Анализ регуляторных последовательностей и динамики молекулярно-генетической системы, контролирующей G1/S-переход клеточного цикла эукариот Дейнеко, Игорь Владимирович

Краткое описание

Дейнеко,ИгорьВладимирович.Анализрегуляторныхпоследовательностейидинамикимолекулярно-генетическойсистемы,контролирующейG1/S-переходклеточногоциклаэукариот: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.15. - Новосибирск, 2005. - 152 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
(^/' Оь-з/^Wh РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ НАУК Сибирское отделение Институт цитологии и генетики На правах рукописи (Г"ДЕЙНЕКОИгорьВладимировичАНАЛИЗРЕГУЛЯТОРНЫХПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙИДИНАМИКИМОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОИСИСТЕМЫ,КОНТРОЛИРУЮЩЕЙGl/S-ПЕРЕХОДКЛЕТОЧНОГОЦИКЛАЭУКАРИОТГенетика - 03.00.15 ДИССЕРТАЦИЯ

стр. 2
Полифункциональность ДНКрегуляторныхобластей геновэукариот. 1.3 Ядромолекулярно-генетическойсистемыуправленияклеточнымцикломэукариот1.3.1Клеточныйцикл. Основные регуляторыклеточногоциклавысшихэукариот. Семейство факторов E2F Факторы pRb, р107, р 130 и р53 Циклины СусА, CycD, СусЕ и их партнеры

стр. 20
клеточныхситуациях. 20 1.3 Ядромолекулярно-генетическойсистемыуправления еклеточнымцикломэукариот. 1.3.1Клеточныйцикл. Основные регуляторыклеточногоциклавысшихэукариот.Клеточныйциклотносится к числу базовых (основных) процессов жизни организмов. В результатеклеточногоциклапроисходит

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Дейнеко, Игорь Владимирович
Введение
Глава 1. Обзор литературы.
1.1 Структурно-функциональная организация геномов эукариот
1.1.1 Структура ДНК, общие сведения.
1.1.2 Особенности организации геномов эукариот
1.2 Модульная структура регуляторных районов генов эукариот транскрибируемых РНК полимеразой II.
1.2.1 Одиночные сайты связывания транскрипционных факторов
1.2.2 Композиционные элементы
1.2.3 Промоторы и энхансеры
1.2.4 Полифункциональность ДНК регуляторных областей генов эукариот.
1.3 Ядро молекулярно-генетической системы управления клеточным циклом эукариот
1.3.1 Клеточный цикл. Основные регуляторы клеточного цикла высших эукариот.
Семейство факторов Е2Р
Факторы рШэ, р107, р130 и р
Циклины СусА, СусЭ, СусЕ и их партнеры Сс1к2,4,6.
Факторы группы АР
Механизмы взаимодействий Е2Р, рЮэ и циклинов
1.3.2 Молекулярно-генетические системы управления (МГСУ)
Понятие МГСУ, первая работа по моделированию морфогенеза фага лямбда
Некоторые свойства МГСУ, положительные и отрицательные обратные связи.
Модели клеточного цикла и его фаз
1.4 Методы распознавания регуляторных геномных последовательностей
1.4.1 Методы распознавания одиночных регуляторных элементов
Методы поиска сайтов связывания
• Метод консенсусов
• Метод реализаций
• Метод весовых матриц
• Динуклеотидные весовые матрицы
• Эксперементально полученные весовые матрицы
• Характеристики, используемые для оценки качества методов распознавания
Методы поиска мотивов
• Статистические методы
• Поиск мотивов алгоритмами выравнивания.
1.4.2 Методы распознавания блочных (композиционных) регуляторных элементов.
1.4.3 Методы распознавания кластеров/групп регуляторных элементов
• Методы, основанные на эмпирических оценках
• Аналитические подходы в оценке статистической значимости кластеров сайтов
1.5 Математические модели для описания динамики регуляторных систем
• Качественные/булевы модели
• Стохастические модели
• Модели основанные на дифференциальных уравнениях
• Модели с запаздывающим аргументом
• Пороговые и комбинированные модели.
• Современные программные средства для построения и анализа регуляторных систем.