Структура и функция рибосомы эукариот. Результаты рентгено-структурного анализа Юсупов Марат Миратович

brief description

Юсупов, Марат Миратович.
Структура и функция рибосомы эукариот : Результаты рентгено-структурного анализа : диссертация ... доктора химических наук : 02.00.10; 03.01.03 / Юсупов Марат Миратович; [Место защиты: Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова]. - Москва, 2021. - 152 с. : ил.
Оглавление диссертациидоктор наук Юсупов Марат Миратович
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Механизм синтеза белка
1.2. Исследования структуры рибосомы
1.2.1. Электронная микроскопия, имунно-электронная микроскопия и крио-электронная микроскопия
1.2.2. Химические сшивки, афинная модификация
и аффиные сшивки
1.2.3. Нейтронное рассеивание
1.2.4. Моделирование рибосомной РНК
1.3. Кристаллизация рибосом
1.4. Кристаллическая структура бактериальной рибосомы
1.5. Функциональные центры рибосомы
1.5.1. Декодирование
1.5.2. Пептидил-трансфераза
1.5.3. Транслокация тРНК и матрицы
1.6. Антибиотики
1.7. Заключение
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Реактивы и биопрепараты
2.2. Буферы и растворы
2.3. Выделение рибосом из дрожжей 8асскаготусв8 свгву181ав
2.4. Электрофорез белков в БЭЗ-ПААГ
2.5. Выделение рРНК для электрофореза
2
2.6 Электрофорез рРНК в денатурирующем ПААГ
2.7. Кристаллизация рибосом 8ассИаготусв8 сегву181ав
2.8. Обработка кристаллов и заморозка
2.9. Сбор кристаллографических данных
2.10. Расчет карт, построение моделей и их уточнение
2.11. Вымачивание кристаллов рибосом 8асскаготусв8 свгву181ав с ингибиторами
2.12. Ко-кристаллизация рибосом Saccharomyces cerevisiae с ингибиторами
57
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Кристаллизация рибосом Saccharomyces cerevisiae
3.1.1. Выделение рибосом для кристаллизации
3.1.2. Выращивание кристаллов рибосом
3.1.3. Дегидратация кристаллов и их замораживание
3.2. Решение структуры рибосомы Saccharomyces cerevisiae
3.3. Интерпретация электронной плотности
3.4. Модель рибосомы эукариот
3.4.1. Консервативное «ядро» рибосомы
3.4.2. Дополнительные сегменты рибосомных РНК
3.4.3. Дополнительные рибосомные белки
3.4.4. Анализ структуры рибосом эукариот
3.4.5. Консервативность функциональных участков
3.4.6. Межсубчастичные мосты рибосомы Saccharomyces cerevisiae
79
3.4.7. Нерибосомный белок Stm1
3.4.8. Новая номенклатура рибосомных белков
3.5. Выводы из анализа структуры рибосом прокариот и эукариот
3.6. Структурные исследования ингибиторов рибосомы эукариот
3.6.1. Центры связывания рибосомных ингибиторов
3.6.1.1. Е-тРНК связывающий участок
3.6.1.2. Пептидил-трансферазный Центр
3.6.1.3. Декодирующий центр
3.6.1.4. Участки связывания мРНК и тРНК
3.7. Рибосомные ингибиторы как потенциальные лекарства
против раковых заболеваний
3.7.1. Е-тРНК связывающий участок
3.7.2. Пептидил-трансферазный Центр
3.7.3. Участок связывания мРНК и тРНК
3.8. Аминогликозиды как потенциальные лекарства против генетических заболеваний, вызванных появлением преждевременных «стоп» кодонов в смысловых генах
3.9. Заключение