Особенности антигипоксических программ, индуцируемых ингибиторами HIF-пролилгидроксилаз Христиченко Анна Юрьевна

brief description

Христиченко,АннаЮрьевна.Особенностиантигипоксическихпрограмм,индуцируемыхингибиторамиHIF-пролилгидроксилаз: автореферат дис. ... кандидата биологических наук : 03.01.03 /ХристиченкоАннаЮрьевна; [Место защиты: Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет)]. - Москва, 2020. - 29 с.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
исследовательский университет)» На правах рукописиХристиченкоАннаЮрьевнаОСОБЕННОСТИАНТИГИПОКСИЧЕСКИХПРОГРАММ,ИНДУЦИРУЕМЫХИНГИБИТОРАМИHIF-ПРОЛИЛГИДРОКСИЛАЗСпециальность 03.01.03 молекулярная биология АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук Москва - 2020 Работа

стр. 14
3.1. Характеристика оптимизированныхингибиторовHIF-PHD Специфичность в отношении стабилизации изоформ транскрипционного фактора HIF-1 иHIF-2Особенностиантигипосическихпрограмм, запускаемыхингибиторамиHIF-PHD, формируются из многих факторов. Одним из таких факторов является специфичность исследуемого

стр. 23
особенностейантигипоксическихпрограмм, запускаемыхингибиторамиHIF-PHD Для сравненияантигипоксическихпрограмм, запускаемых под действиемингибиторовHIF-PHD, были выбраны следующие соединения: DMOG, в качестве основного представителя группы неспецифичныхингибиторовHIF-PHD аналогов α-кетоглутарата,

Оглавление диссертациикандидат наук Христиченко Анна Юрьевна
ВВЕДЕНИЕ
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Гипоксия в патогенезе нейродегенеративных заболеваний и инсульта головного мозга
1.2. Транскрипционный фактор HIF
1.2.1. HIF и нейродегенеративные заболевания
1.2.2. HIF и ишемический инсульт
1.2.3. Изоформы HIF: строение и функциональные различия
1.3. Регуляторы стабильности HIF - HIF-PHD
1.3.1. Каталитический механизм HIF-PHD
1.3.2. Субстратная специфичность HIF-PHD
1.3.3. Альтернативные пути регуляции белковой стабильности HIF
1.3.4. а-кетоглутарат- и Fe2+-зависимые диоксигеназы
1.4. Ингибиторы HIF-PHD
1.4.1. Хелаторы железа
1.4.2. Ингибиторы - конкуренты а-кетоглутарата
1.4.3. Оксихинолины и их нейропротекторный потенциал
1.5. Новые подходы к разработке лекарственных препаратов
1.5.1. Высокопроизводительный скрининг с использованием репортеров нового поколения
1.5.2. ПЦР-панели
1.5.3. Нейросфера, как in vitro модель мозга
1.5.4. Транскриптомный анализ
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Работа с линией нейробластомы человека SH-SY5Y
2.1.1. Условия культивирования
2.1.2. Пассирование
2.1.3. Криоконсервация
2.1.4. Дифференцировка клеток линии нейробластомы человека SH-SY5Y
2.1.5. Формирование нейросфер из дифференцированных клеток SH-SY5Y
2.2. Скрининг пула оксихинолинов на репортерной линии HIF1 ODD-luc SH-SY5Y
2.2.1. Описание библиотеки разветвленных оксихинолинов, аналогов адаптахина
2.2.2. Инкубация клеток репортерной линии HIF1 ODD-luc SH-SY5Y с разветвленными оксихинолинами
2.2.3. Анализ люциферазной активности репортера
2.3. Анализ уровней экспрессии генов методом ПЦР в реальном времени
2.3.1. Подготовка образцов и выделение тотальной РНК из клеток
2.3.2. Обратная транскрипция
2.3.3. Подбор праймеров и оценка их эффективности
2.3.4. Постановка ПЦР в реальном времени
2.4. Определение нейротоксичности соединений с помощью MTS теста
2.5. Транскриптомный анализ на платформе Affymetrix
2.5.1. Подготовка образцов и выделение тотальной РНК
2.5.2. Синтез кДНК
2.5.3. Синтез кРНК, in vitro транскрипция
2.5.4. Второй цикл синтеза одноцепочечной кДНК
2.5.5. Фрагментирование и маркировка одноцепочечной кДНК
2.5.6. Гибридизация чипов на приборе GeneChip
2.5.7. Отмывка, окраска чипов и сканирование
2.5.8. Обработка результатов транскриптомного анализа, проведенного на платформе Affymetrix
2.6. Анализ уровня экспрессии белка методом вестерн-блоттинга
2.6.1. Подготовка образцов для белкового электрофореза
2.6.2. Белковый электрофорез в полиакриламидном геле
2.6.3. Вестерн-блот анализ
3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ
3.1. Количественный анализ действия люциферазного клеточного репортера HIF1ODD-luc
3.1.1. Внутриклеточная стационарная концентрация репортерного белка
3.1.2. Определение максимальной скорости наработки репортера ШFЮDD-82
3.2. Структурная оптимизация адаптахина, ингибитора ШF-PHD
3.2.1. Высокопроизводительный скрининг пула оксихинолинов - аналогов адаптахина на стабильной линии SH-SY5Y HIF1ODD-luc
3.2.2. Вестерн-блот анализ стабилизации полноразмерного И!Р-1 белка под воздействием HIF-PHD ингибиторов
3.3. Характеристика оптимизированных ингибиторов HIF-PHD
3.3.1. Специфичность в отношении стабилизации изоформ транскрипционного фактора - ШЕ-1 и И!Р-2
3.3.2. Токсичность отобранных оптимизированных соединений
ингибиторов HIF-PHD
3.4. Транскриптомный анализ особенностей антигипоксических программ,
запускаемых ингибиторами НШ-РНО
3.4.1. Общий анализ изменений в экспрессии генов под воздействием различных ингибиторов НШ-РНО и гипоксии
3.4.2. Сравнение сигнальных путей, регулируемых альтернативными мишенями НШ-РНО
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ