Конформационная динамика ДНК-гликозилаз Endo III и Endo VIII в процессе взаимодействия с ДНК Кладова Ольга Алексеевна

Короткий опис

Кладова,ОльгаАлексеевна.
КонформационнаядинамикаДНК-гликозилазEndoIIIиEndoVIIIвпроцессевзаимодействиясДНК: диссертация ... кандидата химических наук : 03.01.04 /КладоваОльгаАлексеевна; [Место защиты: Ин-т хим. биологииифундамент. медицины СО РАН]. - Новосибирск, 2019. - 131 с. : ил.
Оглавление диссертациикандидат наук Кладова Ольга Алексеевна
ВВЕДЕНИЕ
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Повреждения ДНК
1.2. Типы репарации ДНК
1.3. Эксцизионная репарация оснований
1.4. Структурные суперсемейства ДНК-гликозилаз
1.4.1. Суперсемейство урацил-ДНК-гликозилазы
1.4.2. Суперсемейство HhH
1.4.2.1. Структурные особенности эндонуклеазы III
1.4.3. Суперсемейство Fpg/Nei
1.4.3.1. Структурные особенности эндонуклеазы VIII
1.4.4. Заключение к разделу
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Выделение фермента Endo III
2.2. Выделение фермента Endo VIII
2.3. Получение олигодезоксирибонуклеотидов
32
2.4. Введение метки P
2.5. Получение кинетических зависимостей степени расщепления субстратов
2.6. Получение флуоресцентных кинетических кривых
2.7. Количественная обработка результатов
2.8. Определение термодинамических параметров
3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Конформационная динамика ДНК-субстратов при взаимодействии с Endo III
3.1.1. Конформационная динамика ДНК цепи, содержащей повреждение
3.1.1.1. Взаимодействие с G-лигандом
3.1.1.2. Взаимодействие с F-лигандом
3.1.1.3. Взаимодействие с AP-субстратом
3.1.1.4. Взаимодействие с DHU-субстратом
3.1.2. Исследование конформационной динамики комплементарной цепи ДНК
3.1.2.1. Взаимодействие с G-лигандом
3.1.2.2. Взаимодействие с F-лигандом
3.1.2.3. Взаимодействие с AP- субстратом
3.1.2.4. Взаимодействие с DHU-субстратом
3.2. Анализ накопления продуктов реакции в зависимости от времени
3.3. Сравнительный анализ конформационных изменений в ДНК-дуплексах, содержащих различные флуорофоры, при взаимодействии с Endo III WT
3.4. Взаимодействие мутантных форм фермента Endo III, содержащих замены каталитических аминокислотных остатков K120A и D138A с ДНК-субстратами
3.4.1. Конформационные изменения цепи ДНК, содержащей повреждение, при взаимодействии с Endo III K120A
3.4.1.1. Взаимодействие с F-лигандом
3.4.1.2. Взаимодействие с DHU-субстратом
3.4.2. Сравнительный анализ конформационных изменений ДНК-дуплексов, содержащих флуорофорную группу 2-aPu
3.4.3. Конформационные изменения комплементарной цепи ДНК, при взаимодействии с 59 Endo III K120A
3.4.3.1. Взаимодействие с G-лигандом
3.4.3.2. Взаимодействие с F-лигандом
3.4.3.3. Взаимодействие с AP-субстратом
3.4.3.4. Взаимодействие с DHU-субстратом
3.4.4. Анализ накопления продуктов реакции в зависимости от времени
3.4.5. Сравнительный анализ конформационных изменений ДНК-дуплексов, содержащих флуорофорную группу tCO
3.5. Кинетический анализ взаимодействия Endo III WT c ДНК субстратами при разных температурах
3.5.1. Взаимодействие c G-лигандом
3.5.2. Взаимодействие c F-лигандом
3.5.3. Взаимодействие c DHU-субстратом
3.5.4. Анализ накопления продукта реакции при различной температуре
3.5.5. Термодинамический анализ взаимодействия Endo III с ДНК-субстратами
3.5.5.1. Взаимодействие с G-лигандом
3.5.5.2. Взаимодействие с F-лигандом
3.5.5.3. Взаимодействие с DHU-субстратом
3.5.5.4. Сравнительный анализ термодинамических данных
3.6. Конформационная динамика фермента Endo VIII, его мутантных форм и ДНК
субстратов
3.6.1. Конформационные изменения мутантных форм Endo VIII
3.6.1.1. Взаимодействие с DHU-субстратом
3.6.1.2. Взаимодействие с АР-субстратом
3.6.2. Функциональная роль остатков Leu70, Tyr71, Phe121, Phe230 и Pro253
3.7. Конформационная динамика ДНК-субстратов при взаимодействии с ферментом
Endo VIII дикого типа и каталитически неактивной формой E2Q
3.7.1. Взаимодействие с C-лигандом
3.7.2. Взаимодействие с F-лигандом
3.7.3. Взаимодействие с AP-субстратом
3.7.4. Взаимодействие с DHU-субстратом
3.8. Кинетический анализ взаимодействия Endo VIII WT c ДНК субстратами при разных температурах
3.8.1. Взаимодействие с G-лигандом
3.8.2. Взаимодействие с F-лигандом
3.8.3. Взаимодействие с DHU-субстратом
3.9. Термодинамический анализ взаимодействия Endo VIII с ДНК-субстратами
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
Список сокращений
Список литературы