Деструкция сульфоароматических соединений бактериями родов Pseudomonas и Comamonas Балашов, Сергей Викторович

brief description

Балашов,СергейВикторович.ДеструкциясульфоароматическихсоединенийбактериямиродовPseudomonasиComamonas: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.07. - Пущино, 1998. - 178 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ НАУК ИНСТИТУТ БИОХИМИИ И ФИЗИОЛОГИИ МИКРООРГАНИЗМОВ Н а правах рукописи Б А Л А Ш О ВСергейВикторовичУ Д К : 579.25.017.7; 579.841.11ДЕСТРУКЦИЯСУЛЬФОАРОМАТИЧЕСКИХСОЕДИНЕНИЙБАКТЕРИЯМИРОДОВP S E U D O M O N A S И C O M A M O N A S 03.00.07 - Микробиология / Диссертация на соискание

стр. 2
БактерииродаPseudomonas2.2БактерииродаComamonas6 6 6 7 8 9 9 11 2.3 Метаболизм ароматическихсоединенийбактериямиродовPseudomonasиComamonas2.4 Разложение ксенобиотиковбактериямиродовPseudomonasиComamonas2.5Сульфоароматическиесоединения12 17 20 2.5.1 Химическое строение, физико-химические

стр. 20
По-видимому, неслучаен как тот факт, что среди изолированныхбактерий-деструкторов ксено­ биотиковбактерииродаPseudomonasсоставляют большую часть, так и то, чтобак­ терииPseudomonasиComamonasдоминируют в микробных сообществах загряз­ ненных почв и природных вод. По данным Hiraishi et al.(Hiraishi

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Балашов, Сергей Викторович
СОДЕРЖАНИЕ
1. ВВЕДЕНИЕ
1.1 Актуальность проблемы
1.2 Цель и задачи исследования
1.3 Научная новизна работы
1.4 Практическое значение результатов
2 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
2.1 Бактерии рода Pseudomonas
2.2 Бактерии рода Comamonas
2.3 Метаболизм ароматических соединений бактериями родов Pseudomonas и Comamonas
2.4 Разложение ксенобиотиков бактериями родов Pseudomonas и Comamonas
2.5 Сульфоароматические соединения
2.5.1 Химическое строение, физико-химические свойства и области применения ароматических сульфонатов
2.5.2 Сульфоароматические соединения как загрязнители окружающей среды
2.6 Биодеградация сульфоароматических соединений
2.6.1 Разложение микроорганизмами алкилированных ароматических сульфонатов
2.6.2 Бактериальная деструкция арилсульфонатов
2.6.2.1 Микроорганизмы-деструкторы ароматических сульфонатов
2.6.2.2 Биохимические пути деградации арилсульфонатов у микроорганизмов
2.6.2.3 Бактериальные ферменты биодеградации сульфоароматических соединений
2.6.2.4 Генетический контроль катаболизма ароматических сульфонатов у
микроорганизмов
3 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1 Бактериальные штаммы и плазмиды
3.2 Среды и другие материалы
3.3 Методы
3.3.1 Отбор проб почвы, воды и активного ила
3.3.2 Изоляция бактерий
3.3.3 Идентификация бактерий
3.3.4 Хранение бактериальных штаммов
3.3.5 Химический мутагенез
3.3.6 Обогащение мутантов
3.3.7 Диагностика ауксотрофных мутантов
3.3.8 Коньюгационный и мобилизационный перенос бактериальных плазмид
3.3.9 Элиминация бактериальных плазмид
3.3.10 Определение размера бактериальных плазмид
3.3.11 Определение групп несовместимости плазмид
3.3.12 Визуализация плазмидной ДНК
3.3.13 Выделение плазмидной ДНК
3.3.14 Скрининг плазмидной ДНК
3.3.15 Очистка плазмидной ДНК
3.3.16 Электрофорез ДНК в агарозном геле
3.3.17 Гидролиз ДНК сайтспецифическими эндонуклеазами рестрикции
3.3.18 Электроэлюция фрагментов ДНК
3.3.19 Обработка ДНК линеализированного вектора щелочной фосфатазой
3.3.20 Лигирование ДНК
3.3.21 Трансформация клеток Е.соН плазмидной ДНК
3.3.22 Отбор клонов с рекомбинантными плазмидами
3.3.23 Подготовка бактериальных культур для определения активностей ферментов
3.3.24 Приготовление клеточных экстрактов
3.3.25 Определение концентрации белка в клеточных экстрактах
3.3.26 Определение активностей ферментов разрыва ароматического кольца
3.3.27 Анализ скорости окисления субстратов бактериальными клетками
3.3.28 Экстракция органических метаболитов
3.3.29 Определение спектральных характеристик метаболитов
3.3.30 Тонкослойная хроматография
3.3.31 Очистка метаболитов
3.3.32 Определение масс-спектров метаболитов
3.3.33 Определение концентраций органических веществ и ионов в культуральных средах
3.3.34 Изучение динамики и определение параметров роста бактериальных
культур
4. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ
4.1 Отбор образцов почвы, воды и активного ила
4.2 Выделение бактериальных штаммов-деструкторов ароматических сульфонатов
4.3 Идентификация бактериальных штаммов-деструкторов ароматических сульфонатов
4.4 Усвоение бактериями арилсульфонатов в качестве единственных источников углерода и энергии
4.5 Усвоение бактериями сульфоароматических соединений в качестве единственных источников серы
4.6 Динамика роста бактерий на сульфоароматических субстратах
4.7 Катаболизм арилсульфонатов бактериями вида Pseudomonasputida
4.7.1 Деструкция бензолсульфоновой, п-толуолсульфоновой и сульфаниловой кислот штаммом Р.putida BS 1331 и его производными
4.7.2 Деструкция бензолсульфоновой, п-толуолсульфоновой и сульфаниловой кислот штаммом Р.putida BS 1304
4.8 Катаболизм арилсульфонатов бактериями вида. Pseudomonas stützen
4.9 Катаболизм арилсульфонатов бактериями вида Comamonas testosteroni
4.9.1 Деградация бензолсульфоната и п-толуолсульфоната штаммом С.testosteroni BS1310
4.9.2 Деградация п-толуолсульфоната и п-сульфобензоата штаммом С.testosteroni BS1307
4.9.3 Деградация 5-сульфосалицилата штаммом С.testosteroni ВS1309
4.9.4 Деградация 2-нафталинсульфоната, бензолсульфоната и п-толуолсульфоната штаммом C.testosteroni BS1305
4.10 Генетический контроль деградации арилсульфонатов изучаемыми штаммами
4.10.1 Плазмиды деградации арилсульфонатов бактерий вида Р.putida
4.10.2 Плазмиды деградации арилсульфонатов бактерий вида Comamonas testosteroni
4.10.2.1 Плазмиды деградации бензолсульфоновой и п-толуолсульфоновой кислот бактерий вида Comamonas testosteroni
4.10.2.1.1 Плазмида деградации бензолсульфоновой и п-толуолсульфоновой кислот рВS1010 штамма Comamonas testosteroni BS 1310
4.10.2.1.2 Анализ коньюгативности плазмиды pBS1023 штамма C.testosteroni BS 1323
4.10.2.2 Плазмиды деградации п-толуолсульфоновой и п-сульфобензойной кислот бактерий вида Comamonas testosteroni
4.10.2.3 Плазмиды деградации 5-сульфосалициловой кислоты бактерий вида Comamonas testosteroni
4.11 Создание штаммов с расширенным спектром утилизируемых субстратов
4.12 Клонирование генов ферментов биодеградации арилсульфонатов штамма Р.putida BS 1304
4.12.1 Создание клонотек плазмидной ДНК штамма P.putida BS1304
4.12.2 Анализ клонотек плазмидной ДНК штамма P.putida BS1304
4.12.3 Поиск клонированных генов катехол-2,3-диоксигеназы
4.12.4 Анализ репрезентативности клонотек плазмидной ДНК штамма P.putida BS1304
4.12.5 Поиск клонированных генов бензолсульфонат-диоксигеназы
4.12.6 Анализ клонированного гена катехол-2,3-ДЖ>ксигеназы
4.12.7 Рестрикционный анализ клонированных фрагментов ДНК плазмиды pBS1004, несущих ген катехол-2,3-Диоксигеназы
4.12.8 Анализ экспрессии клонированного гена катехол-2,3-Диоксигеназы в клетках E.coli
5. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
6. ВЫВОДЫ
7. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ