Новый подход к клонированию коротких ретропозонов: На примере насекомоядных и рукокрылых Бородулина, Ольга Ростиславовна

brief description

Бородулина,ОльгаРостиславовна.Новыйподходкклонированиюкороткихретропозонов:Напримеренасекомоядныхирукокрылых: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.26. - Москва, 1999. - 138 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ НАУК ИНСТИТУТ МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОЛОГИИ ИМ. В.А. ЭНГЕЛЬГАРДТА ЛАБОРАТОРИЯ ЭВОЛЮЦИИ ЭУКАРИОТИЧЕСКИХ ГЕНОМОВ На правах рукописиБОРОДУЛИНАОЛЬГАРОСТИСЛАВОВНАНОВЫЙп о д х о д кКЛОНИРОВАНИЮКОРОТКИХРЕТРОПОЗОНОВ(НАПРИМЕРЕНАСЕКОМОЯДНЫХИРУКОКРЫЛЫХ). С п е ц и а л ь н о с т ь 03.00.26

стр. 4
Обсуждение. 5.1. Достоинства и ограничения метода (А-В)ПЦР. 5.2. Гомология клонированныхретропозоновс тРНК. 5.3. Сравнение клонированныхретропозоновс другими тРНКродственными семействами SINEs. 5.4.Короткиеретропозоны и филогениянасекомоядныхирукокрылых. 6. Выводы. 7. Список литературы. 119 122 125

стр. 124
затравкой при обратной транскрипции, которая может завершиться образованиемновойкопии SINE путем ретропозиции. 5.4.Короткиеретропозоны и филогениянасекомоядныхирукокрылых. На рисунке 26 представлена палеонтологическая летопись основных семействнасекомоядныхи рукокрьшых согласно Р. Кэрроллу (128)

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Бородулина, Ольга Ростиславовна
1.Введение.
2. Обзор литературы.
2.1. Ретропозоны невирусной природы.
2.1.1. Общие положения.
2.1.2. Невирусные ретропозоны.
2.1.3. SINEs (Short Interspersed Elements)
2.1.4. SINEs родственные 7SL РНК.
2.2. SINEs, родственные тРНК.
2.2.1. Общая стратегия конструирования тРНК-подобной структуры 15 для SINE на примере Can SINEs.
2.2.2. Возможная модель возникновения тРНК-родственных SINEs.
2.3. Транскрипция SINEs.
2.4. Короткие диспергированные элементы как филогенетические 31 маркеры.
2.5. Гены-основатели SINEs.
2.5.1. Согласованная эволюция коротких ретропозонов.
2.5.2. Гены-основатели.
2.5.3. Образование подсемейств.
2.5.4. Природа геов-основателей.
2.5.5. Ген ВС! РНК как элемент-основатель для ID.
2.5.6. Частота повторения генов-основателей.
2.6. Роль SINEs в геноме.
2.6.1. SINEs и рекомбинация.
2.6.2. SINEs в составе транслируемых частей генома.
2.6.3. SINEs как транскрипционные промоторы.
2.6.4. SINEs как источник сигналов полиаденилирования.
2.6.5. SINEs как источник регуляторных элементов.
2.6.6. SINEs и структура хроматина.
2.6.7. SINEs и новые функции генов.
3. Материалы и методы.
3.1. Материалы.
3.2. Методы.
3.2.1. Выделение геномной ДНК.
3.2.2. Полимеразная цепная реакция.
3.2.2.1. (А-В)ПЦР.
3.2.2.2. ПЦР со специфическими праймерами.
3.2.3. Выделение фрагментов малой длины (до 100 нуклеотидов) из 54 агарозы.
3.2.4. Получение геномных библиотек в плазмиде.
3.2.5. Получение реплик с плазмидной библиотеки.
3.2.6. Приготовление радиоактивного зонда.
3.2.7. Мечение суммарной геномной ДНК.
3.2.8. Гибридизация
3.2.9. Условия отмывки.
3.2.10. Молекулярное клонирование.
3.2.11. Разделение фрагментов до 60 ин. с помощью электрофореза
3.2.12. Дот-блот.
3.2.13. Выделение РНК из замороженных тканей.
3.2.14. Выделение поли(А)+ РНК на олиго(сГГ) целлюлозе.
3.2.15. Электрофорез РНК.
3.2.16. Определение нуклеотидной последовательности ДНК.
3.2.17. Анализ нуклеотидных последовательностей. 61 4. Результаты.
4.1. (А-В)ПЦР.
4.2. Выделение тРНК-родственного ретропозона VES из генома летучей 66 мыши.
4.3. Выделение короткого ретропозона SOR из генома обыкновенной 71 землеройки.
4.4. Выделение короткого ретропозона TAL из генома большого 75 японского крота.
4.5. Выделение короткого ретропозона ERI-1 из генома даурского ежа.
4.6. Выделение короткого ретропозона ERI-2 из генома даурского ежа.
4.7. Анализ консенсусных последовательностей.
4.8. Транскрипты VES представляют собой поли(А) - содержащую РНК.
4.9. Оценка числа копий клонированных ретропозонов.
4.10. Распространение клонированных коротких ретропозонов среди различных видов
4.10.1. Дот-гибридизация.
4.10.2. ПЦР.
5. Обсуждение.
5.1. Достоинства и ограничения метода (А-В)ПЦР.
5.2. Гомология клонированных ретропозонов с тРНК.
5.3. Сравнение клонированных ретропозонов с другими тРНК- 112 родственными семействами SINEs.
5.4. Короткие ретропозоны и филогения насекомоядных и рукокрылых.
6. Выводы.