Фотосенсибилизированная модификация ДНК-полимераз в реконструированных ансамблях белков и в экстрактах клеток и ядер Лебедева, Наталья Александровна

brief description

Лебедева, Наталья Александровна.
Фотосенсибилизированная модификация ДНК-полимераз в реконструированных ансамблях белков и в экстрактах клеток и ядер : диссертация ... кандидата химических наук : 02.00.10. - Новосибирск, 2003. - 111 с.
Оглавление диссертациикандидат химических наук Лебедева, Наталья Александровна
ПРИНЯТЫЕ СОКРАЩЕНИЯ
ВВЕДЕНИЕ б
ГЛАВА 1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР
Методы высокоселективной модификации ДНК-связывающих ферментов в реконструированных системах и экстрактах
1.1. Классическая аффинная модификация
1.2. Фотоаффинная модификация
1.3. Каталитически компетентное мечение
1.4. Каталитически компетентное мечение инициирующего комплекса РНК-полимеразы Escherichia coli
1.5. Каталитически компетентное мечение ДНК-полимераз
1.6. Фотомодификация с переносом энергии
1.7. Фотосенсибилизированная модификация белков—переносчиков лекарств
1.8. Бинарная система фотоаффинных реагентов
1.9. Бинарная система фотоаффинных реагентов для селективной модификации ДНК-полимераз
ГЛАВА 2. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
2.1. МАТЕРИАЛЫ
2.2. МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.2.1. Введение [32Р]-метки в 5 -конец олигонуклеотида
2.2.2. Подготовка ДНК-дуплекса к синтезу ДНК, катализируемому ДНК-полгшеразами
2.2.3. Электрофорез по Леммли
2.2.4. Количественная обработка гелей
2.2.5. Выделение рекомбинантнойДНК-полимеразы Tte
2.2.6. Синтез ДНК, катализируемыйДНК-полимеразой/3 илиДНК-полимеразои Tte
2.2.7. Определение кинетических параметров
2.2.8. Фотосенсибилизированная модификация ДНК-полимеразы Tte в присутствии RPA
2.2.9. Фотоаффинная модификация ДНК-полимераз
2.2.10. Условия УФ-облучения
2.2.11. Оценка эффективности и селективности модификации ДНК-полимераз
2.2.12. Выделение ядерного экстракта из семенников крупного рогатого скота
2.2.13. Синтез ДНК, катализируемый ДНК-полимеразами ядерного экстракта
2.2.14. Фотоаффинная модификация белков ядерного (клеточного) экстракта
2.2.15. Иммуноанализ антителами против белков репарации
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬ ТА ТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Высокоселективная фотоаффинная модификация ДНК-полимераз
3.1.1. Структуры и фотохимические характеристики аналогов dNTP
3.1.2. Фотосенсибилизированная модификация ДНК-полимеразы Tte из Thermus thermophilus В
3.1.3. Влияние природных dNTP на фотосенсибилизированную модификацию ДНК-полимеразы Tte
3.1.4. Селективная модификация ДНК-полимеразы Tte в присутствии RPА
3.1.5. Селективная модификация ДНК-полимеразы а-праймазы 3.2. Повышение эффективности модификации ДНК-полимераз при использовании бинарной системы фотоаффинных реагентов
3.2.1. Субстратные свойства FAB-4-ddUTP
3.2.2. Влияние структуры матрицы на эффективность модификации ДНК-полимеразы Р
3.2.3. Влияние структур реагента и сенсибилизатора на эффективность модификации ДНК-полимеразы (
3.2.4. Фотоаффинное мечение ДНК-полимераз бинарной системой фотоаффинных реагентов в условиях 10-кратного избытка реакционноспособного праймера
3.3. Идентификация белков в ядерном экстракте методом фотоаффинной модификации с использованием различных фотореагентов
3.3.1. Структуры ДНК и фотореагентов, использованных в работе
3.3.2. Синтез фотореакционноспособных интермедиатов репарации оснований
3.3.3. Фотомодификация белков ядерного экстракта
3.4. Применение бинарной системы фотореагентов для модификации белков в ядерном экстракте
3.4.1. Фотоаффинная модификация белков ядерного экстракта с использованием различных ДНК-структур
3.4.2. Сравнение набора продуктов модификации в клеточном и ядерном экстрактах
3.4.3. Относительная селективность и эффективность модификации ДНКф полгшеразы fie ядерном экстракте
ВЫВОДЫ