Определение структуры нуклеосом и их комплексов с белками хроматина методами молекулярного моделирования Армеев, Григорий Алексеевич

brief description

Армеев,ГригорийАлексеевич.Определениеструктурынуклеосомиихкомплексовсбелкамихроматинаметодамимолекулярногомоделирования: диссертация ... кандидата физико-математических наук : 03.01.09 /АрмеевГригорийАлексеевич; [Место защиты: Моск. гос. ун-т им. М.В. Ломоносова]. - Москва, 2018. - 99 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ имени М.В. ЛОМОНОСОВА БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ На правах рукописиАРМЕЕВГРИГОРИЙАЛЕКСЕЕВИЧОПРЕДЕЛЕНИЕСТРУКТУРЫНУКЛЕОСОМИ ИХКОМПЛЕКСОВСБЕЛКАМИХРОМАТИНАМЕТОДАМИМОЛЕКУЛЯРНОГОМОДЕЛИРОВАНИЯСпециальность 0З.01.09 «Математическая биология, биоинформатика»

стр. 4
анализ ЯМР - ядерный магнитный резонанс ЭМ - электронная микроскопия 5 Введение Диссертационная работа посвященамоделированиюструктурынуклеосоми ихкомплексовсбелкамихроматинаметодамимолекулярногомоделирования. В работе произведено описаниеструктурыи конформационной динамикинуклеосом, приведено описание разработанных в ходе диссертацииметодовмолекулярногомоделирования...

стр. 7
в ряде специализированных программ, однако на данный момент существующее программное обеспечение непригодно для созданиямолекулярныхмоделейкомплексовДНК-белокв полуавтоматическом режиме. По этой причине, разработкаметодовпостроения моделейнуклеосомвкомплексесбелкамина основании разнообразных косвенныхметодовопределенияструктурыявляется весьма актуальной. Четвертая глава работы посвящена описанию разработанных...

Оглавление диссертациикандидат наук Армеев, Григорий Алексеевич
Оглавление
Введение
Глава 1. Обзор литературы
1.1. Структура и динамика нуклеосом
1.2. Изучение динамики нуклеосом методами МД
1.3. Методы молекулярного моделирования, основанные на интеграции разнородных экспериментальных данных
1.4. Ферстеровский резонансный перенос энергии
1.5. Определение контактов ДНК-белок с применением перекисного расщепления ДНК
Глава 2. Методы молекулярного моделирования и анализа экспериментальных данных
2.1. Метод молекулярной динамики
2.2. Метод интегративного моделирования нуклеосом и их комплексов
2.3. Измерение spFRET, квантовых выходов и коэффициента детекции микроскопа
Глава 3. Исследование динамики нуклеосом методом полноатомной МД
3.1. Изучение стабильности и окружения нуклеосом
3.2. Изучение динамических мод в нуклеосомах
Глава 4. Определение структуры нуклеосом и их комплексов с белками хроматина разработанными методами моделирования
4.1. Разработанный подход и его ограничения
4.2. Определение предпочтительной последовательности ДНК в нуклеосоме, содержащей линкерный гистон
4.3. Модель нуклеосомы с линкерным гистоном HI
4.4. Определение позиционирования ДНК на нуклеосомах
4.5. Модель разворачивания ДНК и потери гистонов при взаимодействии с гистоновым шапероном FACT
4.6. Модель компактных динуклеосом
Глава 5. Разработанные программы
5.1. Программа для обработки интегрированного по времени сигнала флуоресценции
5.2. Программа для обработки профилей перекисного расщепления ДНК
Заключение Список литературы
Список сокращений
FRET - Ферстеровский резонансный перенос энергии FACT - FAcilitates Chromatin Transcription, гистоновый шаперон spFRET - Ферстеровский резонансный перенос энергии, измеренный от одиночных частиц
ЛГ - линкерный гистон ПТМ - посттрансляционные модификации РСА - рентгеноструктурный анализ ЯМР - ядерный магнитный резонанс ЭМ - электронная микроскопия