Структурно-функциональные исследования тройного элонгационного комплекса РНК-полимеразы E. coli Аветисова, Екатерина Ашотовна

Короткий опис

Аветисова,ЕкатеринаАшотовна.Структурно-функциональныеисследованиятройногоэлонгационногокомплексаРНК-полимеразыE.coli: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.03. - Москва, 1998. - 86 с.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
/ ИНСТИТУТ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ГЕНЕТИКИ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК На правах рукописиАВЕТИСОВАЕкатеринаСТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНЫЕИССЛЕДОВАНИЯТРОЙНОГОЭЛОНГАЦИОННОГОКОМПЛЕКСАРНК-ПОЛИМЕРАЗЫЕ.coli(Специальность 03.00.03. - Молекулярная биология) Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических

стр. 4
РНКП 3.1.2. Система анализа основныхструктурныхкомпнентовРНК-полимеразы3.2.Структурныеособенности сайтов связывания Д Н К иРНКвэлонгационномкомплексе3.2.1. Определение участков субъединиц РНКП, вовлеченных 54 .......49 49 4 в образование контактов с Д Н К 3.2.2. Определение участков субъединиц

стр. 33
мультисубъединичныхРНК-полимераз. (а) дрожжеваяполимеразаII; (Ь)РНК-полимеразаE.coli, корфермент; (В)РНК-полимеразаE.coli, холо-фермент. Буквами отмечены: Т-«6ольшой

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Аветисова, Екатерина Ашотовна
ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Краткие сведения о транскрипционном цикле
1.1.1. Инициация
1.1.2. Элонгация
1.1.3. Терминация
1.2. Традиционные представления о структуре тройного
комплекса и механизме элонгации транскрипции
1.2.1. Величина участка ДНК, закрываемого молекулой РНК-полимеразы в элонгационном комплексе
1.2.2. Величина расплетенного участка ДНК и наличие РНК-ДНК гетеродуплекса в элонгационном комплексе
1.2.3. Положение каталитического центра относительно расплетенного участка ДНК
1.3. Природа стабильности ТЭК
1.4. Механизм факторнезависимой терминации
1.4.1. Роль вторичной структуры РНК в терминации
1.4.2. Роль олиго-Т-последовательности в терминации
1.4.3. Понятие о сайтах связывания РНК-продукта
1.4.4. Реитеративный синтез РНК на промоторе. Стабилизация инициационных комплексов,
содержащих короткие РНК
1.4.5. ДНК-РНК гетеродуплес в ТЭК
1.5. Генетические данные, свидетельствующие о роли доменов ß- и ß'- субъединиц РНКП в элонгации
1.5.1. Нарушение элонгационных и терминационных свойств
РНКП с помощью мутаций
1.5.2. Роль «цинкового пальца» в связывании РНКП с нуклеиновым кислотами
1.5.3. Значение NADF-района для элонгации
1.6. Пространственная структура РНК-полимеразы E.coli
Заключение
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Бактериальные штаммы
2.2. Плазмиды и олигонуклеотиды
2.3. Питательные среды
2.4. Компетентные клетки и трансформация бактерий
2.5. Модифицирующие реагенты
2.6. Выделение плазмидной ДНК
2.7. Неденатурирующий электрофорез ДНК и выделение фрагментов ДНК из гелей
2.8. Денатурирующий электрофорез РНК и ДНК
2.9. Денатурирующий электрофорез белков
2.10. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
2.11. Выделение РНК-полимеразы
2.12. Выделение РНК-полимеразы с заменой двух остатков
цистеина на серии в положениях 71 и 73 |3'-субъединицы
2.13. Определение активности РНК-полимеразы
2.14. Иммобилизованная транскрипция на никелевом сорбенте (реакция «шагания»)
2.15. Химические способы расщепления субъединиц РНК-полимеразы
2.15.1. Частичное расщепление по остаткам метионина
2.15.2. Частичное и исчерпывающее расщепление
по остаткам цистеина
2.15.3. Исчерпывающее расщепление по остаткам
метионина
2.16. Фотоаффинная модификация РНК-полимеразы с использованием ДНК с включенным в нее
остатком 5-йодо-2' -дезоксиуридина
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Определение ДНК- и РНК-связывающих сайтов
в РНКП
3.1.1. Получение гомогенных ТЭК с использованием иммобилизованной РНКП
3.1.2. Система анализа основных структурных компнентов РНК-полимеразы
3.2. Структурные особенности сайтов связывания
ДНК и РНК в элонгационном комплексе
3.2.1. Определение участков субъединиц РНКП, вовлеченных
в образование контактов с ДНК
3.2.2. Определение участков субъединиц РНКП, вовлеченных
в образование контактов с РНК
3.3. Структурно-функциональная модель ТЭК
3.4. Генетические данные, свидетельствующие в пользу представленной модели ТЭК
ВЫВОДЫ
ЛИТЕРАТУРА
СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ АВТОРОМ
ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ