Биоразнообразие новых нитчатых пресноводных представителей семейства Beggiatoaceae и анализ геномов для выявления метаболического потенциала представителей родов Beggiatoa, Thioflexithrix и Azospirillum Гуреева Мария Валерьевна

brief description

Гуреева,МарияВалерьевна.БиоразнообразиеновыхнитчатыхпресноводныхпредставителейсемействаBeggiatoaceaeианализгеномовдлявыявленияметаболическогопотенциалапредставителейродовBeggiatoa,ThioflexithrixиAzospirillum: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.02.03 /ГурееваМарияВалерьевна; [Место защиты: Федер. исслед. центр "Фундаментальные основы биотехнологии" РАН]. - Москва, 2019. - 165 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
«Воронежский государственный университет» На правах рукописиГурееваМарияВалерьевнаБИОРАЗНООБРАЗИЕНОВЫХНИТЧАТЫХПРЕСНОВОДНЫХПРЕДСТАВИТЕЛЕЙСЕМЕЙСТВАBEGGIATOACEAEИАНАЛИЗГЕНОМОВДЛЯВЫЯВЛЕНИЯМЕТАБОЛИЧЕСКОГОПОТЕНЦИАЛАПРЕДСТАВИТЕЛЕЙРОДОВBEGGIATOA, THIOFLEXITHRIX ИAZOSPIRILLUMСпециальность 03.02.03

стр. 2
семействаBeggiatoaceae.......................... 15 1.3. Физиология сероокисляющих бактерий изсемействаBeggiatoaceae........................... 19 1.4. КультивированиепредставителейсемействаBeggiatoaceae.......................................... 21 1.5. ЭкoлoгияпредставителейсемействаBeggiatoaceae......................................................... 22 Глава 2. Метаболизмпредставителейсемейства...

стр. 8
родовBeggiatoa, Thioflexithrix иAzospirillum. Цель и задачи исследования Цель работы - таксономическое описание двухновыхпредставителейсемействаBeggiatoaceaeианализгеномовдлявыявленияметаболическогоразнообразия литотрофных серооокисляющих бактерий изсемействаBeggiatoaceaeиAzospirillumthiophilum.Длядостижения этой цели были поставлены следующие задачи: 1. Провести..

Оглавление диссертациикандидат наук Гуреева Мария Валерьевна
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность проблемы
Цель и задачи исследования
Научная новизна и значимость работы
Практическая значимость
Апробация работы
Публикации
Объем и структура диссертации
Место проведения работы и благодарности
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Глава1. Бесцветные серобактерии
1.1. Проблемы классификации
1.2. Морфотипы сероокисляющих бактерий из семейства Beggiatoaceae
1.3. Физиология сероокисляющих бактерий из семейства Beggiatoaceae
1.4. Культивирование представителей семейства Beggiatoaceae
1.5. Экoлoгия представителей семейства Beggiatoaceae
Глава 2. Метаболизм представителей семейства Beggiatoaceae
2.1. Серный метаболизм у представителей семейства Beggiatoaceae
2.1.1. Окисление сульфида
2.1.2. Окисление элементной серы
2.1.3. Окисление сульфита
2.1.4. Пути окисления тиосульфата
2.2. Автотрофия у представителей семейства Beggiatoaceae
2.3. Метилотрофия у представителей семейства Beggiatoaceae
2.4. Литотрофный рост представителей семейств Beggiatoaceae на водороде
2.5. Образование полисахаридных чехлов
Глава 3. Новые «бесцветные серобактерии»
3.1. Серный метаболизм у Azospirillum
3.2. Автотрофия у представителей рода Azospirillum
3.3. Метилотрофия у представителей рода Azospirillum
ЗАКЛЮЧЕНИЕ ПО ОБЗОРУ ЛИТЕРАТУРЫ
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
Глава 4. Объекты и методы исследования
4.1. Объекты исследования
4.2. Ме^ды иccледoвания
4.2.1. ^став питательные cред
4.2.2. Микрoаэрoбнoе культивирoвание
4.2.3. Методы изучения мoрфoлoгии, ультрастуктуры и внутриклеточных включений
4.2.4. Получение клеточной суспензии и ферментных экстрактов
4.2.5. Методы определения активности ферментов
4.2.6. Физико-химические методы анализа
4.2.6.1. Определение хинонов
4.2.6.2. Анализ жирнокислотного состава
4.2.6.3. Методы определения продуктов превращения соединений серы
4.2.7. Методы молекулярной биологии и биоинформатики
4.2.7.1. Выделение ДНК, секвенирование и аннотирование геномов
4.2.7.2. Построение филогенетических деревьев и статистическая оценка результатов кластеризации
4.2.7.3. Определение уровня экспрессии генов
4.2.8. Определение общего содержания углеводов
4.2.9. Выделение экзополисахаридов
4.2.10. Определение моносахаридного состава полисахаридов
4.2.11. Получение ЯМР-спектра
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
Глава 5. Нитчатые представители семейства Beggiatoaceae
5.1. Штамм D3
5.1.1. Выделение штамма D3
5.1.2. Морфология клеток
5.1.3. Физиологические характеристики
5.1.4. Хемотаксономический анализ
5.1.5. Филогенетический анализ
5.1.6. Диагноз Thioflexithrix gen. поу
5.1.7. Диагноз Thioflexithrixpsekupsensis sp. поу
5.1.8. Характеристика генома
5.1.9. Автотрофный рост
5.1.10. Серный метаболизм
5.1.11. Литотрофный рост в присутствии молекулярного водорода
5.1.12. Определение количества экзополисахаридов (ЭПС) и их мономерного состава. Гены, кодирующие ферменты, участвующие в синтезе галактана
5.1.13. Ферменты, участвующие в защите от кислорода у T. psekupsensis D3T
5.1.14. Центральный метаболизм
5.1.15. Дыхательная цепь
5.2. Beggiatoa leptomitoformis D-402T
5.2.1. Морфология клеток
5.2.2. Физиологические характеристики
5.2.3. Хемотаксономический анализ
5.2.4. Филогенетический анализ
5.2.5. Диагноз Beggiatoa leptomitoformis ер. поу
5.2.5. Характеристика генома
5.2.6. Серный метаболизм
5.2.7. Литотрофный рост в присутствии молекулярного водорода
5.2.8. Метаболизм С1-соединений
5.2.8.1. Окисление С1-соединений до СО2
5.2.8.2. Окисление метанола до формальдегида
5.2.8.3. Окисление формальдегида до формиата и СО2
5.2.8.4. Рост B. leptomitoformis Б-402 в присутствии метанола
5.2.8.5. Активность метанолдегидрогеназы и формиатдегидрогеназы
5.2.8.6. Уровень экспрессии генов mdh2 и xoxF
5.2.8.7. Ассимиляция углерода из О-соединений для анаболизма
5.2.9. Центральный метаболизм
5.2.10. Дыхательная цепь
Глава 6. Azospirillum thiophilum БУ-8Х
6.1. Характеристика генома
6.2. Литотрофный рост в присутствии тиосульфата
6.3. Литотрофный рост в присутствии молекулярного водорода
6.4. Автотрофный рост
6.5. Метаболизм С1-соединений
6.5.1. Окисление метанола
6.5.2. Окисление формальдегида
6.5.3. Окисление формиата
6.6. Центральный метаболизм
6.7. Дыхательная цепь
6.8. Терминальные оксидоредуктазы анаэробного дыхательного пути
6.9. Азотфиксация
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ