендримеров
3.1.2 Внутренняя структура
3.2. Влияние положения ЯМР активных групп дипептидных спейсеров на их подвижность
3.2.1 Размеры дендримеров
3.2.2 Внутренняя структура дендримеров
3.2.3 Подвижность и времена корреляции дендримеров
3.3. Влияние pH на структуру и подвижность дендримеров с дипептидными спейсерами
3.3.1 Размеры дендримеров
3.3.2 Внутренняя структура дендримеров
3.3.3 Подвижность и времена корреляции дендримеров
3.4 Выводы к главе
Глава 4. Взаимодействие новых пептидных дендримеров с молекулами лекарственного олигопептида ЛЕВО
4.1. Взаимодействие дендримера Lys2Arg с олигопептидами AEDG
4.1.1 Материалы и методы
4.1.2 Образование комплекса
4.1.3 Радиус инерции системы
4.1.4 Расстояние между дендримером и пептидами
4.1.5 Общее число водородных связей между дендримерами
4.1.6 Свойства комплекса
4.1.7 Выводы
4.2. Взаимодействия дендримера Lys2His/Lys2Hisp с молекулами лекарственного олигопептида AEDG при разных pH
4.2.1 Материалы и методы
4.2.2 Образование комплекса
4.2.3 Равновесные характеристики
4.2.4 Выводы
Заключение
Список литературы
Приложение А - тексты публикаций