Исследование микробиоты кишечника при болезни паркинсона Петров Вячеслав Алексеевич

Краткое описание

Петров,ВячеславАлексеевич.ИсследованиемикробиотыкишечникаприболезниПаркинсона: диссертация ... кандидата медицинских наук : 03.02.03 /ПетровВячеславАлексеевич; [Место защиты: Первый моск. гос. мед. ун-т. им. И.М. Сеченова]. - Томск, 2019. - 156 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
здравоохранения Российской Федерации На правах рукописиПетровВячеславАлексеевичИССЛЕДОВАНИЕМИКРОБИОТЫКИШЕЧНИКАПРИБОЛЕЗНИПАРКИНСОНА03.02.03

стр. 1
2019 2 ОГЛАВЛЕНИЕ ВВЕДЕНИЕ 4 ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 9 1.1 Понятие омикробиоте. Современные методы изучения микробных сообществ 9 1.2Микробиотачеловека 17 1.3 Ось мозг-кишечник. Рольмикробиоты25 1.4МикробиотакишечникаиболезньПаркинсона30 ГЛАВА II. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫИССЛЕДОВАНИЯ36 2.1 Материал

стр. 30
(E.R.Volkmann et al, 2017). Однако, для нейродегенеративных заболеваний, протекающих без выраженного воспаления, таких какболезньПаркинсона, данная модель не является оптимальной. 1.4МикробиотакишечникаиболезньПаркинсонаБолезньПаркинсона— это хроническое нейродегенеративное заболевание, поражающее

Оглавление диссертациикандидат наук Петров Вячеслав Алексеевич
ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ 4
ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 9
1.1 Понятие о микробиоте. Современные методы изучения микробных сообществ 9
1.2 Микробиота человека 17
1.3 Ось мозг-кишечник. Роль микробиоты 25
1.4 Микробиота кишечника и болезнь Паркинсона 30 ГЛАВА II. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 36
2.1 Материал исследования 36
2.2 Методы исследования. 38
2.2.1 Молекулярно-биологические методы 38
2.2.1.1 Выделение тотальной бактериальной ДНК 38
2.2.1.2 Ампликонное секвенирование микробиоты 40
2.2.2 Биоинформатические методы: Таксономический анализ микробиоты 41
2.2.3 Статистические методы. 42
2.2.3.1 Расчет индексов таксономического разнообразия 42
2.2.3.2 Корреляционный анализ. 43
2.2.3.3 Сравнительный анализ представленности операционных таксономических единиц бактерий и реконструкция метаболических путей 44
2.2.4 Методы машинного обучения 45
2.2.4.1 Отбор наиболее значимых признаков 45
2.2.4.2 Обучение классифицирующих моделей 46
2.2.4.3 Валидация моделей 47 ГЛАВА III. РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ 48 3.1 Таксономическая композиция кишечной микробиоты у пациентов разных групп 48 3.1.1 Обобщенные результаты секвенирования 48
3.1.2 Состав микробиоты кишечника на разных таксономических уровнях 48
3.1.3 Оценка таксономического разнообразия микробиоты кишечника. 61
3.1.3.1 Расчет и оценка а-разнообразия. 61
3.1.3.2 Расчет и оценка Р-разнообразия. 68
3.1.4 Анализ корреляционных сетей в микробиоте кишечника 73
3.1.5 Особенности состава кишечной микробиоты на различных таксономических уровнях 81
3.1.6 Реконструкция метаболического потенциала микробиоты 105 3.2 Микробиота кишечника как источник биомаркеров болезни Паркинсона 110
3.2.1 Перечень бактериальных родов, выбранных для обучения классификаторов 110
3.2.2 Обучение классифицирующих моделей 113 ЗАКЛЮЧЕНИЕ 120 ВЫВОДЫ 125 ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ 126 СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ 127