Роль метил-ДНК-связывающего белка каизо в контроле транскрипции генов позвоночных, регулируемых метилированием ДНК Саложин, Сергей Владимирович

brief description

Саложин,СергейВладимирович.Рольметил-ДНК-связывающегобелкакаизовконтролетранскрипциигеновпозвоночных,регулируемыхметилированиемДНК: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.03. - Москва, 2006. - 118 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
61:06-3/919 Институт БиологииГенаРАН Центр «Биоинжеиерия» РАН На правах рукописиСАЛОЖИНСЕРГЕЙВЛАДИМИРОВИЧРОЛЬМЕТИЛ-ДНК-СВЯЗЫВАЮЩЕГОБЕЛКАКАИЗОВКОНТРОЛЕТРАНСКРИПЦИИГЕНОВНОЗВОНОЧНЫХ,РЕГУЛИРУЕМЫХМЕТИЛИРОВАНИЕМДНКДиссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук Снециальность

стр. 2
2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 2.1 Общая характеристикаметилированияДНК2.2 Геномный импринтинг и Х-инактивация 2.3 Абнормальноеметилированиепри канцерогенезе 2.4Метил-ДНК-связывающиебелки2.5Гены-мишени MBD-белков2.6 Гистоновый код 2.7 Строение и возможные функцииметил-ДНК-связывающегобелкаКаизо(Kaiso)

стр. 38
черные пятиугольники - метилированные остатки лизина гистона НЗ. 2.7 Строение и возможные функцииметил-ДНК-связывающегобелкаКаизо(Kaiso)Каизо- уникальныйметил-ДНК-связывающийбелок. Он не принадлежит к группе MBD-содержащихбелков, а взаимодействие с метилированнойДНКобеспечивается доменом

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Саложин, Сергей Владимирович
ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ СОКРАЩЕНИЯ.
1. ВВЕДЕНИЕ.
2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
2.1 Общая характеристика метилирования ДНК.
2.2 Геномный импринтинг и Х-инактивация.
2.3 Абнормальное метилирование при канцерогенезе.
2.4 Метил-ДНК-связывающие белки.
2.5 Гены-мишени MBD-белков.
2.6 Гистоновый код.
2.7 Строение и возможные функции метил-ДНК-связывающего белка Каизо (Kaiso).
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1 Работа с культурами эукариотических клеток.
3.2 Получение радиоактивно меченных ДНК-зондов для экспериментов по торможению ДНК-белковых комплексов в геле.
3.3 Метилирование ДНК-зондов для экспериментов по торможению ДНК-белковых комплексов в геле.
3.4 Получение радиоактивно меченных ДНК-зондов для Саузерн- и Нозерн-блот анализа.
3.5 Выделение ядерных экстрактов.
3.6 Получение рекомбинантно-экспрессированных белков.
3.7 Выделение тотальной ДНК из тканей.
3.8 Выделение тотальной РНК из тканей.
3.9 Полимеразная цепная реакция.
3.10 Клонирование ПЦР-продукта в p-GEM-T вектор.
3.11 Рестрикционный анализ.
3.12 Трансформация E.coli и выделение плазмидной ДНК.
3.13 Исследование ДНК-белкового взаимодействия методом торможения ДНК-белкового комплекса в геле.
3.14 Иммунопреципитация хроматина.
3.15 Обратная транскрипция.
3.16 Бисульфитное секвенирование.
3.17 Саузерн-блот анализ.
3.18 Нозерн-блот анализ.
3.19 ПЦР в реальном времени.
3.20 Количественный обсчёт результатов иммунопреципитации хроматина с последующей «ПЦР в реальном времени».
3.21 Производство нокаута.
3.22 Олигонуклеотиды.
3.23 Компьютерный анализ.
4. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
4.1 Метилзависимое взаимодействие Каизо с широким спектром последовательностей ДНК in vitro.
4.2 Каизо взаимодействует с регуляторными областями «молчащих» генов р16, IAP и генов, расположенных на неактивной Х-хромосоме, но не гена Матрилизин.
4.3 Каизо взаимодействует с областью HI9 DMR in vitro.
4.4 Каизо дифференциально взаимодействует с разными участками
HI 9 DMR.
4.5 Определение профиля связывания Каизо в H19/Igf2^0Kyce.
4.6 Каизо взаимодействует с отцовским метилированным районом t HI9 DMR.
4.7 Делеция Каизо приводит к изменению структуры хроматина в районе HI 9 DMR.
4.8 Делеция Каизо не влияет на экспрессию генов HI9 и Igf2.
4.9 Экспрессия IAP-элемента, а также генов Xist и Wntl 1 не зависит щ от взаимодействия Каизо с их регуляторными последовательностями.
4.10 Делеция Каизо приводит к усилению экспрессии гена
Tctexl.
4.11 Каизо взаимодействует с геном Tctexl только на 17, но не на 6 хромосоме.
4.12 Разница в экспрессии Tctexl не зависит от разницы в строении
Т-комплекс содержащего локуса.
4.13 Делеция Каизо не приводит к изменению метилирования * ЦфГ-островка гена Tctexl.