Поиск новых ингибиторов для заданных белков-мишеней методами молекулярного моделирования Ильин Иван Сергеевич

Краткое описание

Ильин,ИванСергеевич.Поискновыхингибиторовдлязаданныхбелков-мишенейметодамимолекулярногомоделирования: диссертация ... кандидата физико-математических наук : 03.01.08 /ИльинИванСергеевич; [Место защиты: Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова (МГУ)]. - Москва, 2020. - 110 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ имени М. В. ЛОМОНОСОВА ФИЗИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ На правах рукописиИльинИванСергеевичПоискновыхингибиторовдлязаданныхбелков-мишенейметодамимолекулярногомоделированияСпециальность 03.01.08 Биоинженерия ДИССЕРТАЦИЯ на соискание ученой степени кандидата физико-математических

стр. 4
аспектов, в том числе ассоциированных с возникновением заболеваний, что привело к нахождениюновыхбелков-мишенейиновыхлекарственных молекул. Наконец, развитиеметодовмолекулярногомоделированияи хемоинформатики, а также появление больших вычислительных мощностей открылоновыйгоризонтдляпоискалекарственных соединений. Современныеметодымашинного обучения и технологии искусственного интеллекта уже проявили себя...

стр. 16
виртуального скрининга, сочетающего докинг с использованием программы SOL и последующее применение квантовохимического полуэмпирическогометода, выявлять активные соединениядлявоздействия на выбранныебелки-мишени. С использованиемметодовмолекулярногомоделированиявпервые найденыновыеингибиторыфактора Xa на основе 1,2,3,4-тетрагидрохинолина. Экспериментально измеренное значение IC50длялучшего найденного...

Оглавление диссертациикандидат наук Ильин Иван Сергеевич
Введение
Актуальность работы
Цель исследования
Основные задачи
Новизна
Глава 1. Фактор Ха, Р-лактамаза TEM-1, белок YB-1 как белки-мишени
1.1 Понятие мишени в контексте разработки лекарств
1.2 Фактор Ха как терапевтическая мишень
1.3 Бета-лактамаза TEM-1 как фактор резистентности бактерий
1.4 Белок YB-1: онкомаркер и новая мишень для лечения противоопухолевых заболеваний
Глава 2. Методы виртуального скрининга
2.1 Классификация методов виртуального скрининга
2.2 Структурно-ориентированный виртуальный скрининг
2.3 Комбинированный структурно-ориентированный скрининг
2.4 Полуэмпирические методы квантовой химии
2.5 Расчет энтальпии связывания методом PM7
Глава 3. Молекулярный докинг
3.1 Докинг как основной инструмент виртуального скрининга
3.2 Программа докинга SOL
Глава 4. Поиск новых ингибиторов фактора Ха
4.1 Создание и валидация модели фактора Ха
4.2 Виртуальный скрининг сфокусированной библиотеки
4.3 Идентификация новых ингибиторов фактора Ха на основе 2,2,4-триметил-
1,2,3,4-тетрагидрохинолина
Глава 5. Поиск новых ингибиторов белка TEM-1
5.1 Создание модели аллостерического ингибирования Р-лактамазы TEM-1
5.2 Виртуальный скрининг библиотеки NCI Diversity set V
5.3 Виртуальный скрининг базы ВГУ и библиотеки HitFinder
5.4 Применение молекулярной динамики для проверки аллостерического эффекта предсказанных лигандов
Глава 6. Поиск аллостерических антагонистов белка YB-1
6.1 Создание модели белка на основе ансамбля конформаций
6.2 Виртуальный скрининг полной базы ВГУ
6.3 Экспериментальное тестирование отобранных кандидатов