Механизмы возникновения и свойства промежуточных, неправильно свернутых и агрегированных форм белков Кузнецова, Ирина Михайловна

brief description

Кузнецова,ИринаМихайловна.Механизмывозникновенияисвойствапромежуточных,неправильносвернутыхиагрегированныхформбелков: диссертация ... доктора биологических наук : 03.00.03. - Санкт-Петербург, 2006. - 303 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
71:06-3/148 РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ НАУК ИНСТИТУТ ЦИТОЛОГИИ На правах рукописиКУЗНЕЦОВАИРИНАМИХАЙЛОВНАМЕХАНИЗМЫВОЗНИКНОВЕНИЯИСВОЙСТВАПРОМЕЖУТОЧНЫХ,НЕПРАВИЛЬНОСВЕРНУТЫХИАГРЕГИРОВАННЫХФОРМБЕЛКОВДиссертация на соискание ученой степени доктора биологических наук 03.00.03 - Молекулярная биология

стр. 6
флуороесцентныйбелок, FP - флуоресцентныебелки, GdnHCl - гуанидинхлорид, GFP - зеленый флуоресцентныйбелок, GlnBP — глутамин-связывающийбелок, GlnBP/Gln - комплекс глутамин-связывающегобелкас глутамином, Use - heat-shock cognate protein (белки, родственныебелкамтеплового шока), Hsp - heat-shock protein

стр. 16
"стадийного сворачивания" и модель "энергетической воронки"), рольпромежуточныхденатурированных частично-свернутыхсостоянийбелкови переходного состояния в образовании пативногобелка. Рассмотренымеханизмывозникновенияагрегированныхформбелкови, в частности, амилоидных фибрилл. В Главе 2 дано краткое

Оглавление диссертациидоктор биологических наук Кузнецова, Ирина Михайловна
Список принятых сокращений.
ВВЕДЕНИЕ.
ГЛАВА 1. СОВРЕМЕННЫЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЯ О ПРОЦЕССАХ ФОЛ
ДИНГА БЕЛКОВ.
1.1. Сворачиваиие белков в клетке, роль шаперонов.
1.2. Шапероиин цитоплазмы эукариот ССТ: структура, строение субе-дипиц, механизм действия, взаимодействие с актином и тубули
1.3. Факторы, определяющие формирование нативной структуры белка 33 ф. 1.4. Стабильность структуры белка в нативном состоянии.
1.5. Модели сворачивания белков.
Переходное состояние и ядро сворачивания.
Развернутое состояние белка.
Нативное состояние - отвечает ли оно глобальному минимуму свободной энергии ?.
1.6. Промежуточные состояния и их роль в сворачивании белка.
Амилоидные фибриллы.
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
2.1. Материалы.
2.2. Методы.
Флуоресцентные измерения.
Тушение флуоресценции.
Регистрация кривых затухания флуоресценции.
Анализ кривых затухания флуоресценции.
Анализ кривых затухания флуоресценции с использованием метода максимума энтропии.
Кваптово-химические методы.
Фосфоресцентпые измерения.
Круговой дихроизм. ф Измерение равновесных кривых денатурации.
Измерение кинетических кривых разворачивания-сворачивания белков.
• ГЛАВА 3. ФАКТОРЫ, ОПРЕДЕЛЯЮЩИЕ СТАБИЛЬНОСТЬ И ОСОБЕННОСТИ ПРОЦЕССОВ РАЗВОРАЧИВАНИЯ-СВОРАЧИВАНИЯ ОД
НОДОМЕННЫХ И ДВУХДОМЕННЫХ БЕЛКОВ.
3.1. Обратимое разворачивание глутамин-связывающего белка. Роль лиганда в стабилизации структуры.
Разворачивание-сворачивание GlnBP и GlnBP/Gln под действием
GdnHCl. Равновесные зависимости.
Кинетика разворачивания- сворачивания. ф Параметрическое представление процессов разворачиваниясворачивания
Разворачивание - сворачивание GlnBP и комплекса GlnBP/ Gin. Стабилизация структуры GlnBP при взаимодействии с лигандом
3.2. Множественные денатурированные частично-свернутые состояния креатинкиназы.
3.3. Множественность денатурированных частично-свернутых состояний однодоменного белка - карбоангидразы II.
3.4. Одностадийный обратимый характер разворачивания-сворачивания дисульфидизомеразы С. ф Денатурация DsbC под действием GdnHCl. Стационарные зависимости
Денатурация DsbC под действием GdnHCl. Кинетические зависимости.
Ренатурация DsbC: кинетические зависимости.
3.5. Кинетические интермедиаты на пути развоарчивапия-сворачивания белков. Новое представление о процессах разворачивания
Ф сворачиваиия актина. ф 3.5.1. Инактивированный актин и его свойства.
Диэлектрические и релаксационные свойства микроокружепия триптофановых остатков пативпого и инактивированного актина.
Локализация триптофановых остатков в инактивированном актине.,
Жесткость микроокружения триптофановых остатков.
Вторичная структура инактивированного актина.
Гидродинамические характеристики инактивированного актина.
Внутримолекулярная подвижность триптофановых остатков пативного и инактивированного актина.
Свойства поверхности инактивированного актина.
3.5.2. Кинетика денатурации актина.
Существенно развернутый кинетический интермедиат, предшествующий образованию инактивированного актина.
Кииетические константы процесса денатурации актина гуапидингидрохлоридом.
Кинетика разворачивания актина формамидом.
Кинетика образования инактивированного актина.
Кинетика перехода ипактивированный актин - полностью развернутый актин.
3.5.3. Новая кинетическая схема процессов разворачивания-сворачивания актина.
Свойства кинетического предшественника инактивированного актина.
3.6. Роль четвертичной структуры в стабилизации флуоресцентных бел® ков.
Спектральные свойства мономерных и олигомерных флуоресцентных белков.
Вторичная и третичная структура флуоресцентных белков.
Спектры флуоресценции и доступность хромофора молекулам растворителя.
Особенности триптофановой флуоресценции.
Кинетика денатурации под действием гуапидингидрохлорида.
Стационарные кривые денатурации.
3.7. Влияние денатурирующего воздействия на процесс разворачивания-сворачивания белка.
ГЛАВА 4. НОВЫЕ МЕТОДИЧЕСКИЕ РАЗРАБОТКИ.
4.1. Параметрический метод представления экспериментальных данных по разворачиванию-сворачиванию белков.
4.2. Триптофановая фосфоресценция при комнатной температуре - перспективы использования метода для изучения фолдинга белков.
Триптофановая ФКТ актина в различных структурных состояниях. 210 Изменение характеристик ФКТ при денатурации актина GdnHCl. 212 Триптофановая и тирозиновая ФКТ белков в состоянии амилоидных фибрилл. ф 4.3. Зависимость характеристик триптофановой флуоресценции белка от длины волны возбуждающего света в нативном и развернутом состояниях.
Триптофановая флуоресценция GlnBP и его комплекса с Gin в нативном и полностью развернутом состояниях.
Микроокружение триптофановых остатков GlnBP.
Флуоресценция и микроокружение триптофановых остатков в комплексе GlnBP с Gin.
Тирозиновая флуоресценция GlnBP.
Зависимость триптофановой флуоресценции GlnBP от длины волны ф возбуждения.
4.4. Особенности использования GdnHCl в качестве денатуранта.
4.5. Спектральные свойства тиофлавина Т в растворителях различной вязкости и в составе амилоидных фибрилл. Тиофлавин Т как молекулярный ротор.
ВЫВОДЫ.