Функциональная характеристика микроРНК-мРНК интерактома человека Кудряшова Ольга Михайловна

Краткое описание

Кудряшова,ОльгаМихайловна.ФункциональнаяхарактеристикамикроРНК-мРНКинтерактомачеловека: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.03 /КудряшоваОльгаМихайловна; [Место защиты: ФГАОУ ВО «Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет)»]. - Москва, 2021. - 84 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
исследовательский университет)» На правах рукописиКудряшоваОльгаМихайловнаФункциональнаяхарактеристикамикроРНК-мРНКинтерактомачеловекаСпециальность 03.01.03

стр. 3
.................................................................................................................. 52 3.2.2 Анализхарактеристикрегионов взаимодействиямРНК......................... 54 3.2.3 Расчёт основных предсказательныххарактеристикпрограмм ............... 55 3.3 Экспрессионный анализмикроРНК-мРНКинтерактома.............................. 57 3.3.1 Анализ экспрессии...

стр. 8
фундаментальной научной задачей исследованиемикроРНК-мРНКинтерактомачеловека.микроРНКявляются эффективными регуляторами экспрессии генов. Понимание природымРНК-микроРНКвзаимодействия позволяет не только определить фундаментальную роль в молекулярных процессах, но и определять механизмы патогенеза наследственных

Оглавление диссертациикандидат наук Кудряшова Ольга Михайловна
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 микроРНК
1.1.1 Открытие микроРНК регуляции
1.1.2 Биогенез микроРНК
1.2 Экспериментальные методы определения микроРНК-мРНК взаимодействий
1.2.1 Конструкции с репортерным белком
1.2.2 Косвенное определение микроРНК взаимодействий по изменению уровня экспрессии генов
1.2.3 Методы связывания РНК с белком и последующей иммунопреципитацией
1.2.4 Методы высокопроизводительного секвенирования нового поколения для определения микроРНК - РНК взаимодействий
1.3 Биоинформатические методы определения микроРНК-мРНК взаимодействий
1.3.1 Основные программы для предсказания микроРНК-мРНК взаимодействий
1.3.2 Программы по предсказанию микроРНК-мРНК взаимодействий нового поколения
1.4 Роль микроРНК в патогенезе заболеваний
1.4.1 Роль микроРНК в патогенезе наследственных заболеваний
1.4.2 Патогенез заболеваний, вызванных мутациями в генах микроРНК
1.5 Функциональность взаимодействий микроРНК с мРНК
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Дизайн исследования
2.2 Обработка данных CLASH и CLEAR-CLIP и приведение к единому формату
2.3 Сбор дополнительных экспериментальных данных о микроРНК взаимодействиях (данные CLIP)
2.4 Определение достоверных регионов взаимодействия с микроРНК (exp-miBR)
2.5 Предсказание сайтов связывания микроРНК
2.6 Обработка экспрессионных данных мРНК и микроРНК
2.7 Разработка программы по определению нахождения варианта нуклеотидной последовательности в сайте связывания с микроРНК
2.8 Поиск функционально значимых вариантов нуклеотидной последовательности, нарушающих микроРНК-мРНК регуляцию
2.9 Экспериментальное изучение влияния мутаций в exp-miBR на регуляцию экспрессии гена-мишени
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1 Создание базы данных экспериментально установленных микроРНК-мРНК взаимодействий
3.1.1 Сравнение результатов высокопроизводительных методов определения микроРНК-мРНК взаимодействий
3.1.2 Выявление набора достоверных, экспериментально идентифицированных сайтов связывания микроРНК (exp-miBRs) с использованием данных CLIP экспериментов
3.1.3 Анализ характеристик выявленных exp-miBRs
3.2 Оценка эффективности программ по предсказанию микроРНК-мРНК взаимодействий
3.2.1 Предсказания микроРНК в регионах мРНК, идентифицированных методом CLASH
3.2.2 Анализ характеристик регионов взаимодействия мРНК
3.2.3 Расчёт основных предсказательных характеристик программ
3.3 Экспрессионный анализ микроРНК-мРНК интерактома
3.3.1 Анализ экспрессии мРНК
3.3.2 Сравнительный анализ уровней экспрессии микроРНК и их участия в мРНК-взаимодействиях
3.3.3 Сравнение характеристик микроРНК между типами клеточных линий
3.4 Создание программы для поиска вариантов нуклеотидной последовательности в сайтах связывания с микроРНК
3.4.1 Программа для анализа вариантов нуклеотидной последовательности ДНК (exp-miBR Annotator)
3.5 Поиск функционально значимых вариантов нуклеотидной последовательности, нарушающих микроРНК-мРНК взаимодействие
3.5.1 Роль микроРНК в патогенезе наследственных заболеваний
3.5.2 Анализ описанных патогенных вариантов способных нарушать микроРНК-мРНК взаимодействие
3.5.3 Экспериментальное изучение влияния патогенных вариантов в exp-miBR на регуляцию экспрессии гена-мишени
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
75
76