Изменчивость гена pol вариантов вируса иммунодефицита человека первого типа (ВИЧ-1) подтипа А, циркулирующих в России Суханова, Анна Львовна

brief description

Суханова,АннаЛьвовна.Изменчивостьгенаpolвариантоввирусаиммунодефицитачеловекапервоготипа(ВИЧ-1)подтипаА,циркулирующихвРоссии: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.03. - Москва, 2006. - 127 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
правах рукописиСухановаАннаЛьвовнаИЗМЕНЧИВОСТЬГЕНАPOLВАРИАНТОВВИРУСАИММУНОДЕФИЦИТАЧЕЛОВЕКАПЕРВОГОТИНА (ВИЧ-1)ПОДТИПАА,ЦИРКУЛИРУЮЩИХВРОССИИ03.00.03 - молекулярная биология Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук НАУЧНЫЕ РУКОВОДИТЕЛИ: доктор биологических

стр. 5
изменчивостивариантовВИЧ,циркулирующихв стране. Цель и задачи работы Цель исследования состояла в определении степениизменчивостигенаро1 и распространенности мутаций лекарственной устойчивости у инфицированныхвариантамиВИЧ-1подтипаА лиц вРоссии, не принимавших АРВ-препараты, для оптимизации мониторинга

стр. 39
известно два разныхвирусаиммунодефицитачеловека—ВИЧпервоготипаиВИЧвтороготипа(ВИЧ-2). Обавирусапринадлежат к семейству лентивирусов и родственнывирусамиммунодефицитаобезьян (SIV), но отличаются друг от друга происхождением, рядом генетических особенностей, патогенностью (инфекцияВИЧ-2 характеризуется

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Суханова, Анна Львовна
ВВЕДЕНИЕ (4) ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 18)
Глава 1. ФАКТОРЫ МИКРОЭВОЛЮЦИИ ВИЧ-1 IN VIVO (8)
1.1. Репликативный цикл ВИЧ-1 (8)
1.2. Механизмы генетической изменчивости ВИЧ-1 (9)
1.3. Скорость репликации ВИЧ-1, квазивиды, жизнеспособность (11)
1.4. Естественный отбор (13)
1.5. Антиретровирусная терапия как фактор отбора устойчивых вариантов ВИЧ-1 (14)
Глава 2. ИЗМЕНЧИВОСТЬ ГЕНА POL ВИЧ-1, НАПРАВЛЯЕМАЯ ФАКТОРАМИ ОТБОРА (16)
2.1. Структура и функция протеазы (17)
2.2. Ингибиторы протеазы (ИП) (19)
2.3. Механизмы разви тия устойчивости ВИЧ-1 к ИП (19)
2.4. Структура и функция обратной транскриптазы (24)
2.5. Нуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы (НИОТ) (27)
2.6. Механизмы развития устойчивости ВИЧ-1 к НИОТ (28)
2.7. Ненуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы (ННИОТ) (32)
2.8. Механизмы развития устойчивости ВИЧ-1 к ННИОТ (32)
2.9. Влияние клеточного иммунного ответа на вариации генаpol ВИЧ-1 (34)
Глава 3. ЛЕКАРСТВЕННАЯ УСТОЙЧИВОСТЬ ВИЧ В КОНТЕКСТЕ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ ЦИРКУЛИРУЮЩИХ ВАРИАНТОВ ВИРУСА (38)
3.1. Происхождение и генетическое разнообразие ВИЧ-1 (39)
3.2. Полиморфизм гена pol в отсутствие антиретровирусных препаратов (40)
3.3. Влияние генетического полиморфизма ВИЧ-1 на разви тие лекарственной устойчивости (43)
3.4. Эпидемиология передающейся лекарственной устойчивости ВИЧ-1 (48)
Глава 4. МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ЭПИДЕМИИ ВИЧ-ИНФЕКЦИИ В РОССИИ (52)
4.1. Развитие эпидемии ВИЧ-инфекции в России и странах Ближнего Зарубежья (52)
4.2. Генетическая характеристика варианта ВИЧ-1 IDU-A, доминирующего в России (55)
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ (57)
Глава 1. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ (57)
1.1. Объект исследования (57)
1.2. Сбор клинико-эпидемиологических данных (58)
1.3. Получение «грубых» лизатов мононуклеарных клеток периферической крови (59)
1.4. Определение генетического подтипа ВИЧ-1 (59)
1.5. Амплификация фрагментов гена pol ВИЧ-1 (62)
1.6. Выявление мутаций V77I и A62V с помощью биологических микрочипов (64)
1.7. Выявление мутаций V77I и A62V с помощью рестрикционного анализа (66)
1.8. Электрофоретический анализ препаратов ДНК в агарозном геле (67)
1.9. Определение нуклеотидной последовательности фрагментов ДНК (68)
1.10. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей (70)
1.11. Статистическая обработка данных (70)
Глава 2. МУТАЦИИ ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТИ В НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ ГЕНА POL ВИЧ-1 ПОДТИПА А СРЕДИ ВИЧ
ИНФИЦИРОВАННЫХ ЛИЦ В РОССИИ. НЕ ПРИНИМАВШИХ АРВ-ПРЕПАРАТЫ (71)
2.1. Предварительная характеристика исследуемых образцов (71)
2.2. Построение консенсуса нуклеотдиных последовательностей генаpol ВИЧ-1 варианта IDU-A. опубликованных к началу настоящего исследования (72)
2.3. Доказательства принадлежности исследуемых нуклеотидных последовательностей гена pol подтипу А ВИЧ-] (73)
2.4. Анализ аминокислотных последовательностей протеазы и ОТ ВИЧ-1 IDU-A (76)
2.5. Частота встречаемости мутаций, связанных с лекарственной устойчивостью ВИЧ-1 (77)
2.6. Анализ потенциального влияния мутаций в гене pol ВИЧ-1 1DU-A на эффективность антиретровируспой терапии (79)
Глава 3. ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ЧЕТЫРЕХ ОБНАРУЖЕННЫХ В РОССИИ ВАРИАНТОВ ВИЧ-1 IDU-A. РАЗЛИЧАЮЩИХСЯ МУТАЦИЯМИ V77I В PRO И A62V В
RT (НО)
3.1. Характеристика исследуемых групп (80)
3.2. Филогенетические взаимоотношения между вирусами четырех обнаруженных генотипов IDU-A ВИЧ-1 (81)
3.3. Изменчивость гена pol обнаруженных вариантов 1DU-A ВИЧ-1 (84)
ГЛАВА 4. РАСПРОСТРАНЕНИЕ ВАРИАНТОВ ВИЧ-i ПОДТИПА А ЧЕТЫРЕХ POL-ГЕНОТИПОВ В РАЗНЫХ РЕГИОНАХ РОССИИ В ПЕРИОД С 1996 ПО 2005 ГГ (87)
4.1. Изучение возможности применения биологических микрочипов и рестрикционного анализа для выявления мутаций V771 в pro и A62V в Rt (87)
4.2. Передача вариантов ВИЧ-1 IDU-A, несущих мутации V77I и/или A62V, в эпидемиологических цепочках (90)
4.3. Частота встречаемости /?о/-генотипов Wt, Ми177шу, МШ771 и Mut^v ВИЧ-1 1DU-A в разных регионах России и ее изменение в ходе эпидемии в стране (90)
4.4. Частота встречаемости мутаций V771 в pro и A62V в Rl ВИЧ-1 1DU-A в регионах России (96)
9 ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ (98)
I. Вопрос о передающейся лекарственной устойчивости ВИЧ-1 в России (98) И. Генетическая гетерогенность вариантов ВИЧ-1 IDU-A, циркулирующих в России (100) Ш. Обсуждение возможных причин преимущественного распространения в России варианта IDU-A с /w/-ген о типом Mut77[/s2v О 06)
V. Обсуждение данных о клиническом значении выявленных мутаций в гене pol (108) ВЫВОДЫ (111)