Молекулярно-вирусологическое исследование вируса иммунодефицита человека на ранней фазе эпидемии ВИЧ/СПИД Козлов, Андрей Петрович

Краткое описание

Козлов,АндрейПетрович.Молекулярно-вирусологическоеисследованиевирусаиммунодефицитачеловеканараннейфазеэпидемииВИЧ/СПИД: автореферат дис. ... кандидата биологических наук : 03.00.03. - Санкт-Петербург, 1998. - 39 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
,Б ОД На правах рукописи - ft ПЕН 1998КОЗЛОВАНДРЕЙПЕТРОВИЧМОЛЕКУЛЯРНО-ВИРУСОЛОГИЧЕСКОЕИССЛЕДОВАНИЕВИРУСАИММУНОДЕФИЦИТАЧЕЛОВЕКАНАРАННЕЙФАЗЕЭПИДЕМИИВИЧ/СПИД03.00.03 -молекулярнаябиология 03.00.06-вирусология Автореферат диссфтации на соискание ученой степени доктора биологических наук Санкт-Петербург—1998

стр. 4
задачиисследованияЦелями данной работы были выявлениеВИЧ-инфекции в С.-Петербурге, вьщеление первых изолятовВИЧ, описаниемолекулярно-эпидемиологических имолекулярно-вирусологическихзакономерностейраннейфазыэпиде­ мииВИЧ/СПИД, а также внедрение в практическое здравоохранение мето­ дов иммуноферментного

стр. 7
применения отечествен­ ной вакцины противВИЧ. Выделены и охарактеризоваШ)! одни из первых отечественных изолятовВИЧ.Молекулярно-биологические подходы подтверждают, что в С.-Петер­ бурге нараннейфазеэпидемииВИЧ/СПИДприсутствуетВИЧ-1 субтипа В. Установленное с помощьюмолекулярно-филогеиетического анализа

Оглавление диссертациидоктор биологических наук Козлов, Андрей Петрович
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОБОЗНАЧЕНИЙ.
1. ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ.
1.1. Актуальность проблемы.
1.2. Цели и задачи исследования.
1.3. Основные положения, выносимые на защиту.
1.4. Научная новизна работы.
1.5. Практическая ценность.
1.6. Личный вклад соискателя.
1.7. Форма выполнения диссертационной работы.
1.8. Апробация работы.
1.9. Публикации.
2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.
2.1. Обнаружение вируса - возбудителя синдрома приобретенного иммунодефицита.
2.2. Общая характеристика пандемии ВИЧ/СПИД.
2.3.^ Свойства вируса иммунодефицита человека.
2.3.1. Гены и белки ВИЧ.
2.3.2. Фенотипические характеристики изолятов ВИЧ-1.
2.3.3. Вариабельность ВИЧ-1.
2.2.3.1. Мутационная изменчивость генома ВИЧ-1.
2.2.3.2. Селекция вариантов ВИЧ в вирусной популяции.
2.3.3.3. Особенности структуры поверхностного белка gpl20 ВИЧ-1.
2.3.3.4. Основной нейтрализуемый домен.
2.3.3.5. Субтипы ВИЧ-1 и методы их определения.
2.3.4. Молекулярная эпидемиология ВИЧ-инфекции.
2.4. Патогенез ВИЧ-инфекции и СПИДа.
2.4.1. Взаимодействие ВИЧ с организмом-хозяином.
2.4.2. Взаимодействие ВИЧ с условно-патогенными организмами.
2.4.3. ВИЧ и вирусы группы герпеса.
2.5. Эпидемиологический надзор, лабораторная диагностика ВИЧ-инфекции и молекулярная эпидемиология ВИЧ.
3. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.
3.1. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
3.1.1. Подготовка сывороток.
3.1.2. Определение антител к ВИЧ методом иммуноферментного анализа (ИФА).
3.1.3. Исследование качества лабораторной диагностики ВИЧ-инфекции.
3.1.4. Серотипирование ВИЧ.
3.1.4.1. ИФА с использованием синтетических пептидов.
3.1.4.2. Химический синтез УЗ-пептидов ВИЧ и их конъюгатов с полилизином (МАП-систем).
3.1.4.3. Методы анализа многомерных данных.
3.1.5. Выделение вируса иммунодефицита человека.
3.1.5.1. Выделение мононуклеарных клеток крови.
3.1.5.2. Культивирование лимфоцитов.
3.1.5.3. Заражение клеток вирусом.
3.1.5.4. Определение активности обратной транскриптазы.
3.1.5.5. Определение вирусного антигена в культуральной жидкости.
3.1.5.6. Электронная микроскопия.
3.1.6. Определение (СБ4+)- и (СБ8+)-субпопуляций Т-лимфоцитов и В-лимфоцитов (СБ20+).
3.1.7. Выделение нуклеиновых кислот из клеток ВИЧ-инфицированных пациентов.
3.1.7.1. Выделение ДНК.
3.1.7.2. Выделение РНК.
3.1.8. Амплификация ВИЧ-специфичных фрагментов нуклеиновых кислот.
3.1.8.1. Полимеразная цепная реакция с внешними праймерами.
3.1.8.2. Полимеразная цепная реакция с внутренними праймерами.
3.1.9. Анализ нуклеиновых кислот.
3.1.9.1. Электрофорез препаратов ДНК.
3.1.9.2. Перенос и иммобилизация ДНК на фильтрах.
3.1.9.3. Молекулярная гибридизация нуклеиновых кислот.
3.1.10. Клонирование и анализ амплифицированных ВИЧ-специфичных фрагментов
3.1.10.1. Подготовка плазмидного вектора для клонирования.
3.1.10.2. Подготовка амплифицированного фрагмента для клонирования.
3.1.10.3. Лигирование.
3.1.10.4. Подготовка компетентных клеток Е. coli для трансформации.
3.1.10.5. Трансформация клеток E.coli рекомбинантными плазмидами.
3.1.10.6. Отбор рекомбинантных клонов.
3.1.10.7. Анализ клонированных фрагментов.
3.1.11. Секвенирование клонированных ВИЧ-специфичных фрагментов.
3.1.12. Анализ первичных последовательностей ВИЧ-специфичных фрагментов.
3.1.13. Молекулярно-филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей провируса ВИЧ-1.
3.2. Результаты.
3.2.1. Создание системы лабораторной диагностики ВИЧ-инфекции и внедрение методов подтверждающей диагностики в Ленинграде/С.-Петербурге.
3.2.2. Изучение качества тестирования на ВИЧ в лабораториях С.-Петербурга и России.
3.2.3. Выявление первых случаев ВИЧ-инфекции в Ленинграде и описание ранней фазы эпидемии ВИЧ-инфекции в Ленинграде/Санкт-Петербурге.
3.2.4. Серотипирование ВИЧ.
3.2.4.1. Серотипирование сывороток ВИЧ-инфицированных пациентов с известным генотипом ВИЧ-1.
3.2.4.2. Исследование иммунореактивности сывороток отдельных ВИЧ-инфицированных пациентов на разных сроках ВИЧ-инфекции.
3.2.4.3. Серотипирование ВИЧ-1 в Санкт-Петербурге.
3.2.4.4. Серотипирование ВИЧ-1 в Москве.
3.2.4.5. Серотипирование ВИЧ-1 на Украине.
3.2.5. Вирусологические исследования.
3.2.5.1. Выделение вируса иммунодефицита человека из лимфоидных клеток.
3.2.5.2. Обнаружение нового герпесвируса в клетках ВИЧ-инфицированного пациента.
3.2.6. Молекулярно-биологические исследования.
3.2.6.1. Амплификация и клонирование епу-специфичных фрагментов ДНК провируса ВИЧ.
3.2.6.2. Построение консенсусных последовательностей ДНК провируса ВИЧ и исследование генетического разнообразия ВИЧ-1 у одного пациента.
3.2.6.3. Молекулярно-филогенетический анализ консенсусных последовательностей ДНК провируса-петербургских изолятов ВИЧ-1.
3.2.6.4 Молекулярная характеристика генетического разнообразия с.-петербургских изолятов ВИЧ-1.
4. ОБСУЖДЕНИЕ.
4.1. Организация и контроль качества лабораторной диагностики ВИЧ-инфекции.
4.2. Молекулярно-вирусологическая характеристика ВИЧ на ранней фазе эпидемии ВИЧ/СПИД.
4.3. Место молекулярно-вирусологических исследований в системе мер по борьбе с эпидемией ВИЧ/СПИД.