Структурно-функциональный анализ участков внутреннего связывания рибосомы РНК вируса гепатита С и мРНК белка теплового шока HSP70 Сизова, Дарья Викторовна

brief description

Чуб, Михаил Викторович.
Фосфонатные аналоги пептидо-нуклеиновых кислот : Синтез и гибридизационные свойства : диссертация ... кандидата химических наук : 02.00.10. - Москва, 1999. - 112 с. : ил.
Оглавление диссертациикандидат химических наук Сизова, Дарья Викторовна
ОГЛАВЛЕНИЕ
Список сокращений
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Участки внутреннего связывания рибосомы вирусных и клеточных РНК
1.1 Общая схема инициации белкового синтеза в клетках эукариот
1.2 Внутренняя инициация трансляции
1.3 Метод поиска IRES-элементов внутри 5'-НТР мРНК
1.4 Вирусные IRES-элементы
1.4.1 IRES-элементы РНК пикорнавирусов
1.4.1.1 Структура IRES-элементов у различных пикорнавирусных РНК
1.4.1.2 Белки, взаимодействующие с IRES-элементами РНК пикорнавирусов
1.4.2 IRES-элементы РНК вируса гепатита С и пестивирусов
1.4.2.1 Структура IRES-элементов РНК вируса гепатита С и пестивирусов
1.4.2.2 Белки, взаимодействующие с IRES-элементами РНК вируса гепатита С и пестивирусов
1.4.3 IRES-элементы некоторых других вирусных РНК
1.4.3.1 IRES-элемент РНК F-MLV
1.4.3.2 IRES-элемент РНК Mo-MuLV
1.4.3.3 IRES-элемент РНК HaMSV
1.4.3.4 IRES-элемент РНКЗ IBV
1.4.3.5 IRES-элемент РНК crTMV
1.5 Клеточные IRES-элементы
1.5.1 IRES-элемент мРНК BIP
1.5.2 IRES-элемент мРНК FGF-2
1.5.3 RES-элемент мРНК протоонкогена с-тус
1.5.4 IRES-элемент мРНК PDGF/c-sw
1.5.5 IRES-элемент мРНК IGFII
1.5.6 IRES-элемент мРНК VEGF
1.5.7 IRES-элементы мРНК TFID и НАР4 дрожжей________49
1.5.8 IRES-элемент мРНК морфогенетического фактора Antennapedia у дрозофилы
1.5.9 IRES-элемент мРНК eIF-4G
ГЛАВА 2. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ОБСУЖДЕНИЕ
Структурно-функциональный анализ участков внутреннего связывания рибосомы РНК вируса гепатита С и мРНК белка теплового шока HSP70
2.1 Структурно-функциональный анализ IRES-элемента
HCV
2.1.1 Локализация участка связывания eIF-З на IRES-элементе HCV
2.1.2 Исследование влияния структурных составляющих IRES-элемента HCV на связывание с eIF-3
2.1.3 Изучение возможности одновременного связывания eIF-З и 40S рибосомной субчастицы с IRES-элементом HCV
2.2 Структурно-функциональный анализ IRES-элемента белка теплового шока HSP70
2.2.1 Исследование способности мРНК HSP 70 к внутренней инициации трансляции
2.2.2 Изучение влияния мутантного eIF-4A (R362Q) на функционирование IRES-элемента HSP 70
2.2.3 Сравнение эффективности функционирования IRES-элементов HSP70 и BIP
2.2.4 Определение границ IRES-элемента HSP 70
2.2.5 Исследование 5'-НТР и фрагмента кодирующей последовательности мРНК Р-глобина методом бицистронных конструкций
2.2.6 Структурный анализ IRES-элемента HSP 70
ГЛАВА 3. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
3.1 Реактивы и материалы
3.2 Плазмидные конструкции, использованные в работе для исследования IRES-элемента HCV
3.3 Плазмидные конструкции, использованные в работе для исследования IRES-элемента HSP 70
3.4 Получение РНК-транскриптов
3.5 Выделение 40S рибосомных субчастиц
3.6 Выделение эукариотического фактора инициации трансляции eIF3
3.7 Анализ рибонуклеопротеидных комплексов
3.7.1 Образование рибонуклеопротеидных комплексов
3.7.2 Мечение 5'-концов олигонуклеотидов
3.7.3 Анализ рибонуклеопротедных комплексов методом "toe-printing"
3.7.4 Обработка рибонуклеопротеидных комплексов РНКазами
3.7.5 Анализ фрагментов РНК, полученных после обработки рибонуклеопротеидных комплексов РНКазами
3.8 Химическое и ферментативное зондирование вторичной структуры РНК
3.9 Трансляция РНК-транскриптов in vitro
ВЫВОДЫ