Применение метода главных компонент для анализа конформаций молекул липидов, полученных методом молекулярной динамики Буслаев Павел Ильич

Краткое описание

Буслаев,ПавелИльич.Применениеметодаглавныхкомпонентдляанализаконформациймолекуллипидов,полученныхметодоммолекулярнойдинамики: диссертация ... кандидата физико-математических наук : 03.01.02 /БуслаевПавелИльич; [Место защиты: Моск. физ.-техн. ин-т (гос. ун-т)]. - Москва, 2018. - 190 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
Московский Физико-Технический Институт (Государственный университет) На правах рукописиБуслаевПавелИльичПРИМЕНЕНИЕМЕТОДАГЛАВНЫХКОМПОНЕНТДЛЯАНАЛИЗАКОНФОРМАЦИЙМОЛЕКУЛЛИПИДОВ,ПОЛУЧЕННЫХМЕТОДОММОЛЕКУЛЯРНОЙДИНАМИКИСпециальность: 03.01.02 Биофизика Диссертация на соискание ученой степени

стр. 10
конформацииидинамикумолекуллипидов. Научная новизна В данной работе впервые представленметоданализаконформациймолекуллипидовс помощьюметодаглавныхкомпонент, единственный из известных на сегодняшний деньметодованализамолекуллипидов, позволяющий количественно описывать конформационнуюдинамикуотдельныхмолекуллипидов. Результатыанализа...

стр. 13
моделированияметодоммолекулярнойдинамикиианализаполученныхрезультатов. В третьей главе представлены результатыанализаконформацийи 13динамикимолекуллипидов, получаемых при моделированииметодоммолекулярнойдинамики, с помощьюметодаглавныхкомпонент. В том числе приведены результаты сравнения

Оглавление диссертациикандидат наук Буслаев Павел Ильич
Содержание
Список сокращений
Введение
Цель работы
Актуальность работы
Основные задачи исследования
Научная новизна
Практическая значимость
Методы исследования
Положения, выносимые на защиту
Апробация результатов работы
Структура диссертационной работы
Глава 1. Литературный обзор
1.1 Биологические мембраны
1.1.1 Структура биологических мембран
1.1.2 Липидные бислойные системы
1.1.3 Мембранные белки. Бактериальные родопсины
1.2 Моделирование методом молекулярной динамики
1.2.1 Основные принципы
1.2.2 Особенности практической реализации
1.2.3 Крупнозернистое моделирование
1.3 Моделирование биологических мембран методом молекулярной динамики
1.3.1 Расчёт параметров по результатам моделирования
1.3.2 Моделирование различных фазовых состояний
1.3.3 Образование пор, антимикробные пептиды
1.3.4 Искривление мембран
1.4 Метод главных компонент
1.4.1 Математическое определение
1.4.2 Применение для анализа конформаций биологических объектов
Глава 2. Материалы и методы
2.1 Моделируемые системы
2.2 Условия моделирования
2.3 Анализ конформаций липидов
2.4 Анализ конформаций белков
Глава 3. Результаты и обсуждение
3.1 Применение метода главных компонент для сравнения липидных силовых полей
3.1.1 Конформации молекул липидов
3.1.2 Влияние ориентации молекул липидов
3.1.3 Характерные временные масштабы движений молекул липидов
3.2 Влияние уровня разрешения силового поля на конформации молекул липидов
3.2.1 Конформации молекул липидов
3.2.2 Характерные временные масштабы движений молекул липидов
3.3 Влияние ненасыщенных связей в углеродных хвостах на конформации молекул липидов
3.3.1 Конформации молекул липидов
3.3.2 Характерные временные масштабы движений молекул липидов
3.4 Влияние температуры на конформации и характерные временные масштабы
3.5 Структурные различия микробных родопсинов
Заключение
Основные выводы и перспективы работы
143
Опубликованные работы по теме диссертации
Благодарности
Библиографический список использованной литературы