Разработка вычислительных моделей и методов для рационального дизайна фотоактивируемых молекулярных систем на основе низкомолекулярных соединений и белковых молекул Рязанцев Михаил Николаевич

Краткое описание

Рязанцев, Михаил Николаевич.
Разработка вычислительных моделей и методов для рационального дизайна фотоактивируемых молекулярных систем на основе низкомолекулярных соединений и белковых молекул : диссертация ... доктора химических наук : 02.00.09 / Рязанцев Михаил Николаевич; [Место защиты: ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный университет»]. - Санкт-Петербург, 2020. - 420 с. : ил.; 14,5х20,5 см.
Оглавление диссертациидоктор наук Рязанцев Михаил Николаевич
Введение
Глава 1. Обзор методов моделирования фотоактивируемых
молекулярных систем
1.1 Понятие поверхности потенциальной энергии
1.2 Методы расчета потенциальной энергии
1.3 Методы оптимизации стационарных точек на поверхности потенциальной энергии
1.4 Методы расчета свободной энергии Гиббса для молекулярных систем
1.5 Моделирование кинетических свойств молекулярных систем
1.5.1 Теория переходного состояния
1.5.2 Расчет динамики системы. Моделирование неадиабатических переходов между поверхностями потенциальной энергии
1.6 Методы вычислительного моделирования структуры молекулярных систем
Глава 2. Разработка и верификация моделей для расчета спектральных свойств родопсинов на основе их кристаллографической структуры
2.1 Цель и основные результаты исследования
2.2 Исследование молекулярных механизмов, определяющих спектральные свойства родопсинов
Глава 3. Разработка и верификация моделей для расчета спектральных свойств родопсинов на основе их аминокислотной последовательности
3.1 Цель и основные результаты исследования
3.2 Тестирование методик для построения трехмерных моделей родопсинов на основе их аминокислотной последовательности
3.3 Тестирование методик для предсказания положений молекул
воды в полостях родопсинов
3.4 Верификация моделей для расчета спектральных свойств родопсинов на основе их аминокислотной последовательности
3.5 Исследование молекулярных механизмов, определяющих спектральных сдвиг между родопсинами кальмаров А. виЬиШа
и Ь. ¡огЬевг
Глава 4. Изучение механизмов первой стадии процесса
фотоактивации зрительного родопсина
4.1 Цель и основные результаты исследования
4.2 Построение вычислительной модели фотоизомеризации модельной системы кофактора родопсинов,
пента-2,4-диениминий иона
4.3 Построение вычислительной модели первой стадии фотоактивации зрительного родопсина и батородопсина
Глава 5. Рациональный дизайн биомиметического
молекулярного переключателя
5.1 Цель и основные результаты исследования
5.2 Рациональный дизайн и построение вычислительной модели фотоизомеризации молекулярного переключателя, К-алкилированного инданилиден пирролина
Глава 6. Рациональный дизайн электростатического молекулярного переключателя на основе
^алкилированного инданилиден пирролина
6.1 Цель и основные результаты исследования
6.2 Рациональный дизайн и построение вычислительной модели фотоизомеризации электростатического молекулярного переключателя на основе К-алкилированного инданилиден пирролина
Глава 7. Конструирование вычислительной модели
фотоактивации 5-азидо-2-аминопиридина
7.1 Цель и основные результаты исследования
7.2 Конструирование вычислительной модели фотоактивации
5-азидо-2-аминопиридина
Глава 8. Разработка и тестирование автоматических методов для моделирования термических и фотохимических реакций
8.1 Цель и основные результаты исследования
8.2 Разработка автоматических методов для моделирования термических химических реакций и фотохимических реакций
8.3 Тестирование автоматических методов для моделирования термических химических реакций и фотохимических реакций
Заключение
Список литературы
Введение