Новые подходы к культивированию и идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales, выделенных из клинического материала Лямин Артем Викторович

Краткое описание

Лямин,АртемВикторович.НовыеподходыккультивированиюиидентификациикислотоустойчивыхпредставителейпорядкаActinomycetales,выделенныхизклиническогоматериала: диссертация ... доктора медицинских наук : 03.02.03 /ЛяминАртемВикторович; [Место защиты: ФГБОУ ВО «Южно-Уральский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации]. - Самара, 2020. - 241 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
здравоохранения Российской Федерации На правах рукописиЛяминАртемВикторовичНОВЫЕПОДХОДЫККУЛЬТИВИРОВАНИЮИИДЕНТИФИКАЦИИКИСЛОТОУСТОЙЧИВЫХПРЕДСТАВИТЕЛЕЙПОРЯДКАACTINOMYCETALES,ВЫДЕЛЕННЫХИЗКЛИНИЧЕСКОГОМАТЕРИАЛА03.02.03 Микробиология Диссертация на соискание ученой степени доктора медицинских

стр. 2
ОГЛАВЛЕНИЕ ВВЕДЕНИЕ 8 ГЛАВА 1.КИСЛОТОУСТОЙЧИВЫЕПРЕДСТАВИТЕЛИПОРЯДКАACTINOMYCETALES:КУЛЬТИВИРОВАНИЕ,ИДЕНТИФИКАЦИЯИКЛИНИЧЕСКОЕЗНАЧЕНИЕ (обзор литературы) 22 1.1. Общая характеристика и современная классификацияпредставителейпорядкаActinomycetales22 1.2. ОсобенностикультивированияотдельныхпредставителейпорядкаActinomycetales26 1.3. Методыидентификациипредставителей...

стр. 12
при исследованииклиническогоматериалана туберкулез и оценить в ней долюкислотоустойчивыхпредставителейпорядкаActinomycetales. 2. Определить видовой составкислотоустойчивыхпредставителейпорядкаActinomycetales, первоначально идентифицированных как нетуберкулезные микобактерии. 3. Провести оценку возможностикультивированиякислотоустойчивыхпредставителейпорядкаActinomycetalesна...

Оглавление диссертациидоктор наук Лямин Артем Викторович
ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. КИСЛОТОУСТОЙЧИВЫЕ ПРЕДСТАВИТЕЛИ ПОРЯДКА ЛСГШОМУСЕГЛЬЕЗ: КУЛЬТИВИРОВАНИЕ, ИДЕНТИФИКАЦИЯ И КЛИНИЧЕСКОЕ ЗНАЧЕНИЕ (обзор литературы)
1.1. Общая характеристика и современная классификация представителей порядка Actinomycetales
1.2. Особенности культивирования отдельных представителей порядка Actinomycetales
1.3. Методы идентификации представителей семейств Mycobacteriaceae, Nocardiaceae, Gordoniaceae, Tsukamurellaceae, Brevibacteriaceae, Promicromonosporaceae, Streptomycetaceae
1.4. Эпидемиологические особенности и клиническое значение представителей семейств Mycobacteriaceae, Nocardiaceae, Gordoniaceae, Tsukamurellaceae, Brevibacteriaceae, Promicromonosporaceae, Streptomycetaceae 38 ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. Дизайн исследования
2.2. Характеристика исследуемых микроорганизмов
2.3. Методы выделения и первичной идентификации микроорганизмов при первичном посеве клинического материала
2.3.1. Методика первичного посева материала при обследовании на туберкулез
2.3.2. Методика определения роста контаминирующей микрофлоры
2.3.3. Методика определения роста микобактерий на плотных яичных средах
2.3.4. Методика определения роста микобактерий на жидкой среде
2.3.5. Метод ДНК-гибридизации для первичной идентификации нетуберкулезных микобактерий
2.4. Методика определения видового разнообразия микрофлоры, выделенной при обследовании на туберкулез
2.4.1. Методы выделения контаминирующей микрофлоры и нетуберкулезных микобактерий для последующей идентификации
2.4.2. Метод МЛЬБ^ТоБ масс-спектрометрии для идентификации микроорганизмов
2.5. Молекулярно-генетические методы идентификации микобактерий
2.6. Методы оценки культивирования кислотоустойчивых представителей порядка Лсипотусе1а1в8 на агаризованных средах
2.6.1. Метод количественных испытаний агаризованных сред и испытаний
на селективность
2.6.2. Метод предварительной идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Лctinomycetales при использовании универсальной хромогенной среды
2.6.3. Метод использования универсальной хромогенной среды с селективной добавкой для культивирования кислотоустойчивых представителей порядка Лctinomycetales
2.6.4. Методы оценки возможности выделения кислотоустойчивых актиномицет из клинического материала
2.7. Методы определения состава питательных сред
2.8. Методы математической обработки полученных данных
2.8.1. Методы анализа белковых профилей, полученных с помощью МЛЬБ1-ТоБ масс-спектрометрии
2.8.2. Методы статистической обработки полученных результатов 62 ГЛАВА 3. СТРУКТУРА И РАСПРОСТРАНЕННОСТЬ КИСЛОТОУСТОЙЧИВЫХ ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ ПОРЯДКА ЛСТШОИУСЕТЛЬЕЗ В КОНТАМИНИРУЮЩЕЙ МИКРОФЛОРЕ, ВЫДЕЛЕННОЙ ИЗ КЛИНИЧЕСКГО МАТЕРИАЛА ПРИ ОБСЛЕДОВАНИИ НА ТУБЕРКУЛЕЗ 63 3.1. Структура контаминирующей микрофлоры при обследовании на туберкулез
3.2. Контаминирующая микрофлора, выделенная при исследовании мочи и мокроты
3.3. Кислотоустойчивые представители порядка Actinomycetales в структуре контаминирующей микрофлоры
3.4. Оценка влияния питательной среды для первичного посева на выделение представителей порядка Actinomycetales из клинического материала
3.5. Резюме 82 ГЛАВА 4. СТРУКТУРА КИСЛОТОУСТОЙЧИВЫХ ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ ПОРЯДКА ACTINOMYCETALES, ПРЕДВАРИТЕЛЬНО ИДЕНТИФИЦИРОВАННЫХ КАК НЕТУБЕРКУЛЕЗНЫЕ МИКОБАКТЕРИИ
4.1. Анализ результатов первичной идентификации микрофлоры с использованием метода ДНК-гибридизации
4.2. Структура микроорганизмов, предварительно идентифицированных как нетуберкулезные микобактерии по результатам MALDI-ToF масс-спектрометрии
4.3. Сравнительный анализ результатов идентификации выделенных микроорганизмов используемыми методами
4.4. Частота выделения и структура кислотоустойчивых актиномицет в клиническом материале в зависимости от пола и возраста пациентов
4.5. Резюме 106 ГЛАВА 5. ОЦЕНКА ВОЗМОЖНОСТИ КУЛЬТИВИРОВАНИЯ ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ ПОРЯДКА ACTINOMYCETALES НА АГАРИЗОВАННЫХ СРЕДАХ
5.1. Оценка культуральных свойств анализируемых микроорганизмов при посеве на плотные и жидкие питательные среды для культивирования микобактерий
5.2. Особенности культуральных свойств представителей порядка Actinomycetales на агаризованных средах
5.2.1. Оценка возможности культивирования нетуберкулезных микобактерий на универсальной хромогенной среде и кровяном агаре
5.2.2. Влияние температуры культивирования на скорость роста нетуберкулезных микобактерий на агаризованных средах
5.2.3. Оценка возможности использования новых вариантов лабораторной посуды для культивирования нетуберкулезных микобактерий на 122 универсальной хромогенной среде
5.3. Оценка возможности предварительной идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales при использовании универсальной хромогенной среды
5.4. Оценка использования универсальной хромогенной среды с селективной добавкой для культивирования кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales
5.5. Резюме 133 ГЛАВА 6. ОСОБЕННОСТИ ИДЕНТИФИКАЦИИ КИСЛОТОУСТОЙЧИВЫХ ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ ПОРЯДКА ACTINOMYCETALES МЕТОДОМ MALDI-TOF МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ
6.1. Сравнение методов идентификации представителей семейства Mycobacteriaceae с использованием методов ДНК-гибридизации, MALDI-ToF масс-спектрометрии, секвенирования по Сэнгеру
6.2. Особенности проведения идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales в зависимости от среды для культивирования с использованием метода MALDI-ToF масс-спектрометрии 143 6.2.1. Оценка влияния среды культивирования на результат идентификации нетуберкулезных микобактерий методом MALDI-ToF масс-спектрометрии
6.2.2. Оценка влияния среды культивирования на результат идентификации других микроорганизмов из группы кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales методом MALDI-ToF масс-спектрометрии
6.3. Сравнение белковых профилей, полученных методом MALDI-ToF масс-спектрометрии у представителей семейства Mycobacteriaceae, выращенных
на различных питательных средах
6.4. Резюме 153 ГЛАВА 7. ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ И ПРИКЛАДНЫЕ АСПЕКТЫ ОБОСНОВАНИЯ НОВЫХ ПОДХОДОВ К КУЛЬТИВИРОВАНИЮ И ИДЕНТИФИКАЦИИ КИСЛОТОУСТОЙЧИВЫХ
ПРЕДСТАВИТЕЛЕЙ ПОРЯДКА ACTINOMYCETALES
7.1. Выбор питательной среды для первичного посева как определяющий фактор выделения и идентификации медленно и быстро растущих кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales в клинической практике
7.2. Возможности продленной инкубации для выделения и идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales в рутинной микробиологической практике
7.2.1. Влияние продленной инкубации на агаризованных средах на возможность выделения кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales из клинического материала
7.2.2. Особенности идентификации выделенных из клинического материала культур с использованием метода MALDI-ToF масс-спектрометрии
7.3. Протеомный анализ белковых спектров кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales как элемент субтипирования штаммов, выделенных от одного пациента
7.4. Резюме 176 ЗАКЛЮЧЕНИЕ 180 ВЫВОДЫ
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ