Молекулярное моделирование структурно-динамических и каталитических характеристик холинэстераз различных типов Новичкова Дана Александровна

brief description

Новичкова, Дана Александровна.
Молекулярное моделирование структурно-динамических и каталитических характеристик холинэстераз различных типов : диссертация ... кандидата физико-математических наук : 02.00.15 / Новичкова Дана Александровна; [Место защиты: ФГБОУ ВО «Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова»]. - Москва, 2020. - 117 с. : ил.
Оглавление диссертациикандидат наук Новичкова Дана Александровна
Оглавление
Введение
Глава 1. Холинэстеразы - группа гидролаз различных видов, имеющих разнообразные формы и функции. Литературные данные
1.1. Биологические функции холинэстераз
1.2. Медицинское значение холинэстераз
1.3. Структура холинэстераз различных видов: общее и различия
1.4. Типы четвертичных структур холинэстераз
1.5. Многообразие кристаллических структур холинэстераз
1.6. Электростатические характеристики холинэстераз
1.7. Механизм взаимодействия бутирилхолинэстеразы с ФОС
Глава 2. Узел из четырёх альфа спиралей - распространённый мотив четвертичной структуры. Литературные данные
2.1. Геометрические аспекты формирования узла из четырёх альфа спиралей
2.2. Типы взаимодействия между субъединицами, формирующими узел из четырёх альфа спиралей
2.3. Нейролигины - белки, образующие четвертичную структуру при помощи узла из четырёх альфа-спиралей
Глава 3. Формирование узла из четырёх альфа спиралей в холинэстеразах и нейролигине
3.1. Молекулярная динамика и анализ траектории
3.2. Геометрические аспекты формирования узла из четырёх альфа-спиралей: кристаллографические структуры и молекулярная динамика
3.3. Оценка аполярных взаимодействий
3.4. Полярная энергия связывания
3.5. In silico аланиновый скрининг
3.6. Роль конформационных изменений при образовании узла из четырёх альфа спиралей
3.7. Комбинированный метод зонтичной выборки и алгоритма перекрещивающихся распределений для расчёта энергии димеризации
3.8. Влияние гликозилирования на формирование четвертичной структуры бутирилхолинэстеразы
3.9. Особенности строения димера нейролигина
Глава 4. Особенности взаимодействия холинэстераз с ривастигмином в зависимости от исходной структуры белка: влияние различий между холинэстеразами различных видов и конформационных изменений
4.1. Механизм взаимодействия АХЭ с фенилметилсульфонилфторидом: экспериментальные данные и молекулярная динамика
4.2. Механизм взаимодействия АХЭ с ривастигмином
4.3. Докинг молекулы ривастигмина в активный сайт ацетилхолинэстераз Torpedo californica и Homo sapience
4.4. Перемещение ривастигмина по каналу ацетилхолинэстеразы Torpedo californica и Homo sapience
4.5. Моделирование реакции гидролиза ривастигмина методом КМ/ММ
Глава 5. Влияние точечных мутаций на структурно-динамические свойства каталитического центра фермента на примере БХЭ Homo sapience
5.1. Поиск вариантов БХЭ - каталитических органофосфатгидролаз
5.2 Молекулярная динамика вариантов бутирилхолинэстеразы
5.3. Анализ конформационных изменений по методу Маркова
Выводы
Список литературы