Разработка методов обработки данных нецелевого метаболомного анализа методом жидкостной хроматомасс-спектрометрии для поиска биомаркеров Плющенко Иван Викторович

Короткий опис

Плющенко, Иван Викторович.
Разработка методов обработки данных нецелевого метаболомного анализа методом жидкостной хроматомасс-спектрометрии для поиска биомаркеров : диссертация ... кандидата химических наук : 02.00.02 / Плющенко Иван Викторович; [Место защиты: ФГБОУ ВО «Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова»]. - Москва, 2022. - 200 с. : ил.
Оглавление диссертациикандидат наук Плющенко Иван Викторович
Введение
Глава 1. Нецелевой метаболомный анализ (обзор литературы)
1.1. Проведение профилирования
1.1.1. Режимы хроматографического разделения
1.1.2. Режимы масс-спектрометрического детектирования
1.1.3. Проведение пробоотбора и пробоподготовки
1.1.4. Обеспечение качества
1.2. Обработка данных профилирования
1.2.1. Первоначальная обработка
1.2.2. Преобразования сигнала
1.2.3. Аннотирование пиков
1.2.4. Идентификация метаболитов
1.2.5. Статистический анализ
Глава 2. Материалы и методы
2.1. Реактивы и материалы
2.2. Оборудование
2.3. Вычисления и обработка данных
2.4. Техника и условия эксперимента
Глава 3. Разработка способа анализа метаболомных данных
3.1. Оптимизация условий проведения пробоподготовки и хроматомасс-спектрометрического профилирования
3.2. Оптимизация параметров обработки данных
3.3. Проверка на независимых наборах данных
3.4. Учет биологических факторов
Глава 4. Метаболомное профилирование методом жидкостной хроматомасс-спектрометрии низкого разрешения с двумя независимыми наборами данных
4.1. Условия анализа
4.2. Оптимизация параметров обработки данных на обучающем наборе
данных
4.3. Проверка алгоритма на тестовом наборе данных
Глава 5. Универсальное программное обеспечение для анализа и обработки данных нецелевого метаболомного профилирования
5.1. Архитектура и функциональные возможности
5.2. Поиск биомаркеров РМП
5.3. Систематическая оценка эффективности новых методов преобразования сигналов
Заключение
Выводы
Список использованных сокращений