Молекулярное моделирование механизмов реакций нуклеофильного присоединения остатков цистеина белков к органическим молекулам Кулакова Анна Михайловна

Короткий опис

Кулакова, Анна Михайловна.
Молекулярное моделирование механизмов реакций нуклеофильного присоединения остатков цистеина белков к органическим молекулам : диссертация ... кандидата физико-математических наук : 02.00.15 / Кулакова Анна Михайловна; [Место защиты: Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова]. - Москва, 2019. - 101 с. : ил.
Оглавление диссертациикандидат наук Кулакова Анна Михайловна
Введение
Глава 1. Методы молекулярного моделирования
1.1. Методы расчета энергий и сил
1.1.1. Метод молекулярной механики
1.1.2. Методы квантовой химии
1.1.2.1. Метод функционала электронной плотности
1.1.2.2. Метод функционала электронной плотности в приближении сильной связи
1.1.3. Комбинированный метод квантовой механики / молекулярной механики
1.2. Методы исследования энергетической поверхности
1.2.1. Поиск стационарных точек на ППЭ
1.2.2. Метод молекулярной динамики
1.2.2.1. Техника перекрещивающихся распределений
1.2.2.2. Метод ускоренной молекулярной динамики
1.2.3. Молекулярный докинг
Глава 2. Использование метода DFTB для моделирования реакций в белках
2.1. Моделирование реакции реактивации бутирилхолинэстеразы
2.1.1. Расчет профилей потенциальной энергии реакции реактивации для нативной и мутантной форм бутирилхолинэстеразы
2.1.2. Заключение
2.2. Моделирование спектров красных флуоресцентных белков
2.2.1. Расчет равновесных геометрий красных флуоресцентных белков
2.2.2. Расчет энергии вертикальных переходов So,мин ^ Sl
2.2.3. Заключение
2.3. Результаты главы
Глава 3. Молекулярное моделирование ковалентного связывания биливердина
с Cys253 и Cys20 белка miRFP670
3.1. Оценка энергии нековалентного связывания биливердина
3.2. КМ/ММ МД моделирование нековалентного комплекса miRFP670 с биливердином
3.3. КМ/ММ моделирование ковалентного связывания комплекса miRFP670 с
биливердином
3.4. Кинетическая схема связывания биливердина
3.5. Результаты главы
Глава 4. Молекулярное моделирование процесса ингибирования онкогенного фермента KRASG12C
4.1. Белки семейства RAS
4.1.1. Функции и потенциальная опасность RAS
4.1.2. Способы ингибирования белков RAS
4.1.3. Ингибиторы белка KRASG12C семейства ARS
4.2. Молекулярное моделирование взаимодействия ARS-853 с Cys12 KRASG12C

4.2.1. Геометрическая конфигурация комплекса KRAS G12C-GDP-ARS-853
4.2.2. Молекулярное моделирование стадии нековалентного связывания соединения ARS-853 c KRASG12C
4.2.3. Стадия ковалентного связывания соединения ARS-853
4.2.4. Кинетика реакции образования комплекса KRAS G12C-GDP-ARS-853
4.3. Взаимодействие KRASG12C с другими соединениями семейства ARS
4.4. Моделирование взаимодействия соединения ARS-1620 с KRASG12C
4.5. Результаты главы
Выводы
Список сокращений
Список литературы