Моделирование механизмов ферментативных реакций гидролиза комбинированными методами квантовой и молекулярной механики Рогов, Александр Владимирович

Короткий опис

Рогов, Александр Владимирович.
Моделирование механизмов ферментативных реакций гидролиза комбинированными методами квантовой и молекулярной механики : диссертация ... кандидата физико-математических наук : 02.00.17. - Москва, 2006. - 135 с. : ил.
Оглавление диссертациикандидат физико-математических наук Рогов, Александр Владимирович
Введение.
Глава 1. Используемые методы молекулярного моделирования
1.1.Методы квантовой химии.
1.2.Комбинированный метод квантовой и молекулярной механики.
1.2.1. Метод потенциалов эффективных фрагментов.
1.2.2. Комбинированный метод квантовой и молекулярной механики на основе потенциалов эффективных фрагментов.
1.3.Метод молекулярного докинга.
Ы.Метод молекулярной динамики.
Глава 2. Моделирование реакции гидролиза пептидной связи трипсином
2.1.Экспериментальные сведения о реакциях с участием сериновых протеаз.
2.1.1. Строение активного центра сериновых протеаз.
2.1.2. Механизм реакции с участием сериновых протеаз.
2.1.3. Кинетика реакций с участием сериновых протеаз.
2.1.4. Инактивация и ингибирование фермента.
2.1.5. Оценки энергии активации в реакциях с участием сериновых протеаз.
2.2. Моделирование реакций гидролиза пептидной связи сериновыми протеазами.
2.3. Моделирование реакции методом КМ/ММ.
2.4. Результаты расчетов.
2.4.1. Моделирование реакции гидролиза с участием модели 1.
2.4.2. Моделирование реакции гидролиза с участием модели II.
2.4.3. Оценка влияния субстрата на активный центр фермента.
Глава 3. Моделирование реакции гидролиза метилтрифосфата в воде
3.1. Предпосылки к изучению реакции гидролиза метилтрифосфата в воде.
3.2. Выбор базиса для моделирования химических реакций с участием фосфатных групп.
3.3. Построение моделей.
3.4. Результаты расчетов.
3.4.1. Моделирование реакции с участием модели 1.
3.4.2. Моделирование реакции с участием модели II.
Глава 4. Моделирование реакций гидролиза трифосфатов в биологических системах
4.1. Особенности протекания реакции гидролиза АТФ в миозине.
4.1.1. Структура и свойства миозина.
4.1.2. Гидролиз аденозинтрифосфата.
4.2. Описание движения миозина вдоль актина с помощью кинетической модели.
4.3. Обзор теоретических и экспериментальных работ, посвященных реакции гидролиза АТФ.
4.4. Выбор модельной системы для реакции гидролиза АТФ.
4.5. Результаты расчетов.
4.6. Моделирование реакции гидролиза гуанозинтрифосфата в белке р21 ras.
4.6.1. Строение белка р21 ras.
4.6.2. Исследование механизмов гидролиза ГТФ в белках р21 ras и p21ras-GAP.
4.7. Методики моделирования реакции гидролиза ГТФ.
4.7.1. Методика молекулярного докинга.
4.7.2. Методика молекулярной динамики.
4.7.3. Построение КМ/ММ модели.
4.8. Результаты моделирования реакции гидролиза ГТФ.
4.8.1. Сравнение положения Gln61 в белках p21ras и p21ras-GAP.
4.8.2. Молекулярный докинг.
4.8.3. Молекулярная динамика.
4.8.4. Расчеты КМ/ММ.
4.8.5. Сравнение механизмов гидролиза ГТФ в белках р21 ras и p21ras-GAP.
Выводы.