Поиск и изучение генов, участвующих в транспортировке пуриновых производных из клеток Escherichia coli Гронский, Сергей Викторович

brief description

Гронский,СергейВикторович.Поискиизучениегенов,участвующихвтранспортировкепуриновыхпроизводныхизклетокEscherichiacoli: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.15. - Москва, 2006. - 137 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
81:06-3/510 НАУЧНО-ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ИНСТИТУТ "АДЖИНОМОТО-ГЕНЕТИКА" На правах рукописиГронскийСергейВикторовичПоискиизучениегенов,участвующихв транспортепуриновыхпроизводныхизклетокEscherichiaсоИ 03.00.15 - Генетика Диссертация на соискание ученой стенени кандидата биологических наук Научный

стр. 3
аминокислот изклетокбактерий 4.2.1. Экскреция аминокислот у Corynebacterium glutamicum 4.2.2. Экскреция аминокислот уEscherichiacoli4.3. Экскреция углеводов уEscherichiacoli4.4. Экскрецияпроизводныхпуринов и ниримидинов 4.4.1. Экскрецияпуриновыхпроизводныху Bacillus subtilis 4.4.2. НакоплениеклеткамиEscherichiacoliпродуктов деградации нуклеиновых кислот Материалы и методы 1. Бактериальные штаммы, фаги,...

стр. 7
транспортные системы, способные экскретировать нуклеозиды и/или основания изклетки. Цель и задачи работы. Диссертационная работа носвящена ноиску иизучениюгеновЕ. соИ,участвующихв транспортепуриновыхпроизводныхизклетки, а такжеизучениювозможности нрименения этихгеновдля повыщения продукции

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Гронский, Сергей Викторович
Введение
Актуальность проблемы
Цели и задачи работы
Научная новизна и практическая ценность работы
Структура и объем работы
Апробация работы
Обзор литературы
1. Синтез иурпновых иуклеотидов у Escherichia coli
1.1. Синтез пурииовых нуклеотидов de novo
1.2. Взаимопревращения пуриновых нуклеотидов
1.3. salvage путь биосинтеза пуриновых иуклеотидов
2. Бактериальная цитоплазматичеекая мембрана и мембранные белки
2.1. Строение и функции цитоплазматической мембраны
2.2. Мембранные белки
2.2.1. Пространственная структура мембранных белков
2.2.2. Функции мембранных белков
2.3. Перенос различных веществ через цитоплазматическую мембрану и транспортные белки
2.3.1. Виды транспорта
2.3.1.1.Простая и облегченная диффузия
2.3.1.2.Первичные активные транспортеры
2.3.1.3.Вторичные активные транспортеры
2.3.1.4.Трапспортные системы с транслокацией группы
2.3.2. Классификация транспортных белков
3. Транспорт предшественников нуклеиновых кислот в клетку Escherichia
3.1. Транспорт через внешнюю мембрану
3.2. Транспорт нуклеозидов через цитоплазматическую мембрану
3.2.1. Системы транспорта нуклеозидов в клетку
3.2.2. Регуляция транспорта нуклеозидов
3.2.3. Источники энергии для транспорта нуклеозидов
3.3. Транспорт оснований
4. Экскреция различных веществ из клеток бактерий
4.1. Системы множественной лекарственной устойчивости - MDR транспортеры у Escherichia coli
4.1.1. Классификация MDR транспортеров 4.1.2. Системы экспорта антимикробных агентов
• 4.1.3. Регуляция экспрессии MDR транспортеров
4.1.3.1. Локальные регуляторы
4.1.3.2. Двухкомпонептные регуляториые системы 49 4.1.3.2. Глобальные регуляторы
4.2. Экскреция аминокислот из клеток бактерий
4.2.1. Экскреция аминокислот у Corynebacterium glutamicum
4.2.2. Экскреция аминокислот у Escherichia coli
4.3. Экскреция углеводов у Escherichia coli
4.4. Экскреция производных пуринов и пиримидинов 66 ® 4.4.1. Экскреция пуриновых производных у Bacillus subtilis
4.4.2. Накопление клетками Escherichia coli продуктов деградации нуклеиновых кислот
Материалы и методы
1. Бактериальные штаммы, фаги, плазмиды, олигонуклеотиды и среды
2. Методы работы с ДНК
3. Проведение полимеразпой цепных реакций (ПЦР)
4. Определение точки начала транскрипции
5. Трансформация, транедукция, электротрансформация и интеграция в хромосому Е. coli
6. Определение минимальных ингибирующих концентраций (МИК) 78 ^ 7. Трансформация штамма Bacillus subtilis 168 и транедукция фагом Е
8. Определение скорости экскреции инозина
9. Проведение ферментации в пробирках со штаммами-продуцентами Е. coli
10. Проведение ферментации в пробирках со штаммом-продуцентом Bacillus amyloliquefaciens AJ
11. Определение активности р-галактозидазы 82 Результаты и обсуждение 83 1. Поиск и идентификации генов, амплификация которых обеспечивает устойчивость Е. coli к аналогам пуриновых оснований
1.1. Идентификация генов ydeD и yijE, обеспечивающих устойчивость к 8-азааденину
1.2. Влияние амплификации генов ydeD, yijE и rhtA на устойчивость клеток
Е. coli к 8-азааденину и продукцию инозина соответствующим штаммом- 85 продуцентом
1.3. Влияние амплификации генов ydeD, yijE и rhtA на продукцию инозина штаммом-продуцентом Е. coli
2. Идентификация гена yicM и компьютерный анализ кодируемого им белка
2.1. Поиск генов Е. coli, амплификация которых обеспечивает устойчивость к инозину и/или гуанозину штамма GS
2.2. Определение сайтов инициации транскрипции и трансляции гена yicM
2.3. YicM - мембранный белок, относящийся к MFS транспортерам
3. Исследование участия YicM в экскреции нурнповых пуклеозндов из клеток Е. coli
3.1. Влияние инактивации и сверхэкспрессии гена yicM па устойчивость клеток Е. coli к пуриновым нуклеозидам и аналогам
3.2. Сверхэкспрессия гена yicM снижает скорость роста Е. coli на минимальных средах, содержащих пуриповые рибонуклеозиды в качестве единственных источников углерода и энергии
3.3. Сверхэкспрессия гена yicM приводит к накоплению инозина в культуралыюй среде штаммом Е. coli с инактивированной пурин нуклеозидфосфорилазой
3.4. Сверхпродукция YicM снижает индукцию внутреннего промотора deoP3 оиерона deoCABD пуриновыми нуклеозидами
3.5. Влияние сверхэкспрессии гена yicM на скорость экскреции инозина из клеток Е. coli и зависимость этой экскреции от присутствия протопофора карбонилцианида-т-хлорфенилгидразона (СССР)
3.6. Влияние сверхэкспрессии гена yicM на продукцию пуриповых производных штаммами-продуцентами Е. coli
3.7. Свсрхэкспрсссия yicM в клетках Bacillus amyloliquefaciens увеличивает накопление пуриновых пуклеозидов штаммом-продуцентом
4. Исследование регуляции экспрессии гена yicM
4.1. Влияние состава питательной среды на экспрессию гена yicM
4.2. Изучение влияния фазы роста на экспрессию гена yicM
4.3. Изучение влияния аллелыюго состояния гена rpoS на экспрессию гена
4.4. Изучение экспрессии гена yicM в условиях теплового и осмотического
4.5. Изучение влияния различных веществ на уровень экспрессии гена yicM 114 Заключение 116 Выводы 119 Список литературы