Атомистический механизм катион-зависимой активации тромбина Залевский Артур Олегович

Краткое описание

Залевский,АртурОлегович.Атомистическиймеханизмкатион-зависимойактивациитромбина: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.09 /ЗалевскийАртурОлегович; [Место защиты: Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова (МГУ)]. - Москва, 2019. - 125 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ имени М.В. ЛОМОНОСОВА ФАКУЛЬТЕТ БИОИНЖЕНЕРИИ И БИОИНФОРМАТИКИ На правах рукописиЗалевскийАртурОлеговичАтомистическиймеханизмкатион-зависимойактивациитромбина03.01.09 Математическая биология, биоинформатика ДИССЕРТАЦИЯ на соискание ученой степени кандидата

стр. 2
12 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 1Тромбин. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 1.1Механизмкатализатромбина. . . . . . . . . . . . 13 1.2Катион-зависимаяактивация. . . . . . . . . . . . 17 2 Кластеризация . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

стр. 6
менее, не означает, что мы во всех деталях понимаем все аспекты его работы. Одним из таких белых пятен являетсямеханизмкатион-зависимойактивациитромбина. В отличие от большинства представителей семейства химотрипсиновых протеаз, активностьтромбиназависит от присутствия ионов натрия — Na+ . Причем появление

Оглавление диссертациикандидат наук Залевский Артур Олегович
2 Кластеризация
2.1 Метрика сходства
2.2 Алгоритмы кластеризации
3 Гибридные КМ/ММ вычисления
4 Субстратная специфичность
4.1 Предсказание субстратной специфичности
4.2 Докинг пептидов
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
1 Кластеризация структур тромбина
1.1 Подготовка структур
2 Расчет RMSD
2.1 Кластеризация
3 Гибридное КМ/ММ моделирование
3.1 Подготовка тромбина для КМ/ММ моделирования
3.2 КМ/ММ моделирование тромбина в GROMACS/DFTB3
3.3 КМ/ММ моделирование в GROMACS/MOPAC2012
3.4 КМ/ММ метадинамика в GROMACS/GFN2-xTB
4 Моделирование фермент-субстратного комплекса тромбина
5 Реконструкция профиля субстратной специфичности
6 Визуализация
РЕЗУЛЬТАТЫ
1 Кластерный анализ структур тромбина
1.1 Кластеризация структур
1.2 Анализ и аннотация кластеров
2 КМ/ММ моделирование GROMACS/DFTB3
3 КМ/ММ моделирование GROMACS/MOPAC2012
3.1 Тестовые системы
3.2 Вычислительное время
3.3 Воспроизводимость
3.4 Сольватация ионов в GROMACS/MOPAC2012
4 QM/MM моделирование GROMACS/GFN2-xTB
5 Моделирование взаимодействия с субстратом
6 Предсказание субстратной специфичности
6.1 Разработка и оптимизация алгоритма PeptoGrid
6.2 Докинг пептидных библиотек
ОБСУЖДЕНИЕ
1 Консистентность базы данных
2 Кластеризация структур тромбина
3 Ингибирующая водородная связь
4 КМ/ММ моделирование
5 Моделирование комплекса с субстратом
6 Предсказание субстратной специфичности
7 Уникальность тромбина
ВЫВОДЫ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
АПФ — ангиотензинпревращающий фермент
ГАМКБ — рецептор у-аминомасляной кислоты класса Б
КМ — квантово-механические расчеты
КМ/MM — гибридное квантово-механическое/молекулярно-
механическое моделирование МД — молекулярная динамика ПО — программное обеспечение РСА — рентгено-структурный анализ ЯМР — ядерно-магнитный резонанс
API — программный интерфейс приложения (англ.
application programming interface) DFT — теория фукнционала плотности (англ. density
functional theory) MHP — молекулярный гидрофобный потенциал (англ.
molecular hydrophobicity potential) PDB — Protein Data Bank, банк данных пространственных
структур биомолекул RMSD — среднеквадратичное отклонение позиций атомов (англ. root-mean-square deviation of atomic positions) MPI — интерфейс передачи сообщений между программами (англ. message passing interface)
ВВЕДЕНИЕ