Исследование общих закономерностей изменения сплайсинга пре-мРНК под воздействием химиотерапевтических препаратов Ануфриева Ксения Сергеевна

Краткое описание

Ануфриева,КсенияСергеевна.Исследованиеобщихзакономерностейизменениясплайсингапре-мРНКподвоздействиемхимиотерапевтическихпрепаратов: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.09 /АнуфриеваКсенияСергеевна; [Место защиты: ФГАОУ ВО «Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет)»]. - Москва, 2021. - 139 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
исследовательский университет)" На правах рукописиАнуфриеваКсенияСергеевна«Исследованиеобщихзакономерностейизменениясплайсингапре-мРНКподвоздействиемхимиотерапевтическихпрепаратов» 03.01.09 математическая биология, биоинформатика Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук

стр. 3
Анализ характеристик последовательностей интронов, удерживаемых послевоздействияхимиотерапии 60 4.2 Результаты 61 4.2.1Общиепаттернысплайсингав опухолевых клеткахподвоздействиемразличных химиопрепаратов 61 4.2.2Изменениесплайсингапре-мРНКв различных опухолевых клеточных линиях послевоздействия

стр. 9
задачи: 1. На основании общедоступных наборов данных РНК секвенирования определитьобщиепаттерныизмененийсплайсингапре-мРНКв опухолевых клетках послевоздействияхимиотерапевтическихпрепаратов. Сравнить полученные паттерныизмененияальтернативногосплайсингав чувствительных и резистентных к химиотерапии

Оглавление диссертациикандидат наук Ануфриева Ксения Сергеевна
ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность исследования
Научная новизна и практическая значимость
Цели и задачи исследования
Основные положения, выносимые на защиту
Личный вклад автора в исследование
Степень достоверности и апробация результатов
Список публикаций по теме диссертации
Список сокращений
Глава I. Обзор литературы по предметной области
1. Cплайсинг пре-мРНК и его регуляция в клетке
1.1 Молекулярный механизм сплайсинга в эукариотической клетке
1.2 Способы регуляции сплайсинга
1.2.1 Регуляция сплайсинга посредством цис-действующих регуляторных элементов
1.2.2 Регуляция сплайсинга посредством транс-действующих сплайсинговых факторов
1.3. Анализ альтернативного сплайсинга
1.3.1 Секвенирование РНК
1.3.2 Идентификация и количественный анализ альтернативного сплайсинга
2. Влияние альтернативного сплайсинга на развитие и течение онкологических заболеваний
2.1 Паттерны изменения альтернативного сплайсинга в опухолевых клетках
2.2 Влияние мутаций сплайсосомных белков на паттерны сплайсинга в опухолевых клетках
2.3 Мутации в цис-действующих регуляторных элементах
2.4 Изменение экспрессии сплайсинговых факторов
3. Влияние альтернативного сплайсинга на ответ клетки после воздействия ДНК-повреждающей химиотерапии
3. 1 Молекулярные механизмы репарации ДНК в клетке
3.2 Типы и механизмы ДНК-повреждающих воздействий
3.2.1 Ионизирующее излучение
3.2.2 ДНК сшивающие агенты
3.2.3 Ингибиторы топоизомераз
3.3 Роль сплайсосомных белков в репарации ДНК
3.4 Изменение сплайсинга вследствие ДНК-повреждающих воздействий
Глава II. Основная часть
4 Анализ изменений сплайсинга пре-мРНК после воздействия химиотерапии
4.1 Материалы и методы
4.1.1 Источники данных
4.1.2 Анализ альтернативного сплайсинга
4.1.3 Анализ биологически значимых путей
4.1.4 Анализ характеристик последовательностей интронов, удерживаемых после воздействия химиотерапии
4.2 Результаты
4.2.1 Общие паттерны сплайсинга в опухолевых клетках под воздействием различных химиопрепаратов
4.2.2 Изменение сплайсинга пре-мРНК в различных опухолевых клеточных линиях после воздействия доксорубицина
4.2.3 Сравнение паттернов сплайсинга между клетками нормальной ткани и опухолевыми клеточными линиями
4.2.4 Влияние химиорезистентности на изменение паттернов сплайсинга пре-мРНК в опухолевых клетках
4.2.5 Изменения соотношений изоформ транскриптов с противоположными функциями после воздействия различных химиопрепаратов
4.2.6 Особенности удержанных интронов после воздействия химиотерапии
4.2.7 Особенности включенных и пропущенных экзонов после воздействия химиотерапевтических препаратов
5. Регуляция и клиническая значимость альтернативных сплайсинговых событий, возникающих после воздействия химиотерапии
5.1 Методы
5.1.1 Анализ клинической значимости сплайсинговых событий, возникающих после проведения химиотерапии пациентов с онкологией
5.1.2 Построение и тестирование моделей машинного обучения для предсказания изменений альтернативного сплайсинга в зависимости от представленности сплайсинговых факторов
5.1.3 Анализ обогащения РНК мотивами связывания сплайсинговых факторов вблизи общих сплайсинговых событий
86
5.2 Результаты
5.2.1 Клиническая значимость найденных событий альтернативного сплайсинга
5.2.2 Прогнозирование изменений альтернативного сплайсинга
6. Анализ экспрессии генов и секреции белков в ответ на различные стрессовые воздействия
6.1 Материалы и методы
6.1.1 Источники данных
6.1.2 Исследование профилей экспрессии генов через анализ данных гибридизации на микрочипах
6.1.3 Анализ биологически значимых путей
6.1.4 Объединение результатов анализа дифференциальной экспрессии генов
6.1.5 Кластеризация данных по временным паттернам
6.1.6 Агрегация результатов протеомных исследований секретомов опухолевых клеток после воздействия химиопрепаратов или радиации
6.2 Результаты
6.2.1 Анализ экспрессии генов после воздействия химиопрепаратов, радиации или гипоксии на опухолевые клетки
96
6.2.2 Динамика изменения экспрессии генов сплайсосомы после воздействия на клетки цисплатина, гипоксии или радиации
6.2.3 Изменение секреции сплайсосомных белков после воздействия противоопухолевыми препаратами или радиацией101
7 Подбор комбинированной химиотерапии для преодоления химиорезистентности, возникающей в результате альтернативного сплайсинга в опухолевых клетках под воздействием традиционных химиопрепаратов
7. 1 Материалы и методы
7.1.1 Анализ дифференциальной экспрессии генов и альтернативного сплайсинга после воздействия ингибиторов сплайсинга
7.1.2 Оценка выживаемости клеточных культур с помощью МТТ-теста
7.1.3 Анализ уровня апоптоза в клеточных культурах методом проточной цитофлуориметрии
7.1.4 Анализ уровня фосфорилирования ATM в клеточных культурах методом проточной цитофлуориметрии
7.1.6 Подготовка клеток к анализу протеома: трипсинолиз в растворе
7.1.7 Хромато-масс-спектрометрический анализ триптических
7.2.1 Роль сплайсосомы в остановке клеточного цикла и предотвращении ДНК повреждений
7.2.2 Изменение экспрессии и сплайсинга после воздействия ингибиторов сплайсосомы
7.2.3 Совместное действие ингибиторов сплайсинга и препаратов, повреждающих ДНК, на выживаемость опухолевых клеток
7.2.4 Предварительное добавление пладиенолида Б ухудшает передачу сигнала о наличии поврежденной ДНК
7.2.5 Протеомные профили опухолевых клеток после последовательного воздействия ингибиторов сплайсосомы и цисплатина
7.1.8 Анализ LC-MS/MS данных 7.2 Результаты
пептидов клеток
107
108
Заключение
120
Выводы
123
Список литературы
124
ВВЕДЕНИЕ