Молекулярное моделирование механизмов регуляции активности ферментов человека Коц Екатерина Дмитриевна

brief description

Коц, Екатерина Дмитриевна.
Молекулярное моделирование механизмов регуляции активности ферментов человека : диссертация ... кандидата физико-математических наук : 02.00.17 / Коц Екатерина Дмитриевна; [Место защиты: Моск. гос. ун-т им. М.В. Ломоносова]. - Москва, 2018. - 109 с. : ил.
Оглавление диссертациикандидат наук Коц Екатерина Дмитриевна
Введение
Глава 1. Аспартоацилаза (ЪЛвр)- фермент центральной нервной системы человека
Физиологическая функция
Структурные данные
Общие данные о структуре
Структура активного сайта
Молекулярный полиморфизм ЪЛБр
Механизм каталитического гидролиза
Каталитическая активность hAsp
Глава 2. Расчёт профиля поверхности потенциальной энергии для ферментативного гидролиза NAA
Методы поиска стационарных состояний на поверхности потенциальной энергии ферментативной реакции
Методы описания ММ системы
Методы описания КМ подсистемы
Молекулярная динамика с КМ/ММ потенциалами
Построение профиля потенциальной энергии ферментативной реакции ЪЛБр
Структура белок-субстратного комплекса
Реакционный путь от ББ до разрыва пептидной связи
Разрыв связи № - Сб
Образование продуктов реакции
Глава 3. Полный каталитический цикл ЪЛвр
Молекулярная динамика
Образование белок-субстратного комплекса
Выход продуктов реакции в раствор
Описание координационной сферы цинка
Профиль свободной энергии каталитического цикла ЪЛвр
Глава 4. Влияние четвертичной структуры белка на каталитическую активность
Сопоставление динамических свойств мономера и димера hAsp
Димер апо-hAsp
Глава 5. Аллостерический сайт ингибирования hAsp
Современная концепция аллостерической регуляции
Поиск сайта аллостерического ингибирования hAsp
Молекулярная динамика hAsp:NAA(inh)
Динамический сетевой анализ
Кластерный анализ графов апо-hAsp и hAsp:NAA(inh)
Пути передачи сигнала от аллостерического сайта к воротам активного центра
Апробация предложенного механизма регуляции hAsp
Глава 6. Аллостерический сайт активации hAsp
Поиск аллостерического сайта активации
Глава 7. Кинетическая модель ферментативного гидролиза NAA
Модель состояний Маркова
Кинетическая модель hAsp
Выводы
Литература