Разнообразие и молекулярно-биологическая характеристика бактерий-деструкторов бифенила (хлорированных бифенилов) техногенных экосистем Воронина Анна Олеговна

Краткое описание

Воронина,АннаОлеговна.Разнообразиеимолекулярно-биологическаяхарактеристикабактерий-деструкторовбифенила(хлорированныхбифенилов)техногенныхэкосистем: диссертация ... кандидатабиологическихнаук : 03.02.03 /ВоронинаАннаОлеговна; [Место защиты: ФГБУН Пермский федеральный исследовательский центр Уральского отделения Российской академии наук]. - Пермь, 2020. - 209 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
НАУК ИНСТИТУТ ЭКОЛОГИИ И ГЕНЕТИКИ МИКРООРГАНИЗМОВ УРАЛЬСКОГО ОТДЕЛЕНИЯ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК” На правах рукописиВоронинаАннаОлеговнаРАЗНООБРАЗИЕИМОЛЕКУЛЯРНО-БИОЛОГИЧЕСКАЯХАРАКТЕРИСТИКАБАКТЕРИЙ-ДЕСТРУКТОРОВБИФЕНИЛА(ХЛОРИРОВАННЫХБИФЕНИЛОВ)ТЕХНОГЕННЫХЭКОСИСТЕМ03.02.03 Микробиология Диссертация на соискание ученой степени кандидатабиологическихнаук Научный руководитель: доктор...

стр. 2
аэробныхбактерий-деструкторовбифенилаи ПХБ ............................................................................................................ 19 1.3.1. Грамположительныебактерии-деструкторырода Rhodococcus .......... 28 1.3.2. Грамотрицательныебактерии-деструкторырода Pseudomonas .......... 30 1.3.3. Деструкциябифенила/ПХБ в вариабельных условиях окружающей...

стр. 3
bphA1............................................................................... 82 2.8. Изучение морфологических и физиолого-биохимическиххарактеристикактивныхбактерий-деструкторовбифенила/ПХБ..................................................... 83 2.8.1. Определение ростовыххарактеристик................................................... 84 2.8.2. Определение субстратной специфичностибактерий............................ 85 2.9. Изучение...

Оглавление диссертациикандидат наук Воронина Анна Олеговна
Введение
Глава 1. Обзор литературы
1.1. Структура, свойства, распространение бифенила и ПХБ
1.2. Разложение бифенила и его хлорированных производных бактериями
1.2.1. Процесс анаэробного разложения ПХБ
1.2.2. Процесс аэробного разложения бифенила и ПХБ
1.3. Характеристика аэробных бактерий-деструкторов бифенила и ПХБ
1.3.1. Грамположительные бактерии-деструкторы рода Rhodococcus
1.3.2. Грамотрицательные бактерии-деструкторы рода Pseudomonas
1.3.3. Деструкция бифенила/ПХБ в вариабельных условиях окружающей среды
1.4. Молекулярно-биологические аспекты бактериальной деструкции бифенила и ПХБ
1.4.1. Метаболические пути и ключевые ферменты деструкции бифенила и ПХБ
1.4.1.1. Ферментные системы "верхнего пути"
1.4.1.2. Ферментные системы "нижнего пути"
1.4.2. Геномы и генетические системы разложения бифенила/ПХБ активных бактерий-деструкторов
1.4.3. Разнообразие генов (bphA-генов), детерминирующих начальный этап разложения бифенила/ПХБ
1.4.4. Биоремедиация окружающей среды с использованием бактерий-
деструкторов
Глава 2. Материалы и методы исследований
2.1. Характеристика образцов, отобранных для исследований
2.2. Анализ исследуемых образцов
2.3. Среды и условия культивирования
2.4. Накопительные культуры и выделение бактерий-деструкторов
2.5. Полимеразная цепная реакция в режиме реального времени
2.6. Денатурирующий градиентный гель-электрофорез
2.7. Клонирование и изучение генов деструкции бифенила/ПХБ
2.7.1. Выделение и подготовка тотальной ДНК для клонирования
2.7.2. Амплификация ЪрИЛ1-генов с тотальной ДНК
2.7.3. Электрофорез амплифицированных фрагментов
2.7.4. Клонирование фрагментов ЪркЛ1-генов
2.7.6. Секвенирование и филогенетический анализ нуклеотидных
последовательностей генов ЪрИЛ1
2.8. Изучение морфологических и физиолого-биохимических характеристик активных бактерий-деструкторов бифенила/ПХБ
2.8.1. Определение ростовых характеристик
2.8.2. Определение субстратной специфичности бактерий
2.9. Изучение штаммов-деструкторов бифенила/ПХБ молекулярно-генетическими методами
2.9.1. Выделение ДНК из чистых культур бактерий
2.9.2. ДНК-типирование
2.9.3. Амплификации генов 16Б рРНК
2.9.4. Амплификации ЪрИЛ1 -генов с матрицы ДНК чистых культур
2.9.5. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей и построение деревьев
2.9.6. Детекция плазмидной ДНК
2.10. Деструкция хлорированных бифенилов бактериальными штаммами
2.11. Статистическая обработка результатов
Глава 3. Разнообразие генов деструкции бифенила/ПХБ в микробных сообществах загрязненных экотопов
3.1. Гены деструкции бифенила/ПХБ (bphAl) в микробном сообществе донных отложений прибрежной зоны порта Анадырь
3.2. Характеристика бактериального сообщества и анализ bphAl-генов поверхностного слоя шламохранилища калийного предприятия (г. Березники)
3.3. Характеристика бактериального сообщества и анализ bphAl-генов почвы/грунта около солеотвала (г. Березники)
3.4. Гены деструкции бифенила/ПХБ (bphAl) в микробном сообществе почвы с территории "Пермского завода смазок и СОЖ"
3.5. bphAl -Гены в сточных водах предприятия АО "Сибур-Химпром" (г. Пермь)
3.6. Разнообразие bphAl-генов в микробном сообществе донных отложений реки Чапаевки (территория ОАО "Средне-Волжского завода химикатов")
3.7. Скрининг bphAl-генов в загрязненных экосистемах полуострова Крым
3.8. Исследование почвы с перевала Кыртыкауш (республика Кабардино-
Балкария) на наличие bphAl-генов
Глава 4. Бактерии-деструкторы бифенила/ПХБ
4.1. Бактерии-деструкторы рода Pseudomonas
4.1.1. Идентификация, морфо-физиологические и генетические характеристики штаммов VRP2-2 и VRP2-6
4.1.2. Биодеградационные свойства Pseudomonas spp. VRP2-2 и VRP2-6
4.1.3. Гены bphAl бактерий-деструкторов рода Pseudomonas
4.2. Бактерии-деструкторы рода Rhodococcus
4.2.1. Выделение и идентификация активных штаммов-деструкторов из образцов почв/грунтов, шламов района солеразработок (г. Березники)
4.2.2. Выделение и идентификация штаммов-деструкторов бифенила из сточных вод предприятия АО "Сибур-Химпром" (г. Пермь)
4.2.3. Выделение и идентификация штаммов-деструкторов бифенила из образцов донных отложений реки Чапаевки (г. Чапаевск)
4.2.4. Физиологические и генетические характеристики бактерий рода Ккойососст
4.2.5. Биодеградационные свойства бактерий рода Ккойососст
4.2.6. Гены ЪрИЛ1 штаммов-деструкторов рода Ккойососст
Заключение
Выводы
Список сокращений
Список литературы
Приложение
ВВЕДЕНИЕ