Механизм специфического отбора тРНК фенилаланил-тРНК-синтетазой: функциональная роль структурных элементов тРНК на различных стадиях взаимодействия Механизм специфического отбора тРНК фенилаланил-тРНК-синтетазой: функциональная роль структурных элементов тРНК на различных стадиях взаимодействия

brief description

Васильева, Инна Анатольевна.МеханизмспецифическогоотборатРНКфенилаланил-тРНК-синтетазой:функциональнаярольструктурныхэлементовтРНКнаразличныхстадияхвзаимодействия: диссертация ... кандидата химических наук : 03.00.04. - Новосибирск, 2005. - 141 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
Инна АнатольевнаМеханизмспецифическогоотборатРНКфенилаланил-тРНК-синтетазой:функциональнаярольструктурныхэлементовтРНКнаразличныхстадияхвзаимодействия/03.00.04-биохимия/ Диссертация на соискание ученой степени кандидата химических наук Научный руководитель: к.х.н,, с.н.с. Моор Н. А. Научный

стр. 4
в присутствии низкомолекулярных субстратов 3.2.2.1. Влияние Phe и АТР на модификациюфенилаланил-тРНК-синтетазыразличнымианалогами тPHK^''^ 3.2.2.2.Рольнизкомолекулярных субстратов в продуктивном связьшании акцепторного концатРНК^*^^ комплексе сфенилаланил-тРНК-синтетазойтРНК-синтетазы аналогами TPHK''"', содержащими заменыэлементовузнавания 3.3.2.Рольэлементовузнавания...

стр. 61
радиоавтографировали или сканировали. 61 Глава 3. (РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ)ФункциональнаярольструктурныхэлементовтРНК наразличныхстадияхвзаимодействия3.1. Эффективность распознавания тРНКфенилаланил-тРНК-синтетазойТ. thermophilus настадиисвязывания Для оценки эффективности распознавания PheRSразличныхтРНК в процессе комплексообразования и выявленияструктурныхэлементов, ответственных за...

Оглавление диссертациикандидат химических наук Васильева, Инна Анатольевна
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.
ВВЕДЕНИЕ.
Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.
1.1. Реакция аминоацилирования тРНК.
1.2. Два класса аминоацил-тРНК-синтетаз.
1.3. Структура тРНК.
1.4. Общие закономерности и особенности высокоспецифичного взаимодействия аминоацил-тРНК-синтетаз с тРНК: методы выявления элементов идентичности в тРНК и исследования их функциональной роли.
1.4.1. In vivo и in vitro методы определения элементов специфичности.
1.4.2. Распределение элементов узнавания в тРНК.
1.4.3. Относительный вклад элементов узнавания в кинетические параметры аминоацилирования.
1.4.4. Аминоацилирование мини-тРНК субстратов (mini- и microhelices).
1.4.5. Функциональная роль элементов узнавания в обеспечении специфичности на различных этапах взаимодействия.
1.4.6. Природа контактов, обеспечивающих специфичность взаимодействия.
1.4.7. Динамика взаимодействия с тРНК.
1.4.8. Механизмы контроля продуктивного связывания З'-конца тРНК.
1.5. Фенилаланил-тРНК-синтетаза: структурно-функциональные особенности фермента и его взаимодействия с субстратами.
1.5.1. Общая характеристика структуры фермента.
1.5.2. Взаимодействие фенилаланил-тРНК-синтетазы с тРНКРЬе.
1.5.3. Структурные основы каталитической функции фермента.
Глава 2. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.
2.1. Материалы.
2.2. Методы исследования.
2.2.1. Выделение плазмидных ДНК.
2.2.2. Гидролиз плазмидных ДНК эндонуклеазой рестрикции.
2.2.3. Синтез и выделение тРНК-транскриптов.
2.2.4.32Р-Мечение тРНК по 5'-концу.
2.2.5. Ступенчатая деградация тРНК с З'-конца.
2.2.6. УФ-индуцируемая модификация мутантных тРНКРЬе.
2.2.7. Частичный нуклеазный и щелочной гидролиз тРНК.
2.2.8. Получение транскриптов тРНК , содержащих остаток s4U(s6G) на З'-конце, с использованием концевой СТР(АТР):тРНК-нуклеотидилтрансферазы.
2.2.9. Получение диальдегидных производных тРНКРЬе.
2.2.10. Получение з4и-замещенных аналогов тРНКр|1е с использованием Т4 РНК-лигазы.
2.2.11. Аминоацилирование тРНКРЬе, тРНКРЬе-транскрипта и его фотоактивных аналогов и неспецифичных тРНК фенилаланил-тРНК-синтетазой.
2.2.12. Мечение фенилаланил-тРНК-синтетазы фотореакционноспособными аналогами тРНКРЬе и разделение продуктов модификации.
2.2.13. Аффинное мечение фенилаланил-тРНК-синтетазы диальдегидными производными тРНКРЬе.
2.2.14. Нуклеазный гидролиз продуктов модификации фенилаланил-тРНК-синтетазы.
2.2.15. Определение констант диссоциации комплексов фенилаланил-тРНК-синтетазы с тРНК.
2.2.16. Гель-электофорез нуклеиновых кислот и белков.
Глава 3. (РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ) Функциональная роль структурных элементов тРНК на различных стадиях взаимодействия с фенилаланил-тРНК-синтетазой.
3.1. Эффективность распознавания тРНК фенилаланил-тРНК-синтетазой Т. thermophilus на стадии связывания.
3.1.1. тРНКРЬе Е. coli - эффективный субстрат фенилаланил-тРНК-синтетазы Т. thermophilus в связывании.
3.1.2. Исследование стабильности третичной структуры мутантных тРНКРЬе с нуклеотидными заменами в 19-ом и 56-ом положениях.
3.1.3. Сравнение параметров связывания и аминоацилирования мутантных тРНКРЬе.
3.1.4. Взаимодействие фенилаланил-тРНК-синтетазы с неспецифичными тРНК.