Информационно—статистический анализ нуклеотиднын последовательностей

brief description

СодержаниеОГЛАВЛЕНИЕВведение 5Глава 1. Обзор основных проблем биоинформатики и анализа 13 символьных последовательностей§1.1. Основные задачи в исследованиях символьных последовательностей 13§ 1.2. Проблема аннотирования геномов 15§1.3. Модели генетических текстов 17§ 1.4. Построение словарей генетических текстов 20§ 1.5. Распознавание структурных закономерностей в генетических текстах 22§ 1.6. Методы сравнения генетических текстов 27§1.7. Информация и энтропия 32§1.8. Выводы Главы 1 37Глава 2. Частотный словарь. Случай глобального восстановления. 38§ 2.1. Соотношение "последовательность - конечно-частотный словарь" и 38проблема восстановления целого из частей§ 2.2. Конечно-частотный словарь и проблема восстановления полной 39последовательности§ 2.3. Характеристики конечно-частотных словарей для реальных 41нуклеотидных последовательностей§ 2.4. Изменение избыточности генов в результате сплайсинга 52§ 2.5. О распределении наидлиннейших повторов в различных участках 76последовательности§ 2.6. О распределении наидлиннейших повторов в геномах некоторых 85организмов§ 2.7. Выводы Главы 2 97Глава 3. Частотный словарь. Случай локального восстановления 98§ 3.1. Задача локального восстановления. Гипотеза наиболее вероятного 98продолжения§ 3.2. Принцип максимума энтропии частотного словаря и восстановление 99-3-частотных словарей большей толщины по заданному § 3.3. Локальное востановление частотных словарей и проблема выбора 102статистической модели генетического текста§3.4. Информационное содержание частотных словарей 105§ 3.5. Предельная энтропия, удельная энтропия и качество восстановления 112частотных словарей §3.6. Качество восстановления для некоторых реальных символьных 116последовательностей § 3.7. Отличия реальных и восстановленных частотных словарей некоторых 119генетических текстов § 3.8. Сравнительное исследование информационных свойств генов 139вирусов и генов их хозяев§3.9. Информационная ёмкость некоторых геномов 164§ 3.10. Микроинформационная структура генов и геномов 169§ 3.11. Самоподобие геномов . . 199§3.12. Выводы Главы 3 225Глава 4. Распределение информационно значимых слов в геномах 227§4.1. Поиск и выделение информационно значимых сайтов в символьных 228последовательностях •§ 4.2. Поиск и выделение информационно значимых сайтов в некоторых 231биологических последовательностях§4.3. Поиск и выделение информационно значимых сайтов в геномах 239§ 4.4. Информационно значимые сайты функционально различных частей в 255геномах § 4.5. Связь между информационно значимыми сайтами различной длины в 258геномах § 4.6. О связи структуры и функции в геномах: статистическая семантика 274геномов § 4.7. Выводы Главы 4 278-4-Глава 5. Информационные и статистические подходы к определению 280близости символьных последовательностей§5.1. Сравнение символьных последовательностей по носителям их 282конечно-частотных словарей § 5.2. Сравнение генетических текстов по носителям их конечно-частотных 287словарей § 5.3. Сравнение символьных последовательностей по их конечно- 290частотным словарям § 5.4. Сравнение нескольких символьных последовательностей с помощью 292их конечно-частотных словарей § 5.5. Сравнение символьных последовательностей по их 294частотным словарям§5.6. Сравнение генетических текстов по их частотным словарям 302§ 5.7. Сравнение геномов по наборам их информационно значимых слов 350§ 5.8. Сравнение функционально различных частей генома по наборам их 362информационно значимых слов § 5.9. Выводы Главы 5 369Заключение 371Выводы 377Список литературы . . 380