Анализ регуляции транскрипции генов дыхания в гамма-протеобактериях методами сравнительной геномики Герасимова, Анна Викторовна

Короткий опис

Герасимова,АннаВикторовна.Анализрегуляциитранскрипциигеновдыханиявгамма-протеобактерияхметодамисравнительнойгеномики: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.03. - Москва, 2006. - 116 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
61:06-3/775 Г0СУДАРСТВЕ1ШЫЙ НАУЧНО-ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ИНСТИТУТ ГЕНЕТИКИ И СЕЛЕКЦИИ ПРОМЫШЛЕННЫХ МИКРООРГАНИЗМОВ На правах рукописиГерасимоваАннаВнкторовнаАнализрегуляциитранскриициигеновдыханиявгамма-нротеобактерияхметодамисравнительнойгеномикидиссертация на соискание учёной степени кандидата

стр. 3
распознающего правила для регулона ModE 3.1.5. Построение распознающего правила для регулона NadR 3.2. Разработка и применение новыхметодовсравнительнойгеномики3.2.1.Анализтаксоноспецифичнойрегуляции3.2.2. Применениеметодатаксоноспецифичногоанализадля изучения эволюции NadR регулона в группе геномов Enterobacteriaceae 3.3.Анализдыхательных регулонов 3.3.1.АнализFNR регулона 3.3.2.АнализАгсАрегулона 3.3.3....

стр. 6
данной работы был разработан новыйметоданализарегуляции, специфичной для геномов одной таксономической группы. При помощи всехметодовсравнительнойгеномикибыла описанарегуляциядыханияв геномахгамма-протеобактери, произведен комплексный, таксон-специфичныйанализчетырех глобальных регулонов в

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Герасимова, Анна Викторовна
ВВЕДЕНИЕ
Глава I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Регуляция дыхания в геноме Е. coli
1.1.1. Транскрипционный регулятор FNR
1.1.2. Двухкомпонентная система АгсА/АгсВ
1.1.3. Регуляция нитрит-нитратного дыхания
1.1.4. Транскрипционный регулятор ModE
1.2. Регул он NadR в геномах Е. coli и S. thypi
1.3. Современные методы сравнительной геномики
1.3.1. Методы поиска экспериментальных данных, для 21 последующего компьютерного анализа и предсказаний
1.3.2. Методы, основанные на сходстве аминокислотных 22 последовательностей белков
1.3.3. Кластеризация генов на хромосоме 26 ► 1.3.4. Анализ регуляторных сигналов
Глава II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Банки данных геномных последовательностей
2.2. Компьютерные программы и методы для анализа нуклеотидных и аминокислотных последовательностей
Глава III. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Построение распознающих правил для поиска потенциальных сайтов связывания регуляторных белков
3.1.1. Построение распознающего правила для регулона FNR
3.1.2. Построение распознающего правила для регулона Arc А
3.1.3. Построение распознающего правила для регулона NarP
3.1.4. Построение распознающего правила для регулона ModE
3.1.5. Построение распознающего правила для регулона NadR
3.2. Разработка и применение новых методов сравнительной геномики
3.2.1. Анализ таксоноспецифичной регуляции
3.2.2. Применение метода таксоноспецифичного анализа для 42 изучения эволюции NadR регулона в группе геномов Enterobacteriaceae
3.3. Анализ дыхательных регулонов
3.3.1. Анализ FNR регулона
3.3.2. Анализ АгсАрегулона
3.3.3. Анализ NarP регулона
3.3.4. Анализ ModE регулона
3.3.5. Комплексный анализ дыхательных регулонов 77 ВЫВОДЫ 93 БЛАГОДАРНОСТИ 94 СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ