Молекулярные механизмы систем защиты Escherichia coli от бактериофагов Морозова Наталия Евгеньевна

Краткое описание

Морозова,НаталияЕвгеньевна.МолекулярныемеханизмысистемзащитыEscherichiacoliотбактериофагов: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.01.03 /МорозоваНаталияЕвгеньевна; [Местозащиты: Институт цитологии Российской академии наук]. - Санкт-Петербург, 2018. - 110 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
На правах рукописиМорозоваНаталияЕвгеньевнаМолекулярныемеханизмысистемзащитыEscherichiacoliотбактериофагов03.01.03 молекулярнаябиология

стр. 5
массовая гибель бактерий от вирусов является существенной проблемой в промышленности [1]. Многие бактерии используют разнообразныемеханизмыпротивовируснойзащиты, не позволяющиебактериофагууничтожать бактериальную популяцию. Одними из самых распространённых защитныхсистемявляютсясистемырестрикции-модификации

стр. 6
выявлениемолекулярныхмеханизмовработы защитныхсистембактерий от вирусов, в частности,системырестрикциимодификации Esp1396I,системыBREX изEscherichiacoli, а такжесистемыCRISPR-Cas первого типа. Для достижения поставленной цели решались следующие задачи: 6 1. Разработка методики проведения

Оглавление диссертациикандидат наук Морозова Наталия Евгеньевна
Глава 1. Введение
1.1 Актуальность проблемы
1.2 Цели и задачи
1.3 Научная новизна и практическая ценность работы
1.4 Финансовая поддержка
1.5 Положения, выносимые на защиту
1.6 Публикации и апробация работы
1.7 Структура и объём работы
Глава 2. Обзор литературы
2.1 Бактериофаги
2.2 Защитные системы бактерий
2.2.1 Модификация рецепторов
2.2.2 Блокирование суперинфекции
2.2.3 Абортивные системы защиты от вируса
2.2.4 Системы рестрикции-модификации
2.2.4.1 Системы рестрикции-модификации Ьго типа
2.2.4.2 Системы рестрикции-модификации 11-го типа
2.2.4.3 Регуляция систем рестрикции-модификации 11-го типа
2.2.4.4 Система рестрикции-модификации 11-го типа ЕБр13961
2.2.4.5 Системы рестрикции-модификации 111-го типа
2.2.4.6 Системы рестрикции-модификации 1У-го типа
2.2.5 СИБРЯ-Сав системы
2.2.6 Системы ВЯЕХ
2.3 Флуоресцентные красители
2.3.1 Явление флуоресценции
2.3.2 Синтетические органические красители
2.3.3 Флуоресцентные белки
Глава 3. Материалы и методы
3.1. Изучение динамики возникновения белков рестрикции-модификации
Esp1396I в новой хозяйской клетке
2
3.1.1. Бактериальные штаммы и плазмиды
3.1.2. Проверка эффективности противовирусной защиты
3.1.3. Проверка стабильности белков слияния в клетках
3.1.4. Флуоресцентная микроскопия
3.1.5. Калибровка интенсивности флуоресценции по отношению к количеству белка в клетках
3.1.6. Наблюдение за трансформацией клеток E. coli флуоресцентно-меченной СРМ Esp13961
3.1.7. Анализ изображений
3.2. Изучение влияния копийности плазмиды, несущей СРМ Esp1396I, на эффективность защиты от вируса
3.2.1. Бактериальные штаммы и плазмиды
3.2.2. Определение копийности плазмид, несущих флуоресцентно-меченную СРМ Esp1396I
3.2.3. Оценка эффективности противовирусной защиты СРМ, находящейся на плазмидах различной копийности
3.2.4. Проверка метилирования бактериофага, преодолевшего защиту СРМ
3.2.6. Определение концентраций МТ и ЭР характерных для одиночных клеток, несущих СРМ на плазмидах различной копийности
3.3. Искусственное изменение отношения концентраций МТ/ЭР в клетках и его влияние на защиту от вируса
3.3.1. Бактериальные штаммы и плазмиды
3.3.2. Проверка полученных конструкций; индукция МТ иили ЭР в клетках E. coli DH5a
3.3.3. Индукция ферментов МТ или ЭР в дополнение к присутствующей в клетках СРМ
3.4. Роль С-белка в регуляции СРМ Esp13961
3.4.1. Бактериальные штаммы и плазмиды
3.4.2. Проверка регуляторной роли С-белка в процессе появления СРМ Esp1396I в новой бактериальной клетке
3.4.3. Влияние концентрации С-белка на концентрации МТ и ЭР в клетках с СРМ Esp1396I
3.5. Наблюдение за процессом инфекции бактериофагом Т7 клеток с CRISPR-Cas системой
3.6. Изучение некоторых механизмов работы ВЯЕХ системы
3.6.1. Индукция профага X из ВЯЕХ- и ВЯЕХ+ клеток
3.6.2. Наблюдение за инфекцией ВЯЕХ- и ВЯЕХ+ клеток бактериофагом
X вышедшим из ВЯЕХ- или ВЯЕХ+ клеток
Глава 4. Результаты и обсуждение
4.1. Динамика возникновения белков системы рестрикции-модификации Esp1396I в новой хозяйской клетке
4.2. Количественное моделирование динамики появления белков СРМ ЕБр13961 в новой хозяйской клетке
4.3. Влияние копийности плазмиды, несущей СРМ Esp1396I на эффективность её защиты от вируса
4.4 Влияние искусственного сдвига отношения МТ/ЭР в клетках на эффективность их защиты от вируса
4.5 Роль С-белка в регуляции системы рестрикции-модификации Esp1396I
4.6 Процесс инфекции бактериофагом Т7 клеток с системой СЯКРЯ-Сав
4.7 Изучение защитной системы ВЯЕХ
Глава 5. Заключение
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
БЛАГОДАРНОСТИ
Список литературы
Глава 1. Введение