Разработка молекулярных маркеров для эпидемиологического анализа клинических штаммов Mycobacterium Tuberculosis Лихошвай, Екатерина Юрьевна

brief description

Лихошвай,ЕкатеринаЮрьевна.РазработкамолекулярныхмаркеровдляэпидемиологическогоанализаклиническихштаммовMycobacteriumTuberculosis: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.03. - Иркутск; Нью-Джерси, 2006. - 137 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
здравоохранения Public Health Research Institute ТВ Center На правах рукописиЛихошвайЕкатеринаЮрьевнаРАЗРАБОТКАМОЛЕКУЛЯРНЫХМАРКЕРОВДЛЯЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОГОАНАЛИЗАКЛИНИЧЕСКИХШТАММОВMYCOBACTERIUMTUBERCULOSIS03.00.03-«молекулярнаябиология» Диссертация на соискание ученой стенени кандидата биологических

стр. 9
исследования Целью исследования являласьразработкамолекулярныхмаркерови оптимизация методик их использованиядляидентификации отдельных групп особо вирулентныхштаммовМ.tuberculosis, в том числе представителей W-Beijing филогенетической линии, средиклиническихизолятов микобактерий. Основные задачи:

стр. 9
многокомпонентный г-ибридизационный зонддляпоследующего RFLP-анализа; - применить полученный гибридизационный зонддля10 идентификации представителей различных кластеров в коллекции PHRI ТВСклиническихштаммовМ.tuberculosis; - оценить специфичность и практические преимуш.ества предлагаемого метода. • Разработатьмолекулярныемаркеры, специфичныедляинтактного и измененного, в связи с микроделецией, фрагмента гена/?^ 15/1,...

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Лихошвай, Екатерина Юрьевна
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.
1.1. Общая характеристика микобактерий.
1.2. Молекулярно-биологические методы, используемые в эпидемиологических исследованиях возбудителей туберкулеза.'.
1.3. Анализ филогенетических взаимоотношений среди представителей комплекса микобактерий туберкулеза.
1.4. Характеристика эпидемиологически значимой группы микобактерий W/Beijing.
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
2.1. Штаммы микобактерий, используемые в исследовании.
2.2. Выделение ДНК из культур микобактерий.
2.3. Праймеры, используемые для ПЦР амплификации и секвенирования.
2.4. Приготовление гибридизационных зондов.
2.5. Реактивы для гибридизации по Саузерну.
2.6. Методика RFLP гибридизации.
2.7. Секвенирование фрагментов ДНК.
2.8. Методика гибридизации с молекулярными бикэнами
ГЛАВА 3. РАЗРАБОТКА МЕТОДИКИ БЫСТРОЙ
ИДЕНТИФИКАЦИИ W-BEIJING ШТАММОВ.
3.1. Анализ результатов гибридизации клинических штаммов с W- Beijing зондом.
3.1.1. dnaA-dnaN межгенный район хромосомы микобактерий.
3.1.2. DR-область хромосомы М. tuberculosis.
3.1.3. Хромосомный локус NTF, (регион В).
3.2. Интерпретация результатов гибридизации с многокомпонентным W-Beijing зондом.
ГЛАВА 4. АНАЛИЗ ХРОМОСОМНЫХ ДЕЛЕЦИЙ TBD1, RD6, PKS15/1 КЛИНИЧЕСКИХ ШТАММОВ
М. TUBERCULOSIS.
4.1. Гибридизация хромосомных ДНК с TbDl зондом
4.2. Гибридизация с RD6 зондом.
4.3. Гибридизация с зондамиpks 15/1.
ГЛАВА 5. ХАРАКТЕРИСТИКА ДЕЛЕЦИЙ, СПЕЦИФИЧНЫХ
ДЛЯ ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ W-BEIJING ГРУППЫ.