Создание эффективных ингибиторов генной экспрессии на основе олигонуклеотидов с природным сахаро-фосфатным остовом Готтих, Марина Борисовна

brief description

Готтих, Марина Борисовна.
Создание эффективных ингибиторов генной экспрессии на основе олигонуклеотидов с природным сахаро-фосфатным остовом : диссертация ... доктора химических наук : 02.00.10. - Москва, 2000. - 263 с. : ил.
Оглавление диссертациидоктор химических наук Готтих, Марина Борисовна
СПИСОК УСЛОВНЫХ СОКРАЩЕНИЙ ВВЕДЕНИЕ
I. ПРОБЛЕМЫ И ПЕРСПЕКТИВЫ ПРИМЕНЕНИЯ АНТИСМЫСЛОВЫХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ПОДАВЛЕНИЯ ГЕННОЙ ЭКСПРЕССИИ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ).
1.1. Принцип действия антисмысловых олигонуклеотидов.
1.1.1. Направления действия антисмысловых олигонуклеотидов.
1.1.2. Механизм действия антисмысловых олигонуклеотидов.
1.1.3. Свойства, необходимые антисмысловым олигонуклеотидам.
1.2. Принципы химической модификации антисмысловых олигонуклеотидов.
1.2.1. Модификация межнуклеотидных групп.
1.2.1.1. Тиофосфатные аналоги олигонуклеотидов.
1.2.1.2. Метилфосфонатные аналоги олигонуклеотидов.
1.2.1.3. Амидофосфатные аналоги олигонуклеотидов.
1.2.1.4. Фосфотриэфирные аналоги олигонуклеотидов.
1.2.2. Модификация углеводных остатков.
1.2.2.1. а-олигонуклеотиды.
1.2.2.2. 2'-0-замещенные олигонуклеотиды.
1.2.3. Одновременная модификация углеводных остатков и межнуклеотидных групп олигонуклеотидов.
1.2.3.1. Морфолиновые аналоги олигонуклеотидов.
1.2.3.2. Пептидные нуклеиновые кислоты.
1.2.4. Модификация гетероциклических оснований олигонуклеотидов.
1.2.5. Химерные олигонуклеотиды.
1.2.6. Модификация концевых группировок сахаро-фосфатного остова.
1.2.6.1. Конъюгаты олигонуклеотидов с интеркаляторами.
1.2.6.2. Реакционно-способные производные олигонуклеотидов.
1.2.6.3. Бинарные системы олигонуклеотидов.
1.2.6.4. Производные олигонуклеотидов с гидрофобными соединениями.
1.2.6.5. Производные олигонуклеотидов с пептидами.
1.3. Фармакология антисмысловых олигонуклеотидов.
1.3.1. Проникновение и внутриклеточное распределение олигонуклеотидов в культуре клеток.
1.3.2. Проникновение и распределение олигонуклеотидов в тканях живых организмов.
1.3.3. Токсические эффекты олигонуклеотидов.
1.3.3.1. Метаболизм модифицированных олигонуклеотидов.
1.3.3.2. Неспецифические взаимодействия олигонуклеотидов.
1.4. Системы-носители для доставки олигонуклеотидов в клетку.
1.4.1. Пептидные конструкции для доставки олигонуклеотидов в клетку.
1.4.2. Липосомы.
1.4.2.1. Анионные и нейтральные липосомы.
1.4.2.2. рН-чувствительные липосомы.
1.4.2.3. Иммунолипосомы.
1.4.2.4. Рецептор-направленные липосомы.
1.4.2.5. Фузогенные липосомы.
1.4.2.6. Катионные липосомы.
1.4.3. Наночастицы.
1.4.4. Дендримерные носители полиамидоаминного типа.
1.5. Механизм действия антисмысловых олигонуклеотидов.
1.5.1. Гидролиз РНК в дуплексе с олигонуклеотидом РНКазой Н.
1.5.2. Блокирование процессинга РНК без участия РНКазы Н.
1.5.2.1. Ингибирование обратной транскрипции.
1.5.2.2. Ингибирование трансляции.
1.5.2.3. Ингибирование созревания мРНК.
1.5.2.4. Ингибирование процессинга РНК за счет взаимодействия олигонуклеотида с ее функционально значимыми структурными элементами.
1.5.3. Место действия антисмыслового олигонуклеотида в клетке.
1.6. Перспективы использования антисмысловых олигонуклеотидов.
II. СОЗДАНИЕ ЭФФЕКТИВНЫХ ИНГИБИТОРОВ ГЕННОЙ ЭКСПРЕССИИ НА ОСНОВЕ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ С ПРИРОДНЫМ САХАРО-ФОСФАТНЫМ ОСТОВОМ (ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ). 11.1. Активация концевых фосфатных групп олигонуклеотидов в водной среде. II. 1.1. Метод карбодиимидной конденсации.
II. 1.1.1. Конденсация мононуклеотидов с амино- и оксисоединениями. II. 1.1.2. Конденсация олигонуклеотидов с амино- и оксисоединениями. II. 1.1.3. Общая характеристика метода карбодиимидной конденсации.
II. 1.2. Конденсация олигонуклеотидов с оксисоединениями, индуцируемая бромцианом. II. 1.2.1. Влияние природы буфера на активацию фосфатной группы бромцианом. II. 1.2.2. Изучение механизма активации фосфатной группы методом ЯМР-спектроскопии. II. 1.2.3. Общая характеристика метода. II. 1.3. Фосфорилирующие производные олигонуклеотидов. П.2. Получение антисмысловых олигонуклеотидов, содержащих концевые ненуклеотидные группировки. И.2.1. Получение производных олигонуклеотидов с интеркаляторами. II.2.2. Получение производных олигонуклеотидов с пептидами. П.2.3. Получение производных олигонуклеотидов с липофильными соединениями.
П.З. Конструирование антисмысловых олигонуклеотидов с повышенной специфичностью взаимодействия с РНК-мишенями и устойчивостью к ферментативному гидролизу.
П.З. 1. Химерные антисмысловые олигонуклеотиды.
П.З. 1.1. Получение и гибридизационная способность химерных а-р олигонуклеотидов.
11.3.1.2. Устойчивость химерных олигонуклеотидов к нуклеазному гидролизу.
11.3.1.3. Специфичность взаимодействия химерных олигонуклеотидов с РНК-мишенью.
11.3.1.4. Ингибирование трансляции мРНК онкогена рт-1 химерными олигонуклеотидами.
11.3.2. Циклические антисмысловые олигонуклеотиды.
И.3.2.1. Получение циклических олигонуклеотидов.
11.3.2.2. Изучение термической стабильности дуплексов, образованных циклическими олигонуклеотидами.
11.3.2.3. Биологические свойства циклических олигонуклеотидов.
11.3.3. Псевдоциклические олигонуклеотиды.
П.3.3.1. Подтверждение вторичной структуры псевдоциклического олигонуклеотида.
II.3.3.2. Взаимодействие псевдоциклического олигонуклеотида с РНК-мишенью и его гидролитическая устойчивость.
11.3.4. Олигонуклеотиды, формирующие внутримолекулярные дуплексы.
И.3.4.1. Дизайн олигонуклеотидных конструкций.
11.3.4.2. Изучение гибридизации структурированных олигонуклеотидов с ДНК- и РНК-мишенями.
11.3.4.3. Гидролиз РНК-матрицы РНКазой Н в составе дуплексов с олигонуклеотидами.
11.3.4.4. Устойчивость олигонуклеотидов различной вторичной структуры в биологических средах.
11.4. Проникновение и внутриклеточное распределение олигонуклеотидов в присутствии систем-носителей.
11.4.1. Сравнение эффективности использования различных носителей для транспорта олигонуклеотидов в клетки.
11.4.2. Кинетика проникновения комплекса олигонуклеотида с дендримером в клетки.
11.4.3. Изучение влияния клеточного цикла на внутриклеточное распределение олигонуклеотидов.
11.5. Изучение кинетики гибридизации структурированных олигонуклеотидов с РНК-мишенями разной длины.
11.5.1. Дизайн олигонуклеотидов для изучения кинетики их гибридизации с разными РНК-матрицами.
11.5.2. Изучение взаимодействия структурированных олигонуклеотидов с разными матрицами.
11.5.3. Гибридизация антисмыслового олигонуклеотида с РНК в присутствии SuperFect™.
11.5.4. Исследование гибридизации структурированных олигонуклеотидов с мРНК белка оболочки вируса Friend ex vivo.
11.6. Изучение фармакологического действия антисмысловых олигонуклеотидов.
11.6.1. Разработка тест-системы для изучения биологического действия антисмысловых олигонуклеотидов.
11.6.2. Изучение ингибирующего действия антисмысловых олигонуклеотидов.
11.6.2.1. Влияние структуры олигонуклеотида на эффективность ингибирования.
11.6.2.2. Влияние концентрации антисмыслового олигонуклеотида на ингибирующее действие.
11.6.2.3. Зависимость величины ингибирующего действия антисмыслового олигонуклеотида от эффективности его проникновения в клетку.
II.6.3. Изучение механизма действия антисмысловых олигонуклеотидов.
III. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
IV. ВЫВОДЫ
V. Литература